基于ISSR分子標(biāo)記對蒙古沙冬青遺傳多樣性研究
發(fā)布時間：2020-12-02 13:19
蒙古沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）屬于豆科沙冬青屬（Ammopiptanthus）常綠闊葉灌木,也是阿拉善荒漠地區(qū)特有且唯一的超旱生常綠闊葉灌木,作為古地中海第三紀(jì)孑遺植物,已被列為國家三級珍稀瀕危保護植物。沙冬青種群分布呈現(xiàn)出斑塊狀分布,其分布區(qū)由于地處于生態(tài)系統(tǒng)脆弱、極端氣候多發(fā)地帶,以及人類活動等原因,種群數(shù)量發(fā)生明顯下降的趨勢。因此探尋氣候變化下種群遺傳結(jié)構(gòu)與其遺傳多樣性,不僅對合理利用沙冬青遺傳資源及育種具有重要的參考價值,而且在研究不同微生境下沙冬青的進化方向和其生長地區(qū)的環(huán)境的關(guān)系方面也具有指導(dǎo)意義,為后續(xù)對沙冬青的其它研究奠定了基礎(chǔ)。具體研究結(jié)果如下:1.通過正交試驗法對沙冬青的ISSR-PCR反應(yīng)體系進行優(yōu)化。確定了沙冬青的最佳反應(yīng)體系（20μ L）為:10μL mix、1 μL引物、5μL DNA模板、4uL水。以該體系為基礎(chǔ)對引物進行篩選,從哥倫比亞大學(xué)公布的100條通用引物中共篩選出15條適合沙冬青擴增的引物,分別為UBC808、UBC826、UBC827、UBC856、UBC857、UBC888、UBC889和UBC890,并利用...
【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)
【文章頁數(shù)】：51 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
圖１技術(shù)路線圖??Ｆｉｇ．?１?Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?Ｒｏａｄｍａｐ??
樣本被帶入實驗室超低溫保存直至ＤＮＡ的萃取，見表１。??表１沙冬青采樣種群??Ｔａｂｌ?Ｔｈｅ?ｓａｍｐｌｉｎｇ?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ?ｏｆ?Ａｍｍｏｐｉｐｔａｎｔｈｕｓ?ｍｏｎｇｏｌｉｃｕｓ??種群?種群來源?ｍ．?諱度?海拔?樣本編號??ＡＬＳＺＮＲＧ?阿拉善左旗諾閂公?１０４。５３＇４４．７＂?４０°?１０３０＂?１４１１．８３?１－２０??ＥＪＮＹＧ?額濟納雅桿?１０３°１３，１２＂?４１°３７＇３７＂?１００１．６２?２?Ｍ０??ＡＬＳＹＳＨＴ?阿拉善右旗蘇海圖?１０６°３３＇４２〃?４０°０９，１０，＞?１０５９．１８?４１－６０??ＨＬＳ?賀蘭山?１０６。０１＇５７＂?３９〇０３，１，，１?２０４７．９８?６１－８０??ＤＫ?巴彥淖爾磴口?４０。２５＇４３＂?１０５５．８?８１－１００??ＡＬＳＺＣＨＥ?阿拉善左旗查哈爾?１０５。４９，４９，，?３９０２８２５＂?１１４６．０３?１０１－１２０??ＷＬＴＨ?烏拉特后旗?１０６。３３，４２＂?４１°１６，２９＂?１８２１．８５?１２１－１４０??ＡＬＳＹ?Ｐ?可拉善右旗?１０１。４５，１７＂?３９。１６，５０＂?１５９４．９７?１４１－１６０??ＷＨ?烏海?１０６。３９，４９＂?３９°３４，５４＂?１１１３．６５?１６１－１８０??ＷＬＴＱ?烏拉特前旗?１０８。４０’５７＂?４０。４３２８＂?１１８４．２０?１８１－２００??
