菊屬、亞菊屬葉綠體DNA的基因組結(jié)構(gòu)與進化分析
發(fā)布時間:2020-12-18 01:01
菊花(Chrysanthemum morifolium Ramat.)原產(chǎn)中國,是中國十大名花之一,有著悠久的栽植歷史,并且在中國詩詞文化和花卉產(chǎn)業(yè)中具有非常重要的地位。菊花所在的春黃菊族具有豐富多樣性,其近緣種具有許多優(yōu)良的性狀,對這些物種親緣關(guān)系進行研究,可以為育種奠定基礎(chǔ)和提供理論指導(dǎo)。伴隨高通量測序技術(shù)飛速發(fā)展,可以快速、低成本地得到基因組數(shù)據(jù)?紤]到葉綠體本身的保守性、基因組小等特點。本研究旨在獲得部分菊屬和亞菊屬植物葉綠體基因組的DNA序列,對序列進行結(jié)構(gòu)分析,以研究其進化演變,并為菊屬和亞菊屬的準(zhǔn)確分類提供理論依據(jù)。主要的結(jié)論如下:1.比較了三種方法提取葉綠體DNA效果,得到比較有效、快速的方法,即用常規(guī)葉綠體DNA提取法提取葉綠體,再用試劑盒提取葉綠體DNA,成功提取了十個菊屬和亞菊屬的葉綠體DNA。2.將得到的菊屬、亞菊屬葉綠體DNA測序組裝后,分別進行結(jié)構(gòu)分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)菊屬、亞菊屬之間不同物種的差異很小。通過基因組大小比對發(fā)現(xiàn),菊屬、亞菊屬的葉綠體基因組長度十分相似,都在151,000bp左右,這些物種全部含有相同的一套編碼基因,包括113個基因,其中有17個基因是...
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:82 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-1葉綠體逆行信號傳導(dǎo)的過程(Chan?etal.,2016)??Fig.1-1?Chloroplast?retrograde?signaling.??質(zhì)體和細?
100?t?;;;;:i|I:;/:.:/;;:7^?;':??圖2-2試劑盒法檢測結(jié)果??Fig.?2-2?Test?results?of?cpDNA?isolation?kit.??MIA-Hindllldigest?(Takara)?;?I.異色菊;2.菊花腦;3.大島野路菊;4.甘菊;5.薩摩野菊;6.多花亞菊;??7.紀(jì)伊潮菊;8.磯菊;9.鹽菊;10.足揩野路菊;M2.?D2000?(Tiangen)??(2)
^?一純化葉綠體細胞??洗滌葉綠體懸液?—??圖2-1常規(guī)菊科葉綠體DNA提取步驟??Fig.?2-1?General?extraction?for?chloroplast?DNA?of?the?Asteraceae??1.4葉綠體DNA質(zhì)量檢測??取ljil的葉綠體DNA,用2%濃度的瓊脂糖凝膠電泳,在紫外光下進行檢測。??2結(jié)果與分析??2.1葉綠體DNA質(zhì)量檢測結(jié)果??(1)試劑盒法:經(jīng)過初步跑膠檢測后,發(fā)現(xiàn)菊花腦、大島野路菊、多花亞菊、薩??摩野菊的條帶較亮,但是其他材料的條帶都不太理想,有降解現(xiàn)象(圖2-2)。因此??只將菊花腦、大島野路菊、多花亞菊、薩摩野菊送測,后續(xù)測序步驟由恒創(chuàng)基因有限??公司完成。此方法成功提取了菊花腦、薩摩野菊、多花亞菊的葉綠體DNA。為了解??決這一現(xiàn)象,在參考杰美公司其他試劑盒后,我們決定使用改良試劑盒法,即使用??GENMED高多糖/酷植物組織葉綠體DNA萃取試劑盒,并在后期提取實驗中,嚴(yán)格??要求避光、快速,使得葉綠體降解不嚴(yán)重。??14??
本文編號:2923043
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:82 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-1葉綠體逆行信號傳導(dǎo)的過程(Chan?etal.,2016)??Fig.1-1?Chloroplast?retrograde?signaling.??質(zhì)體和細?
100?t?;;;;:i|I:;/:.:/;;:7^?;':??圖2-2試劑盒法檢測結(jié)果??Fig.?2-2?Test?results?of?cpDNA?isolation?kit.??MIA-Hindllldigest?(Takara)?;?I.異色菊;2.菊花腦;3.大島野路菊;4.甘菊;5.薩摩野菊;6.多花亞菊;??7.紀(jì)伊潮菊;8.磯菊;9.鹽菊;10.足揩野路菊;M2.?D2000?(Tiangen)??(2)
^?一純化葉綠體細胞??洗滌葉綠體懸液?—??圖2-1常規(guī)菊科葉綠體DNA提取步驟??Fig.?2-1?General?extraction?for?chloroplast?DNA?of?the?Asteraceae??1.4葉綠體DNA質(zhì)量檢測??取ljil的葉綠體DNA,用2%濃度的瓊脂糖凝膠電泳,在紫外光下進行檢測。??2結(jié)果與分析??2.1葉綠體DNA質(zhì)量檢測結(jié)果??(1)試劑盒法:經(jīng)過初步跑膠檢測后,發(fā)現(xiàn)菊花腦、大島野路菊、多花亞菊、薩??摩野菊的條帶較亮,但是其他材料的條帶都不太理想,有降解現(xiàn)象(圖2-2)。因此??只將菊花腦、大島野路菊、多花亞菊、薩摩野菊送測,后續(xù)測序步驟由恒創(chuàng)基因有限??公司完成。此方法成功提取了菊花腦、薩摩野菊、多花亞菊的葉綠體DNA。為了解??決這一現(xiàn)象,在參考杰美公司其他試劑盒后,我們決定使用改良試劑盒法,即使用??GENMED高多糖/酷植物組織葉綠體DNA萃取試劑盒,并在后期提取實驗中,嚴(yán)格??要求避光、快速,使得葉綠體降解不嚴(yán)重。??14??
本文編號:2923043
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