油松高密度遺傳圖譜構(gòu)建及基因組結(jié)構(gòu)變異初探
發(fā)布時(shí)間：2020-12-04 10:27
高密度遺傳圖譜是研究模式和非模式生物基因組結(jié)構(gòu)與復(fù)雜性狀遺傳基礎(chǔ)最重要的手段之一。對(duì)基因組龐大而復(fù)雜的針葉樹,遺傳圖譜對(duì)建立基因組框架圖,基因位點(diǎn)定位,比較基因組結(jié)構(gòu)和功能研究具有更重要的意義。由于針葉樹基因組龐大,真正意義上的覆蓋全基因組的高密度遺傳圖譜至今仍待完善。隨著新一代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,廉價(jià)、高效、高密度分子標(biāo)記技術(shù)逐步建立起來,使高質(zhì)量遺傳圖譜構(gòu)建成為可能。RNA-seq是目前研究基因表達(dá)的有效技術(shù),同時(shí)它也是檢測(cè)表達(dá)序列遺傳變異的重要途徑,利用它可以獲取針葉樹基因組中大量表達(dá)序列的變異模式。本研究以我國(guó)北方重要生態(tài)造林樹種-油松（Pinus tabuliformis）為研究對(duì)象,選取三個(gè)不同地理種源（青海互助,內(nèi)蒙赤峰,山西靈空山）的油松個(gè)體,以大配子體為作圖群體,采用RNA-seq研究油松基因組水平遺傳變異模式,構(gòu)建油松高密度遺傳連鎖圖譜,對(duì)比分析油松不同地理種源基因組結(jié)構(gòu)變異特征。結(jié)果如下:1、獲得了大量來自油松編碼基因的遺傳變異。本研究最初獲得12090260個(gè)原始變異位點(diǎn),覆蓋火炬松參考基因組中174727個(gè)scaffolds上的28500個(gè)基因。質(zhì)量控制完成之后,...
【文章來源】：北京林業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：62 頁
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
圖１?ＲＡＤ文庫構(gòu)建流程
不同品種的西胡蘆（Ｃｗｃ＿ｗ／＊／）／／＜３ｐｅ；ｗ）幵展從頭組裝轉(zhuǎn)錄組分析，開發(fā)出９０４３個(gè)ｃＳＮＰ??位點(diǎn)和１９３５個(gè)潛在的ＳＳＲ位點(diǎn)�？傊ㄟ^ＲＮＡ－ｓｅｑ開發(fā)物種分子標(biāo)記在目前研宂??廣泛。（ＲＡＮ－ｓｅｑ流程圖見圖２）??，ｒ?ＲＮＡ片段化處理??反轉(zhuǎn)錄合成ｃＤＮＡ??ＤＮＡ測(cè)序接頭連接??，ＰＣＲ擴(kuò)增??丨４??＾??深度測(cè)序??丨圖像識(shí)別??＇，?丨?〕｜?ＲＮＡ序列信息??圖２?ＲＮＡ－ｓｅｑ建庫測(cè)序流程圖??Ｆｉｇ．?２?Ｔｈｅ?ｌｉｂｒａｒｙ?ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＲＮＡ－ｓｅｑ??９??
樹上的種子各１００粒。將種子用雙氧水消毒，在清水中浸泡２４小時(shí)，取出后放入鋪??好吸水紙的培養(yǎng)皿中，保持種子濕潤(rùn)，放入２５度的培養(yǎng)箱中黑暗下培養(yǎng)７天至種皮??開裂，取出種子胚乳，用于ＲＮＡ提取。采樣地點(diǎn)和技術(shù)路線詳見圖３。??２．１．２油松種子胚乳ＲＮＡ提取及ＲＮＡ測(cè)序??使用天根生化科技（北京）有限公司的植物總ＲＮＡ提取試劑盒（ＲＮＡｐｒｅｐ?ｐｕｒｅ??ＰｌａｎｔＫｉｔ）提取樣本總ＲＮＡ，樣品總量１０－１５呢，樣品濃度彡ｌＯＯｎｇ＾ｇ，再使用生工??生物工程（上海）股份有限公司的Ｐｏｌｙ（Ａ）?ｍＲＮＡ純化試劑盒進(jìn)行分離純化得到ｍＲＮＡ，??使用天根生化科技（北京）有限公司ＦａｓｔＫｉｎｇ?—步法除基因組ｃＤＮＡ第一鏈合成預(yù)??混試劑將ｍＲＮＡ逆轉(zhuǎn)錄生成的ｃＤＮＡ，逆轉(zhuǎn)錄得到的ｃＤＮＡ構(gòu)建成ｃＤＮＡ文庫，并??將文庫中的ＤＮＡ隨機(jī)剪切為長(zhǎng)度不等的小片段，在ｃＤＮＡ兩端加上接頭，接著利用??擴(kuò)增達(dá)到一定豐度上機(jī)測(cè)序，利用新一代高通量測(cè)序平臺(tái)Ｉｌｈｍｉｉｎａ?Ｈｉｓｅｑ２５００??（Ｉｌｌｕｍｉｎａ公司，美國(guó)）雙端測(cè)序，讀長(zhǎng)為１５０?ｂｐ直到獲得原始下機(jī)序列。??２．１．３序列分離及質(zhì)量控制??Ｈｉｓｅｑ?２５００測(cè)序得到的原始下機(jī)序列，稱為粗?jǐn)?shù)據(jù)（ｒａｗ?ｄａｔａ或ｒａｗ?ｒｅａｄｓ），結(jié)果??以＊．ｆｃｓｔｑ文件格式存儲(chǔ)。粗?jǐn)?shù)據(jù)要進(jìn)行質(zhì)量控制
