苦瓜全雌性連鎖標(biāo)記篩選及轉(zhuǎn)錄組分析
發(fā)布時間：2020-12-08 10:06
苦瓜（Momordica charantia L.）屬于葫蘆科苦瓜屬一年生蔓性草本植物,因為其含有羅漢果苷和苦瓜素等成分而呈苦味,是一種重要的食藥兼用園藝作物,具有重要經(jīng)濟價值�？喙暇哂羞B續(xù)開花結(jié)果特性,提高植株雌雄花比率有利于實現(xiàn)高產(chǎn)。而苦瓜全雌系植株在整個生長過程中只開雌花,用其作為雜交母本可以降低制種成本,簡化制種過程,還可以增加雜交后代植株雌雄花比率,是實現(xiàn)苦瓜高產(chǎn)育種目標(biāo)以及簡化雜交制種程序的理想材料。本課題旨在利用全雌性單基因分離群體,采用第二代高通量測序技術(shù)篩選可能與苦瓜全雌性連鎖的位點并進行驗證,以期獲得苦瓜全雌性連鎖標(biāo)記以及定位苦瓜全雌基因,為苦瓜雌性系育種者提供快速、準(zhǔn)確的篩選方法,促進苦瓜育種的發(fā)展;基于苦瓜全雌性狀進行差異表達分析,以期獲得可能與全雌性有關(guān)的轉(zhuǎn)錄本,為全雌基因克隆和全雌機理解析奠定基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:1.以苦瓜強雌系材料‘Z-1-4’中分離的全雌株為母本,以具有雄花的姊妹株（雌雄異花同株）為父本進行雜交獲得F1代種子,雜種F1植株單株自交后獲得F2分離群體,將F2
【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：65 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
利用CAPS標(biāo)記（BDCS01000329.1-44729）掃描部分單株
圖 3 利用 dCAPS 標(biāo)記（BDCS01000329.1-5762）掃描部分單株Fig.3 Scan the part of the individual plant with the dCAPS marker (BDCS01000329.1-5注：M 為 100bp marker，1-4 為 PCR 產(chǎn)物，6、12、15、19、22、24 為全雌株，5、7、8、9、10、1116、17、18、20、21、23 為雌雄異花同株植株。Note: M is a 100bp marker, 1-4 is a PCR product, 6, 12, 15, 19, 22, 24 are gynecious plants, 5, 7, 8, 9, 10, 11,17, 18, 20, 21, 23 are monoecious plants.3.3 轉(zhuǎn)錄組差異表達分析及全雌性狀機理解析3.3.1 序列比對分析項目獲得了兩份全雌池和兩份雌雄異花同株池的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，將測的數(shù)據(jù)與苦瓜參考基因組比對，全雌池 Gy1 和 Gy2 在參考序列上有唯一比對
華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018 屆碩士研究生學(xué)位論文3.3.2 轉(zhuǎn)錄本功能注釋及分類將本次轉(zhuǎn)錄組測序獲得的 32916 個轉(zhuǎn)錄本與 GO 和 KEGG 數(shù)據(jù)庫比對，同時利用 GO 和 KEGG 數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)庫對分析得到的轉(zhuǎn)錄本進行功能注釋，根據(jù)轉(zhuǎn)錄本參與的生物學(xué)過程，對這些轉(zhuǎn)錄本進行功能分類。注釋到 GO 庫的苦瓜轉(zhuǎn)錄本有 7919 個，占測序所得總轉(zhuǎn)錄本數(shù)目的 24.06％。利用 GO 數(shù)據(jù)庫將苦瓜轉(zhuǎn)錄本從生物過程（BP）、細胞組分（CC）、分子功能（MF）3 個方面進行功能分類。