?脹因子（ＶＩＦ）分析來減少多重共線性［６８］。去除具有高ＶＴＦ值（ＶＩＦ＞１０）的變量，??然后計算保留的生物氣候變量在種群中的環(huán)境距離用于測試ＩＢＥ假設(shè)（圖５）。通??過計算確定影響沙冬青種群遺傳結(jié)構(gòu)的最可能的環(huán)境因素。??通過Ｍａｎｔｅｌ?（或部分Ｍａｎｔｅｌ）測試進行模型選擇以評估１９個模型，每個生物??氣候距離作為ＭＬＰＥ中的固定因子。這些單生物氣候距離ＩＢＥ模型按ＡＩＣ排序，??具有最低ＡＩＣ的模型被認為是預(yù)測種群遺傳結(jié)構(gòu)的最佳模型。??進行ＩＢＤ假說模型時，將遺傳距離用作響應(yīng)，地理距離用作預(yù)測因子，環(huán)境??距離用作條件因子。??具體操作步驟可見影響種群遺傳結(jié)構(gòu)的環(huán)境因素的實驗設(shè)計流程圖（圖２）。??（ａ）從數(shù)據(jù)庫中提取生物氣候?qū)樱唬ǎ猓┦褂梅讲钆蛎浺蜃樱ǎ郑桑疲┓治鋈コ哂??多重共線性的因子（層）：丟棄ＶＩＦ＞?１０的因子；（ｃ）通過部分Ｍａｎｔｅｌ檢驗將剩??余的生物氣候因子（ｂｉｏ３，ｂｉｏ４，ｂｉｏ６和ｂｉｏｌ８）與遺傳距離相關(guān)聯(lián)，并找出關(guān)鍵的??生物氣候因子（ｂｉｏｌ８）?；?（ｄ）最終確定與關(guān)鍵生物氣候因素（ｂｉｏｌ２，ｂｉｏｌ３，ｂｉｏｌ６??和ｂｉｏｌ８）相關(guān)的因素。??ａ?ｂ??下載１９個氣象數(shù)據(jù)資料?去除共線性因子??????：．．＇丨．＊?參??：蕓：ＶＩＦ分析－?減??？ｚ??ｃ?ｄ??分析影響遺彳雜構(gòu)的?確定最終影響因子??氣候因子??ｔｆｔ?Ｍｍｕｍｔ??．．．．?｜ｕ?’?』?３??Ｍａｎｔｅｌ檢，．旬?．，?ｒ?．??驗?■？？．＝
【參考文獻】：
期刊論文
[1]3種藥用甘草的遺傳多樣性研究進展[J]. 李文斌,羅琳,崔潔,陳曉玉,侯俊玲,王文全. 中藥材. 2019(02)
[2]寒地稗草ISSR-PCR反應(yīng)體系的正交優(yōu)化[J]. 張婉茹,楊軍麗,吳麗群,吳姝菊,王曉萍. 分子植物育種. 2019(02)
[3]基于植物轉(zhuǎn)座子的分子標(biāo)記研究進展[J]. 何虎翼,樊吳靜,唐洲萍,楊鑫,李麗淑,譚冠寧,何新民. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(23)
[4]西北干旱區(qū)孑遺瀕危植物蒙古沙冬青群落特征及與環(huán)境因子的關(guān)系[J]. 段義忠,杜忠毓,亢福仁. 植物研究. 2018(06)
[5]PEG6000模擬干旱脅迫對2種沙冬青種子萌發(fā)的影響[J]. 姜生秀,嚴子柱,吳昊. 西北林學(xué)院學(xué)報. 2018(05)
[6]中國大豆種質(zhì)資源遺傳多樣性研究進展[J]. 蒲艷艷,宮永超,李娜娜,劉艷,王秋玲,宋東濤,顏廷進,丁漢鳳. 大豆科學(xué). 2018(02)
[7]孑遺瀕危植物蒙古沙冬青ISSR遺傳多樣性分析[J]. 段義忠,王建武,亢福仁. 分子植物育種. 2018(15)
[8]沙地云杉、沙冬青和山杏ISSR-PCR反應(yīng)體系優(yōu)化及種間多態(tài)性比較[J]. 鄭舒文,洪曉松,王昊. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(02)
[9]沙冬青屬植物研究進展[J]. 李曉燕,廖里平,高永,黨曉宏,尉遲文思,程波,張岑. 草地學(xué)報. 2017(05)
[10]中國沙冬青屬植物的地理分布及生境特征[J]. 劉美,吳世新,潘伯榮,王丹. 干旱區(qū)地理. 2017(02)
博士論文
[1]中國特有第三紀(jì)孑遺植物香果樹（Emmenopterys henryi）的親緣地理學(xué)和景觀遺傳學(xué)研究[D]. 張永華.浙江大學(xué) 2016
[2]基于SSR、SNP和形態(tài)學(xué)標(biāo)記的甘薯種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[D]. 楊新筍.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]沙冬青根瘤內(nèi)生細菌多樣性及生物地理研究[D]. 趙亮.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
[4]野生紫花苜蓿種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[D]. 關(guān)瀟.北京林業(yè)大學(xué) 2009
[5]沙冬青與根瘤菌和叢枝菌根真菌（AMF）共生關(guān)系影響因素的研究[D]. 王華.北京林業(yè)大學(xué) 2008
碩士論文
[1]中國北部和蒙古國山羽蘚遺傳多樣性及五大連池火山群山羽蘚譜系地理學(xué)的研究[D]. 麻揚.內(nèi)蒙古大學(xué) 2018
[2]基于SSR和ISSR梁子湖野生菰種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[D]. 董琳.江西財經(jīng)大學(xué) 2018
[3]阿拉善荒漠區(qū)沙冬青種群特征與遺傳多樣性[D]. 李梓豪.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[4]線葉忍冬群落學(xué)特征及線葉忍冬繁殖特性[D]. 李亞蘭.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[5]沙冬青繁殖行為與種群自組織更新[D]. 趙新艷.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
本文編號：2895378
【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)
【文章頁數(shù)】：51 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
圖１技術(shù)路線圖??Ｆｉｇ．?１?Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?Ｒｏａｄｍａｐ??