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]全基因組外顯子測(cè)序及其應(yīng)用[J]. 張?chǎng)?李敏,張學(xué)軍. 遺傳. 2011(08)
[2]林木比較基因組學(xué)研究進(jìn)展[J]. 王源秀,徐立安,黃敏仁,許遠(yuǎn). 遺傳. 2007(10)
[3]陜西油松遺傳改良研究進(jìn)展[J]. 樊軍鋒,楊培華,郭樹杰,劉永紅. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2006(01)
[4]林木遺傳圖譜研究現(xiàn)狀及發(fā)展趨勢(shì)[J]. 張博,杜生明,黃敏仁. 中國(guó)生物工程雜志. 2003(04)
[5]遺傳作圖軟件應(yīng)用及輔助軟件的研制[J]. 何禎祥,林國(guó)忠,施季森. 南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 1999(03)
[6]分子標(biāo)記在植物遺傳研究中的應(yīng)用進(jìn)展[J]. 胡會(huì)慶,李子銀. 生物學(xué)雜志. 1997(06)
[7]利用RAPD標(biāo)記和單株樹大配子體構(gòu)建馬尾松的分子標(biāo)記連鎖圖譜[J]. 尹佟明,黃敏仁,王明庥,朱立煌,翟文學(xué). Acta Botanica Sinica. 1997(07)
[8]植物的比較基因組研究和大遺傳系統(tǒng)[J]. 沈利爽,朱立煌. 生物工程進(jìn)展. 1995(02)
博士論文
[1]油松高輪次遺傳改良關(guān)鍵技術(shù)與策略[D]. 袁虎威.北京林業(yè)大學(xué) 2016
碩士論文
[1]縊蟶親子鑒定技術(shù)及遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建[D]. 王澤.上海海洋大學(xué) 2016
[2]基于RAD-seq技術(shù)的南方鲇高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建[D]. 謝蜜蜜.西南大學(xué) 2016
[3]利用RAD-seq測(cè)序構(gòu)建美洲黑楊×小葉楊高密度遺傳連鎖圖譜[D]. 王瑩.南京林業(yè)大學(xué) 2014
[4]利用SSR標(biāo)記和大配子體構(gòu)建馬尾松遺傳圖譜[D]. 蔡娟娟.南京林業(yè)大學(xué) 2009
本文編號(hào)：2897436
【文章來源】：北京林業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：62 頁
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
圖１?ＲＡＤ文庫構(gòu)建流程
不同品種的西胡蘆（Ｃｗｃ＿ｗ／＊／）／／＜３ｐｅ；ｗ）幵展從頭組裝轉(zhuǎn)錄組分析，開發(fā)出９０４３個(gè)ｃＳＮＰ??位點(diǎn)和１９３５個(gè)潛在的ＳＳＲ位點(diǎn)�？傊ㄟ^ＲＮＡ－ｓｅｑ開發(fā)物種分子標(biāo)記在目前研宂??廣泛。（ＲＡＮ－ｓｅｑ流程圖見圖２）??，ｒ?ＲＮＡ片段化處理??反轉(zhuǎn)錄合成ｃＤＮＡ??ＤＮＡ測(cè)序接頭連接??，ＰＣＲ擴(kuò)增??丨４??＾??深度測(cè)序??丨圖像識(shí)別??＇，?丨?〕｜?ＲＮＡ序列信息??圖２?ＲＮＡ－ｓｅｑ建庫測(cè)序流程圖??Ｆｉｇ．?２?Ｔｈｅ?ｌｉｂｒａｒｙ?ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＲＮＡ－ｓｅｑ??９??
