穎殼伯克霍爾德菌基因組分析及水平轉(zhuǎn)移基因的篩選
【學(xué)位單位】:浙江理工大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:S435.111
【部分圖文】:
于一致性的方法。??目前研宄者普遍認(rèn)為構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹是檢測HGT的黃金法則t125l。目前的??研宄表明HGT發(fā)生的主要類型一共為6種,如圖1.2所示1611。盡管絕大多數(shù)??HGT情況都可以通過構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹檢測,然而一些伴隨著大量基因復(fù)制以及??丟失現(xiàn)象的HGT是很難通過建樹檢測出來(例如圖1.2?f)。??Organismal?tree?Gene?tree?Organismal?tree?Gene?tree??a?——??Duplicative?_?i ̄二?一?^>—i—?Duplicative?,?|?[?1=1??transfer?「廠一二?^'?| ̄transfer?with?—?「-(?_?^?1 ̄I ̄ ̄1=1??j?I?[二?I?I?i?diffsrsntisl?丨?I?^?■?_?j— ̄i?!??1085??homologous? ̄?E? ̄?l-r^=??replacement?H? ̄?Sequential?r ̄C3=??c?,?^?[—??rLf-^?r?f???^??Ancient???i??i?^??—I ̄??—I?r—i??homologous? ̄?「-J?^?* ̄ ̄I ̄ ̄L ̄r?^T ̄?一1?^??replacement?[? ̄_?. ̄i?,—?Transfer?of??—|?^,?I ̄ ̄?j?1?|—i—?new?gene?士??“??l...:…t::::?i????圖1.2不同種類的轉(zhuǎn)移及其對基因系統(tǒng)發(fā)育的影響HI??每一棵物種進化樹代表了一種假設(shè)的進化關(guān)系
浙江理工大學(xué)碩士學(xué)位論文?穎殼伯克霍爾德菌基因組分析及水平轉(zhuǎn)移基因的篩選??菌株的基因組。利用Qubit?2.0焚光計和NanoDrop?2000紫外分光光度計分別對??DNA質(zhì)量進行檢測。檢測符合標(biāo)準(zhǔn)后,使用Nanopore測序儀測序,獲得原始序??列。??2.2基因組拼接??使用Canu軟件對Nanopore產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進行拼接,參數(shù)默認(rèn)整個拼接??
浙江理工大學(xué)碩士學(xué)位論文?穎殼伯克霍爾德菌基因組分析及水平轉(zhuǎn)移基因的篩選??2.4.2構(gòu)建單拷貝基因進化樹??使用自制腳本篩選出核心基因組的單拷貝基因,并按照相同順序從頭到尾依??次連接,使用軟件進行同源序列比對,然后使用IQtree軟件構(gòu)建系統(tǒng)??發(fā)育樹[142]。??3結(jié)果與分析??3.1基因組信息分析??3.1.1?ANI分析結(jié)果??通過將HN菌株和屬11個不同種的代表菌株進行AN1分析,??結(jié)果如圖2.2所示,本圖是AN丨分析的結(jié)果,結(jié)果顯示HN菌株的基因組和及??g/wmae?LMG?2196菌株的基因組AN丨值達到了?99°/。。一般認(rèn)為原核物種邊界閾??值是95%,也就是說如果細(xì)菌基因組之間的ANI值超過95%,則這兩個菌株為??同一個物種。因此認(rèn)為從湖南省分離得到的致病菌株是g/www。??
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