發(fā)布時(shí)間：2020-12-21 11:44

　　DNA測(cè)序技術(shù)是進(jìn)一步研究和改造目的基因的基礎(chǔ),是現(xiàn)代生物學(xué)研究中重要的手段之一,在生命科學(xué)等領(lǐng)域有著廣泛應(yīng)用。本論文基于不同類型的核苷酸參與合成反應(yīng)產(chǎn)生相同檢測(cè)分子的原理,提出一種兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序新技術(shù),為高通量DNA實(shí)時(shí)合成測(cè)序提供一種增加DNA測(cè)序閱讀長(zhǎng)度的策略；同時(shí)也為PCR產(chǎn)物的實(shí)時(shí)分析提供一種新方法。本論文的主要研究?jī)?nèi)容和成果如下：1.兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序技術(shù)的原理及特征與傳統(tǒng)焦磷酸測(cè)序技術(shù)（簡(jiǎn)稱焦測(cè)序技術(shù)）不同,該測(cè)序技術(shù)不是直接讀取具體的堿基信息,而是通過(guò)解碼序列的編碼信息來(lái)確定待測(cè)序列,這些編碼包含參與合成反應(yīng)的核苷酸類型和數(shù)目。首先,從理論上探討該測(cè)序技術(shù)的可行性；A、G、C和T四種堿基,能形成六種不同的兩核苷酸組合：AG、AC、AT、GT、CT和CG,這六種不同的兩核苷酸組合能形成三組兩核苜酸測(cè)序循環(huán)加入方式（AG/CT、AC/GT和AT/CG）。對(duì)任意一條待測(cè)序列而言,從三組測(cè)序方式（AG/CT、AC/GT和AT/CG）中任選兩組進(jìn)行兩次平行合成測(cè)序,得到兩組編碼序列片段,再按照既定的解碼原理組裝出待測(cè)DNA模板的準(zhǔn)確堿基信息,表明該測(cè)序策略的可行性。其次,... 

【文章來(lái)源】：東南大學(xué)江蘇省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：140 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
中文摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1. DNA測(cè)序技術(shù)研究進(jìn)展
        1.1.1. 第一代DNA測(cè)序技術(shù)
        1.1.2. 第二代高通量DNA測(cè)序技術(shù)
        1.1.3. 第三代高通量DNA測(cè)序技術(shù)
    1.2. 實(shí)時(shí)合成DNA測(cè)序技術(shù)
        1.2.1. 第一代實(shí)時(shí)合成DNA測(cè)序技術(shù)
        1.2.2. 第二代實(shí)時(shí)合成DNA測(cè)序技術(shù)
        1.2.3. 第三代實(shí)時(shí)合成DNA測(cè)序技術(shù)
    1.3. 本課題研究目標(biāo)和內(nèi)容
        1.3.1. 研究目標(biāo)
        1.3.2. 研究?jī)?nèi)容
第二章 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序技術(shù)研究
    2.1. 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序的原理
        2.1.1. 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序的理論依據(jù)
        2.1.2. 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序的字符編碼及其解碼原理
        2.1.3. 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序的顏色編碼及其解碼原理
    2.2. 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序的可行性驗(yàn)證
        2.2.1. 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2.2. 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
    2.3. 基于焦磷酸測(cè)序平臺(tái)的兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序
        2.3.1. 實(shí)驗(yàn)材料
        2.3.2. 實(shí)驗(yàn)方法
        2.3.3. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
    2.4. 兩核苷酸實(shí)時(shí)高通量DNA測(cè)序的可能性與特征分析
        2.4.1. 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成高通量DNA測(cè)序的可能性分析
        2.4.2. 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序編碼信息的特征
    2.5. 本章小結(jié)
第三章 兩核苷酸合成焦測(cè)序的定性分析及其應(yīng)用研究
    3.1. 引言
    3.2. 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成焦測(cè)序定性分析的原理
    3.3. 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成焦測(cè)序的條件優(yōu)化
        3.3.1. 實(shí)驗(yàn)材料
        3.3.3. 實(shí)驗(yàn)方法
        3.3.4. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及討論
    3.4. 兩核苷酸合成焦測(cè)序鑒定微生物種群的研究
        3.4.2. 實(shí)驗(yàn)材料
        3.4.3. 實(shí)驗(yàn)方法
        3.4.4. 微生物鑒定的可行性分析
        3.4.5. 兩核苷酸實(shí)時(shí)合成測(cè)序進(jìn)行菌株初步鑒定分離
    3.5. 兩核苷酸合成焦測(cè)序在SNP分型中的應(yīng)用研究
        3.5.1. 引言
        3.5.2. 實(shí)驗(yàn)材料
        3.5.3. 實(shí)驗(yàn)方法
        3.5.4. SNP分型的可行性研究
        3.5.5. 多個(gè)SNP位點(diǎn)的同時(shí)分型研究
    3.6. 本章小結(jié)
第四章 兩核苷酸合成焦測(cè)序定量分析等位基因頻率的研究
    4.1. 引言
    4.2. 實(shí)驗(yàn)材料和方法
        4.2.1. 實(shí)驗(yàn)材料
        4.2.2. 實(shí)驗(yàn)方法
    4.3. 峰高定量
    4.4. 兩核苷酸合成焦測(cè)序定量研究等位基因頻率
        4.4.1. 定量分析等位基因頻率的原理
        4.4.2. 可行性驗(yàn)證
        4.4.3. 定量分析位點(diǎn)rs6717546和rs4148324等位基因的頻率
        4.4.4. 定量分析樣本中等位基因的頻率
    4.5. 本章小結(jié)
第五章 總結(jié)與展望
    5.1. 結(jié)論
    5.2. 課題的不足
    5.3. 展望
參考文獻(xiàn)
附錄Ⅰ
攻博期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文、參加的學(xué)術(shù)會(huì)議及獎(jiǎng)勵(lì)
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Comparative analysis of dideoxy sequencing,the KRAS StripAssay and pyrosequencing for detection of KRAS mutation[J]. Jing Gao, Yan-Yan Li, Ping-Nai Sun, Lin Shen, Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational Research (Ministry of Education),Department of GI Oncology, Peking University School of Oncology, Beijing Cancer Hospital and Institute, Beijing 100142, China.  World Journal of Gastroenterology. 2010(38)



本文編號(hào)：2929768