發(fā)現(xiàn)這些轉(zhuǎn)錄本在生物過程分類中，參與代謝過程的最多，其次為細胞過程和單一生物過程，生物調(diào)節(jié)和生物過程的調(diào)控等所包含的轉(zhuǎn)錄本也占有一定的比例；在細胞組分分類中，參與細胞部分、細胞、細胞器、細胞膜和大分子復(fù)合物等途徑的轉(zhuǎn)錄本所占比例較大；在分子功能分類中，起催化活性和結(jié)合作用的轉(zhuǎn)錄本占絕大部分，起轉(zhuǎn)運蛋白活性和結(jié)構(gòu)分子活性的轉(zhuǎn)錄本也占有一定的比例（圖 4）。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]基于SLAF-seq技術(shù)的苦瓜白粉病SNP分子標(biāo)記開發(fā)[J]. 馮誠誠,黃如葵,黃熊娟,陳小鳳,黃玉輝,梁家作,劉杏連,王齊旭. 熱帶作物學(xué)報. 2018(01)
[2]基于SNP標(biāo)記桃抗蚜性狀的基因定位[J]. 張南南,魯振華,崔國朝,潘磊,曾文芳,牛良,王志強. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(23)
[3]利用SNP芯片和BSA分析規(guī)�；ㄎ恍←溈拱追鄄』騕J]. 吳秋紅,陳永興,李丹,王振忠,張艷,袁成國,王西成,趙虹,曹廷杰,劉志勇. 作物學(xué)報. 2018(01)
[4]苦瓜的應(yīng)用價值與開發(fā)利用研究進展[J]. 羅嘉,張軍. 食品工業(yè). 2016(10)
[5]DNA分子標(biāo)記技術(shù)及其在植物育種中的應(yīng)用[J]. 王洪振,王姝,鄺盼盼,林政發(fā),程軍,趙永斌,李長有,于長春. 吉林師范大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2016(01)
[6]被子植物雌全同株性系統(tǒng):系統(tǒng)演化、性表達與進化意義[J]. 吉乃提汗·馬木提,譚敦炎. 植物生態(tài)學(xué)報. 2014(01)
[7]苦瓜新品種‘華碧玉’[J]. 楊靜,孔秋生,余中偉,汪自松,向長萍. 園藝學(xué)報. 2013(04)
[8]苦瓜保健功能的研究進展[J]. 陳敬鑫,張子沛,羅金鳳,王健,丁曉雯. 食品科學(xué). 2012(01)
[9]應(yīng)用乙烯利促進南瓜雌花分化試驗研究[J]. 張淑平. 現(xiàn)代農(nóng)村科技. 2010(20)
[10]全雌系苦瓜兩性花分化的化學(xué)調(diào)控[J]. 王日升,張曼,方鋒學(xué),劉文君,楊麗濤,李楊瑞. 中國蔬菜. 2010(14)
博士論文
[1]黃瓜果實苦味基因遺傳分析及精細定位[D]. 張圣平.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2011
本文編號：2904911
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【部分圖文】：
利用CAPS標(biāo)記（BDCS01000329.1-44729）掃描部分單株
圖 3 利用 dCAPS 標(biāo)記（BDCS01000329.1-5762）掃描部分單株Fig.3 Scan the part of the individual plant with the dCAPS marker (BDCS01000329.1-5注：M 為 100bp marker，1-4 為 PCR 產(chǎn)物，6、12、15、19、22、24 為全雌株，5、7、8、9、10、1116、17、18、20、21、23 為雌雄異花同株植株。Note: M is a 100bp marker, 1-4 is a PCR product, 6, 12, 15, 19, 22, 24 are gynecious plants, 5, 7, 8, 9, 10, 11,17, 18, 20, 21, 23 are monoecious plants.3.3 轉(zhuǎn)錄組差異表達分析及全雌性狀機理解析3.3.1 序列比對分析項目獲得了兩份全雌池和兩份雌雄異花同株池的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，將測的數(shù)據(jù)與苦瓜參考基因組比對，全雌池 Gy1 和 Gy2 在參考序列上有唯一比對