樣本被帶入實驗室超低溫保存直至ＤＮＡ的萃取，見表１。??表１沙冬青采樣種群??Ｔａｂｌ?Ｔｈｅ?ｓａｍｐｌｉｎｇ?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ?ｏｆ?Ａｍｍｏｐｉｐｔａｎｔｈｕｓ?ｍｏｎｇｏｌｉｃｕｓ??種群?種群來源?ｍ．?諱度?海拔?樣本編號??ＡＬＳＺＮＲＧ?阿拉善左旗諾閂公?１０４。５３＇４４．７＂?４０°?１０３０＂?１４１１．８３?１－２０??ＥＪＮＹＧ?額濟納雅桿?１０３°１３，１２＂?４１°３７＇３７＂?１００１．６２?２?Ｍ０??ＡＬＳＹＳＨＴ?阿拉善右旗蘇海圖?１０６°３３＇４２〃?４０°０９，１０，＞?１０５９．１８?４１－６０??ＨＬＳ?賀蘭山?１０６。０１＇５７＂?３９〇０３，１，，１?２０４７．９８?６１－８０??ＤＫ?巴彥淖爾磴口?４０。２５＇４３＂?１０５５．８?８１－１００??ＡＬＳＺＣＨＥ?阿拉善左旗查哈爾?１０５。４９，４９，，?３９０２８２５＂?１１４６．０３?１０１－１２０??ＷＬＴＨ?烏拉特后旗?１０６。３３，４２＂?４１°１６，２９＂?１８２１．８５?１２１－１４０??ＡＬＳＹ?Ｐ?可拉善右旗?１０１。４５，１７＂?３９。１６，５０＂?１５９４．９７?１４１－１６０??ＷＨ?烏海?１０６。３９，４９＂?３９°３４，５４＂?１１１３．６５?１６１－１８０??ＷＬＴＱ?烏拉特前旗?１０８。４０’５７＂?４０。４３２８＂?１１８４．２０?１８１－２００??
?脹因子（ＶＩＦ）分析來減少多重共線性［６８］。去除具有高ＶＴＦ值（ＶＩＦ＞１０）的變量，??然后計算保留的生物氣候變量在種群中的環(huán)境距離用于測試ＩＢＥ假設(shè)（圖５）。通??過計算確定影響沙冬青種群遺傳結(jié)構(gòu)的最可能的環(huán)境因素。??通過Ｍａｎｔｅｌ?（或部分Ｍａｎｔｅｌ）測試進行模型選擇以評估１９個模型，每個生物??氣候距離作為ＭＬＰＥ中的固定因子。這些單生物氣候距離ＩＢＥ模型按ＡＩＣ排序，??具有最低ＡＩＣ的模型被認為是預(yù)測種群遺傳結(jié)構(gòu)的最佳模型。??進行ＩＢＤ假說模型時，將遺傳距離用作響應(yīng)，地理距離用作預(yù)測因子，環(huán)境??距離用作條件因子。??具體操作步驟可見影響種群遺傳結(jié)構(gòu)的環(huán)境因素的實驗設(shè)計流程圖（圖２）。??（ａ）從數(shù)據(jù)庫中提取生物氣候?qū)樱唬ǎ猓┦褂梅讲钆蛎浺蜃樱ǎ郑桑疲┓治鋈コ哂??多重共線性的因子（層）：丟棄ＶＩＦ＞?１０的因子；（ｃ）通過部分Ｍａｎｔｅｌ檢驗將剩??余的生物氣候因子（ｂｉｏ３，ｂｉｏ４，ｂｉｏ６和ｂｉｏｌ８）與遺傳距離相關(guān)聯(lián)，并找出關(guān)鍵的??生物氣候因子（ｂｉｏｌ８）?；?（ｄ）最終確定與關(guān)鍵生物氣候因素（ｂｉｏｌ２，ｂｉｏｌ３，ｂｉｏｌ６??和ｂｉｏｌ８）相關(guān)的因素。??ａ?ｂ??下載１９個氣象數(shù)據(jù)資料?去除共線性因子??????：．．＇丨．＊?參??：蕓：ＶＩＦ分析－?減??？ｚ??ｃ?ｄ??分析影響遺彳雜構(gòu)的?確定最終影響因子??氣候因子??ｔｆｔ?Ｍｍｕｍｔ??．．．．?｜ｕ?’?』?３??Ｍａｎｔｅｌ檢，．旬?．，?ｒ?．??驗?■？？．＝
【參考文獻】：
期刊論文
[1]3種藥用甘草的遺傳多樣性研究進展[J]. 李文斌,羅琳,崔潔,陳曉玉,侯俊玲,王文全. 中藥材. 2019(02)
[2]寒地稗草ISSR-PCR反應(yīng)體系的正交優(yōu)化[J]. 張婉茹,楊軍麗,吳麗群,吳姝菊,王曉萍. 分子植物育種. 2019(02)
