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南蛇藤假種皮發(fā)育的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析

發(fā)布時(shí)間:2020-12-10 19:26
  假種皮是一種具有重要生物學(xué)和生態(tài)學(xué)功能的種子附屬物,普遍存在于衛(wèi)矛科植物中。南蛇藤是衛(wèi)矛科南蛇藤屬多年生木質(zhì)藤本,其果實(shí)成熟開裂露出紅色的假種皮結(jié)構(gòu),在園林上有較高的觀賞價(jià)值,但其假種皮發(fā)育調(diào)控的分子機(jī)理尚未有過(guò)報(bào)道。為此,本文以南蛇藤雌性植株為研究對(duì)象,以盛花期、落花期的雌花和幼果期的果實(shí)為實(shí)驗(yàn)材料,采用新一代高通量RNA-seq測(cè)序技術(shù),開展對(duì)其假種皮3個(gè)不同發(fā)育階段的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析與研究,探究與假種皮發(fā)育相關(guān)的差異基因表達(dá)情況以及假種皮形成過(guò)程中控制萜類合成的基因表達(dá)情況,并且利用生物信息學(xué)方法對(duì)MADS-box轉(zhuǎn)錄因子家族基因進(jìn)行了分析,最后還分析了南蛇藤轉(zhuǎn)錄組SSR及SNP位點(diǎn)特征。具體研究結(jié)果如下:1、分別構(gòu)建三個(gè)cDNA文庫(kù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,原始數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)濾后分別獲得5.2G、5.35G和5.56G clean reads,共計(jì)87,600個(gè)unigene,平均長(zhǎng)度為453 bp。三個(gè)不同發(fā)育時(shí)期差異基因的GO和KEGG功能富集顯示:13個(gè)候選基因在假種皮發(fā)育過(guò)程中顯著上調(diào)表達(dá),9個(gè)基因顯著下調(diào)表達(dá);確定了 245個(gè)差異基因與細(xì)胞間通訊相關(guān),WRKY40基因與假種皮發(fā)育密切相關(guān)... 

【文章來(lái)源】:北京林業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】:69 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

南蛇藤假種皮發(fā)育的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析


圖1-1技術(shù)路線圖??Fig.?1-1?Technology?roadmap??

南蛇藤,落花,幼果期,盛花期


?2南蛇藤假種皮發(fā)育的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序2南蛇藤假種皮發(fā)育的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序??2.1實(shí)驗(yàn)材料??2.1.1植物材料??實(shí)驗(yàn)材料來(lái)源于北京中科院植物研宄所的南蛇藤雌性植株。根據(jù)前期對(duì)南蛇藤到果實(shí)發(fā)育過(guò)程的形態(tài)解剖和假種皮形態(tài)發(fā)生的特征觀察,分別子2015年5月丨I、5月8日、5月21日采集同一植株的南蛇藤盛花期(花瓣完全展幵但花藥開裂,尚未傳粉,假種皮發(fā)育起始期)、落花期(傳粉后花瓣凋零,假種皮發(fā)育期)和幼果期(假種皮形態(tài)建成期)材料,經(jīng)液氮迅速冷凍后放入-80°C冰箱低溫保存?zhèn)溆谩??

假種皮,南蛇藤,形態(tài)發(fā)生過(guò)程,原基


2.3.1南蛇藤假種皮發(fā)育特征及測(cè)序樣本的選擇??組織發(fā)生學(xué)研宄顯示,南蛇藤胚珠為倒生胚珠,有兩層珠被,珠孔由內(nèi)珠孔和??外珠孔組成(圖2-2)。在盛花期,外珠孔端珠被外層的細(xì)胞進(jìn)行分裂,形成半圓形??突起的假種皮原基(圖2-2?A-B),進(jìn)而向上形成-個(gè)大的環(huán)狀凸起包圍珠孔(閣2-2?C);??在落花期,假種皮向下、向卜.分別沿珠柄和跖珠生長(zhǎng),由長(zhǎng)條形變?yōu)槟べ|(zhì)的耳垂形(圖??2-2?D-I),由僅著生在種子基部到包被胚珠的2/3;在幼果期,耳垂形假種皮持續(xù)向??著合點(diǎn)生長(zhǎng),最終完全包裹胚珠(閣2-2.丨-K)。由此可見,南蛇藤假種皮在盛花期起??始發(fā)育,隨著雌花的發(fā)育,假種皮也逐漸生長(zhǎng),在落花期,假種皮包被臍珠2/3部分,??在幼果期,假種皮形態(tài)建成。在此基礎(chǔ)上,本研究選取發(fā)育背景相同的南蛇藤盛花期、??落花期和幼果期三個(gè)發(fā)育時(shí)期的材料,分別進(jìn)行轉(zhuǎn)斌組測(cè)序,分析探i、J?與假種皮發(fā)育??過(guò)程相關(guān)的分子調(diào)控機(jī)制。??mmm??__??亀??圖2-2南蛇藤假種皮的形態(tài)發(fā)生過(guò)程??en:內(nèi)珠孔;ex:外珠孔:ap:假種皮原基;cp:圓形突起物;a:假種皮。??Fig.?2-2?Aril?development?of?C.?orbicula/us?during?three?stages??en:?endostome;?ex:?exostome;?ap:?aril?primordium;?cp;?circular?protrusion;?a:?aril.?Bar:?A

【參考文獻(xiàn)】:
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碩士論文
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[6]基于RNA-Seq的陽(yáng)春砂果實(shí)發(fā)育過(guò)程中糖和萜類代謝的研究[D]. 于安民.廣州中醫(yī)藥大學(xué) 2014
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本文編號(hào):2909247

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