樹上的種子各１００粒。將種子用雙氧水消毒，在清水中浸泡２４小時(shí)，取出后放入鋪??好吸水紙的培養(yǎng)皿中，保持種子濕潤(rùn)，放入２５度的培養(yǎng)箱中黑暗下培養(yǎng)７天至種皮??開裂，取出種子胚乳，用于ＲＮＡ提取。采樣地點(diǎn)和技術(shù)路線詳見圖３。??２．１．２油松種子胚乳ＲＮＡ提取及ＲＮＡ測(cè)序??使用天根生化科技（北京）有限公司的植物總ＲＮＡ提取試劑盒（ＲＮＡｐｒｅｐ?ｐｕｒｅ??ＰｌａｎｔＫｉｔ）提取樣本總ＲＮＡ，樣品總量１０－１５呢，樣品濃度彡ｌＯＯｎｇ＾ｇ，再使用生工??生物工程（上海）股份有限公司的Ｐｏｌｙ（Ａ）?ｍＲＮＡ純化試劑盒進(jìn)行分離純化得到ｍＲＮＡ，??使用天根生化科技（北京）有限公司ＦａｓｔＫｉｎｇ?—步法除基因組ｃＤＮＡ第一鏈合成預(yù)??混試劑將ｍＲＮＡ逆轉(zhuǎn)錄生成的ｃＤＮＡ，逆轉(zhuǎn)錄得到的ｃＤＮＡ構(gòu)建成ｃＤＮＡ文庫，并??將文庫中的ＤＮＡ隨機(jī)剪切為長(zhǎng)度不等的小片段，在ｃＤＮＡ兩端加上接頭，接著利用??擴(kuò)增達(dá)到一定豐度上機(jī)測(cè)序，利用新一代高通量測(cè)序平臺(tái)Ｉｌｈｍｉｉｎａ?Ｈｉｓｅｑ２５００??（Ｉｌｌｕｍｉｎａ公司，美國(guó)）雙端測(cè)序，讀長(zhǎng)為１５０?ｂｐ直到獲得原始下機(jī)序列。??２．１．３序列分離及質(zhì)量控制??Ｈｉｓｅｑ?２５００測(cè)序得到的原始下機(jī)序列，稱為粗?jǐn)?shù)據(jù)（ｒａｗ?ｄａｔａ或ｒａｗ?ｒｅａｄｓ），結(jié)果??以＊．ｆｃｓｔｑ文件格式存儲(chǔ)。粗?jǐn)?shù)據(jù)要進(jìn)行質(zhì)量控制
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]全基因組外顯子測(cè)序及其應(yīng)用[J]. 張?chǎng)?李敏,張學(xué)軍. 遺傳. 2011(08)
[2]林木比較基因組學(xué)研究進(jìn)展[J]. 王源秀,徐立安,黃敏仁,許遠(yuǎn). 遺傳. 2007(10)
[3]陜西油松遺傳改良研究進(jìn)展[J]. 樊軍鋒,楊培華,郭樹杰,劉永紅. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2006(01)
[4]林木遺傳圖譜研究現(xiàn)狀及發(fā)展趨勢(shì)[J]. 張博,杜生明,黃敏仁. 中國(guó)生物工程雜志. 2003(04)
[5]遺傳作圖軟件應(yīng)用及輔助軟件的研制[J]. 何禎祥,林國(guó)忠,施季森. 南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 1999(03)
[6]分子標(biāo)記在植物遺傳研究中的應(yīng)用進(jìn)展[J]. 胡會(huì)慶,李子銀. 生物學(xué)雜志. 1997(06)
[7]利用RAPD標(biāo)記和單株樹大配子體構(gòu)建馬尾松的分子標(biāo)記連鎖圖譜[J]. 尹佟明,黃敏仁,王明庥,朱立煌,翟文學(xué). Acta Botanica Sinica. 1997(07)
[8]植物的比較基因組研究和大遺傳系統(tǒng)[J]. 沈利爽,朱立煌. 生物工程進(jìn)展. 1995(02)
博士論文
[1]油松高輪次遺傳改良關(guān)鍵技術(shù)與策略[D]. 袁虎威.北京林業(yè)大學(xué) 2016
碩士論文
[1]縊蟶親子鑒定技術(shù)及遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建[D]. 王澤.上海海洋大學(xué) 2016
[2]基于RAD-seq技術(shù)的南方鲇高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建[D]. 謝蜜蜜.西南大學(xué) 2016
[3]利用RAD-seq測(cè)序構(gòu)建美洲黑楊×小葉楊高密度遺傳連鎖圖譜[D]. 王瑩.南京林業(yè)大學(xué) 2014
[4]利用SSR標(biāo)記和大配子體構(gòu)建馬尾松遺傳圖譜[D]. 蔡娟娟.南京林業(yè)大學(xué) 2009
本文編號(hào)：2897436
本文鏈接：http://www.wukwdryxk.cn/nykjlw/lylw/2897436.html
最近更新
教材專著