[3]基于植物轉(zhuǎn)座子的分子標(biāo)記研究進展[J]. 何虎翼,樊吳靜,唐洲萍,楊鑫,李麗淑,譚冠寧,何新民. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(23)
[4]西北干旱區(qū)孑遺瀕危植物蒙古沙冬青群落特征及與環(huán)境因子的關(guān)系[J]. 段義忠,杜忠毓,亢福仁. 植物研究. 2018(06)
[5]PEG6000模擬干旱脅迫對2種沙冬青種子萌發(fā)的影響[J]. 姜生秀,嚴子柱,吳昊. 西北林學(xué)院學(xué)報. 2018(05)
[6]中國大豆種質(zhì)資源遺傳多樣性研究進展[J]. 蒲艷艷,宮永超,李娜娜,劉艷,王秋玲,宋東濤,顏廷進,丁漢鳳. 大豆科學(xué). 2018(02)
[7]孑遺瀕危植物蒙古沙冬青ISSR遺傳多樣性分析[J]. 段義忠,王建武,亢福仁. 分子植物育種. 2018(15)
[8]沙地云杉、沙冬青和山杏ISSR-PCR反應(yīng)體系優(yōu)化及種間多態(tài)性比較[J]. 鄭舒文,洪曉松,王昊. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(02)
[9]沙冬青屬植物研究進展[J]. 李曉燕,廖里平,高永,黨曉宏,尉遲文思,程波,張岑. 草地學(xué)報. 2017(05)
[10]中國沙冬青屬植物的地理分布及生境特征[J]. 劉美,吳世新,潘伯榮,王丹. 干旱區(qū)地理. 2017(02)
博士論文
[1]中國特有第三紀(jì)孑遺植物香果樹（Emmenopterys henryi）的親緣地理學(xué)和景觀遺傳學(xué)研究[D]. 張永華.浙江大學(xué) 2016
[2]基于SSR、SNP和形態(tài)學(xué)標(biāo)記的甘薯種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[D]. 楊新筍.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]沙冬青根瘤內(nèi)生細菌多樣性及生物地理研究[D]. 趙亮.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
[4]野生紫花苜蓿種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[D]. 關(guān)瀟.北京林業(yè)大學(xué) 2009
[5]沙冬青與根瘤菌和叢枝菌根真菌（AMF）共生關(guān)系影響因素的研究[D]. 王華.北京林業(yè)大學(xué) 2008
碩士論文
[1]中國北部和蒙古國山羽蘚遺傳多樣性及五大連池火山群山羽蘚譜系地理學(xué)的研究[D]. 麻揚.內(nèi)蒙古大學(xué) 2018
[2]基于SSR和ISSR梁子湖野生菰種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[D]. 董琳.江西財經(jīng)大學(xué) 2018
[3]阿拉善荒漠區(qū)沙冬青種群特征與遺傳多樣性[D]. 李梓豪.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[4]線葉忍冬群落學(xué)特征及線葉忍冬繁殖特性[D]. 李亞蘭.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[5]沙冬青繁殖行為與種群自組織更新[D]. 趙新艷.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
本文編號：2895378
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