發(fā)布時(shí)間：2024-06-14 19:06

　　蓮(Nelumbo nucifera)是一種古老的雙子葉植物,具有很高的觀賞、食用和藥用價(jià)值,在我國有著悠久的栽培歷史。蓮基因組草圖的發(fā)布,為在全基因組水平上進(jìn)一步開展蓮相關(guān)性狀的遺傳機(jī)制研究打下了基礎(chǔ)。蓮的地下莖俗稱藕,是我國較受歡迎的水生蔬菜之一,具有很高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。研究蓮藕膨大的進(jìn)化與遺傳機(jī)制,對于促進(jìn)蓮藕的育種與產(chǎn)業(yè)化具有重要意義。本研究選用19個(gè)蓮種質(zhì)資源,通過全基因組重測序的方法,探究全基因組水平上蓮種質(zhì)資源的遺傳分化模式,同時(shí),通過以地下莖膨大的溫代蓮為父本,以地下莖不膨大的熱帶蓮為母本構(gòu)建蓮F2遺傳群體,利用GBS簡化基因組測序技術(shù)獲得海量的SNP標(biāo)記,結(jié)合篩選得到的親本間多態(tài)性SSR標(biāo)記,繪制了一張高密度蓮F2遺傳連鎖圖譜。通過調(diào)查蓮F2群體兩年的地下莖表型相關(guān)性狀,對蓮地下莖發(fā)育相關(guān)性狀進(jìn)行QTL定位分析,探究蓮地下莖發(fā)育的遺傳機(jī)制。主要結(jié)果如下:1,對19份不同來源的蓮野生及栽培資源進(jìn)行了重測序分析,從全基因組水平上,解析了蓮不同生態(tài)型及亞種之間的遺傳分化。其中,美洲黃蓮(N.lutea Pers.)和亞洲蓮之間(N.nucifera Gaertan.)遺傳距離較...

【文章頁數(shù)】：117 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 引言
    1.1 蓮及其地理分布
    1.2 蓮的系統(tǒng)分類學(xué)研究
    1.3 蓮的社會(huì)及經(jīng)濟(jì)價(jià)值
    1.4 蓮種質(zhì)資源
    1.5 蓮的組學(xué)研究現(xiàn)狀
    1.6 蓮遺傳圖譜構(gòu)建及QTL定位
    1.7 地下莖發(fā)育相關(guān)研究
    1.8 分子標(biāo)記技術(shù)及群體遺傳學(xué)研究
第2章 蓮種質(zhì)資源的遺傳分化
    2.1 主要研究內(nèi)容
    2.2 實(shí)驗(yàn)材料與方法
        2.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2.2 全基因組DNA文庫的構(gòu)建及測序
        2.2.3 數(shù)據(jù)質(zhì)控
        2.2.4 SNP和InDel變異檢測
        2.2.5 變異過濾,驗(yàn)證及統(tǒng)計(jì)分析
        2.2.6 基于SNP的進(jìn)化樹構(gòu)建,基因組結(jié)構(gòu)及PCA分析
        2.2.7 基因變異率比較分析
        2.2.8 兩種生態(tài)型分化相關(guān)候選基因的獲取
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 蓮種質(zhì)資源的基本信息與分類
        2.3.2 蓮種質(zhì)資源的變異統(tǒng)計(jì)與驗(yàn)證
        2.3.3 蓮群體結(jié)構(gòu)分析
        2.3.4 蓮選擇性進(jìn)化過程中基因的變異檢測
        2.3.5 蓮兩個(gè)生態(tài)型分化相關(guān)基因的篩選
        2.3.6 五個(gè)蓮亞群的變異分析
    2.4 討論
        2.4.1 蓮種質(zhì)及生態(tài)型之間的遺傳關(guān)系
        2.4.2 在蓮的遺傳進(jìn)化進(jìn)程中基因的變異
        2.4.3 蓮地下莖發(fā)育候選基因的篩選
第3章 蓮高密度遺傳圖譜構(gòu)建及地下莖發(fā)育相關(guān)性狀的QTL定位
    3.1 主要研究內(nèi)容
    3.2 實(shí)驗(yàn)材料與方法
        3.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.2.2 植物樣本DNA的提取
        3.2.3 DNA文庫構(gòu)建
        3.2.4 數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾
        3.2.5 變異檢測
        3.2.6 親本間多態(tài)性標(biāo)記檢測、子代基因分型和標(biāo)記篩選
        3.2.7 SRR多態(tài)性標(biāo)記篩選
        3.2.8 遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
        3.2.9 地下莖相關(guān)性狀表型值的測量
        3.2.10 地下莖膨大相關(guān)性狀的QTL定位
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.0 親本間SNP標(biāo)記開發(fā)
        3.3.1 SSR標(biāo)記的篩選
        3.3.2 高密度遺傳圖譜的構(gòu)建
        3.3.3 遺傳連鎖圖與物理圖的共線性分析
        3.3.4 親本間表型差異分析
        3.3.5 群體間表型統(tǒng)計(jì)分析
        3.3.6 蓮地下莖表型性狀的QTL定位
        3.3.7 地下莖發(fā)育相關(guān)候選基因的篩選
    3.4 討論
        3.4.1 親本的選擇
        3.4.2 蓮高密度遺傳連鎖圖譜
        3.4.3 蓮地下莖表型性狀相關(guān)性及QTL定位
第4章 結(jié)論與展望
    4.1 蓮種質(zhì)資源的遺傳分化
    4.2 蓮高密度遺傳圖譜構(gòu)建及地下莖表型性狀的QTL分析
    4.3 展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡歷及攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文與研究成果



本文編號：3994302