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基于SSR標記及ITS、cpDNA序列的刺梨遺傳多樣性分析

發(fā)布時間:2024-05-25 08:30
  刺梨(Rosa roxburghii Tratt.,2n=2x=14)屬薔薇科(Rosaceae)薔薇屬(Rosa),主要分布于我國西南地區(qū),以貴州的種質(zhì)資源最為豐富。迄今對刺梨的遺傳背景知之甚少,基因組信息更是缺乏,導致可用的遺傳標記及相關的遺傳多樣性研究極其有限。本研究利用前期轉(zhuǎn)錄組及基因組調(diào)研圖測序開發(fā)的SSR標記,并結(jié)合ITS和cpDNA序列,對包括貴州、云南、四川、重慶、湖南、湖北、陜西7省(市)共29個野生刺梨居群的遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)及親緣地理學等信息進行了分析。主要研究結(jié)果如下:1.結(jié)合EST-SSR和nSSR各10對引物對29個野生刺梨居群共255份材料進行遺傳多樣性分析,結(jié)果表明,與薔薇科桃、梨、中國櫻桃等植物相比,刺梨居群的遺傳多樣性處于適中到較高水平(Na=4.00,Ne=3.11,I=1.14,Ho=0.84,He=0.67,Nei’s=0.62),其中以織金(ZJ)居群遺傳多樣性最高;基于ITS序列變異分析結(jié)果共發(fā)現(xiàn)9個核苷酸變異,據(jù)此定義了10個單倍型,也表現(xiàn)出適中的遺傳多樣性水平(Hd=0.247,π=0.00040),并以水城(SC)居群遺傳多樣性最高...

【文章頁數(shù)】:92 頁

【學位級別】:碩士

【部分圖文】:

圖1部分引物在6個野生刺梨(A、B、C、D、E、F)和無籽刺梨(G)、金櫻子(H)、懸鉤子薔薇(I)中的擴增(引物026、027、028、029、030信息見表5)

圖1部分引物在6個野生刺梨(A、B、C、D、E、F)和無籽刺梨(G)、金櫻子(H)、懸鉤子薔薇(I)中的擴增(引物026、027、028、029、030信息見表5)

圖1部分引物在6個野生刺梨(A、B、C、D、E、F)和無籽刺梨(G)、金櫻子(H)、懸鉤子薔薇(I)中的擴增(引物026、027、028、029、030信息見表5)Fig.1Amplificationofprimer26,27,28,29and30sh....


圖2引物70對255份材料的擴增Fig.2Amplificationofprimer70showedin255materials50bp—F

圖2引物70對255份材料的擴增Fig.2Amplificationofprimer70showedin255materials50bp—F

圖2引物70對255份材料的擴增g.2Amplificationofprimer70showedin255mate結(jié)果性的nSSR引物在所有樣品上均能擴增出清的擴增條帶在4~10條之間,平均7.3條,其87.67%(表4)。圖3為引....


圖3引物028對255份材料的擴增Fig.3Amplificationofprimer028showedin255materials3.1.2群體遺傳多樣性分析

圖3引物028對255份材料的擴增Fig.3Amplificationofprimer028showedin255materials3.1.2群體遺傳多樣性分析

27圖3引物028對255份材料的擴增Fig.3Amplificationofprimer028showedin255materials3.1.2群體遺傳多樣性分析3.1.2.1基于EST-SSR群體遺傳多樣性分析采用卡方檢驗對各居群的多基因座位....


圖4基于STRUCTURE分析對刺梨類群數(shù)的數(shù)學模型建立Fig.4ModelingofclusternumberforR.roxburghiiusingSTRUCTURE

圖4基于STRUCTURE分析對刺梨類群數(shù)的數(shù)學模型建立Fig.4ModelingofclusternumberforR.roxburghiiusingSTRUCTURE

圖4基于STRUCTURE分析對刺梨類群數(shù)的數(shù)學模型建立Fig.4ModelingofclusternumberforR.roxburghiiusingSTRUCTURE類群1和2在29個刺梨群體中分布的情況有所不同(圖5,其中紅色代表類....



本文編號:3981934

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