華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018 屆碩士研究生學(xué)位論文3.3.2 轉(zhuǎn)錄本功能注釋及分類將本次轉(zhuǎn)錄組測序獲得的 32916 個轉(zhuǎn)錄本與 GO 和 KEGG 數(shù)據(jù)庫比對，同時利用 GO 和 KEGG 數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)庫對分析得到的轉(zhuǎn)錄本進行功能注釋，根據(jù)轉(zhuǎn)錄本參與的生物學(xué)過程，對這些轉(zhuǎn)錄本進行功能分類。注釋到 GO 庫的苦瓜轉(zhuǎn)錄本有 7919 個，占測序所得總轉(zhuǎn)錄本數(shù)目的 24.06％。利用 GO 數(shù)據(jù)庫將苦瓜轉(zhuǎn)錄本從生物過程（BP）、細胞組分（CC）、分子功能（MF）3 個方面進行功能分類。發(fā)現(xiàn)這些轉(zhuǎn)錄本在生物過程分類中，參與代謝過程的最多，其次為細胞過程和單一生物過程，生物調(diào)節(jié)和生物過程的調(diào)控等所包含的轉(zhuǎn)錄本也占有一定的比例；在細胞組分分類中，參與細胞部分、細胞、細胞器、細胞膜和大分子復(fù)合物等途徑的轉(zhuǎn)錄本所占比例較大；在分子功能分類中，起催化活性和結(jié)合作用的轉(zhuǎn)錄本占絕大部分，起轉(zhuǎn)運蛋白活性和結(jié)構(gòu)分子活性的轉(zhuǎn)錄本也占有一定的比例（圖 4）。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]基于SLAF-seq技術(shù)的苦瓜白粉病SNP分子標(biāo)記開發(fā)[J]. 馮誠誠,黃如葵,黃熊娟,陳小鳳,黃玉輝,梁家作,劉杏連,王齊旭. 熱帶作物學(xué)報. 2018(01)
[2]基于SNP標(biāo)記桃抗蚜性狀的基因定位[J]. 張南南,魯振華,崔國朝,潘磊,曾文芳,牛良,王志強. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(23)
[3]利用SNP芯片和BSA分析規(guī)�；ㄎ恍←溈拱追鄄』騕J]. 吳秋紅,陳永興,李丹,王振忠,張艷,袁成國,王西成,趙虹,曹廷杰,劉志勇. 作物學(xué)報. 2018(01)
[4]苦瓜的應(yīng)用價值與開發(fā)利用研究進展[J]. 羅嘉,張軍. 食品工業(yè). 2016(10)
[5]DNA分子標(biāo)記技術(shù)及其在植物育種中的應(yīng)用[J]. 王洪振,王姝,鄺盼盼,林政發(fā),程軍,趙永斌,李長有,于長春. 吉林師范大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2016(01)
[6]被子植物雌全同株性系統(tǒng):系統(tǒng)演化、性表達與進化意義[J]. 吉乃提汗·馬木提,譚敦炎. 植物生態(tài)學(xué)報. 2014(01)
[7]苦瓜新品種‘華碧玉’[J]. 楊靜,孔秋生,余中偉,汪自松,向長萍. 園藝學(xué)報. 2013(04)
[8]苦瓜保健功能的研究進展[J]. 陳敬鑫,張子沛,羅金鳳,王健,丁曉雯. 食品科學(xué). 2012(01)
[9]應(yīng)用乙烯利促進南瓜雌花分化試驗研究[J]. 張淑平. 現(xiàn)代農(nóng)村科技. 2010(20)
[10]全雌系苦瓜兩性花分化的化學(xué)調(diào)控[J]. 王日升,張曼,方鋒學(xué),劉文君,楊麗濤,李楊瑞. 中國蔬菜. 2010(14)
博士論文
[1]黃瓜果實苦味基因遺傳分析及精細定位[D]. 張圣平.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2011
本文編號：2904911
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