天祝白牦牛肌肉生長和肌內(nèi)脂肪沉積相關(guān)基因篩選與鑒定
發(fā)布時(shí)間：2020-12-31 19:12
牦牛（Bos grunniens）主要分布在青藏高原及其毗鄰高海拔地區(qū),以產(chǎn)肉和產(chǎn)奶為主。牦牛肉是當(dāng)?shù)啬撩裰匾膭?dòng)物性蛋白來源,但與普通牛肉相比,肌纖維較粗、肌內(nèi)脂肪（IMF）沉積少而嫩度差。遺傳對(duì)畜禽肉質(zhì)性狀有重要的影響,為了解析牦牛肉品質(zhì)形成的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制,本研究以6月齡（M6,n=3）、30月齡（M30,n=3）和54月齡（M54,n=3）天祝白牦牛為研究對(duì)象,利用轉(zhuǎn)錄組（RNA-Seq）、同位素標(biāo)記相對(duì)絕對(duì)定量蛋白質(zhì)組學(xué)（Tandem Mass Tag,TMT）和熒光定量PCR（RT-qPCR）等方法,探究牦牛肌肉和IMF發(fā)育的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制,為發(fā)掘牦牛肌肉品質(zhì)功能基因及分子育種應(yīng)用提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:1.天祝白牦牛6?30月齡生長速度較30?54月齡快;隨年齡增長,肌肉剪切力值、IMF含量顯著增加,且肌纖維直徑顯著增大（P<0.05或P<0.01）。2.不同年齡天祝白牦牛背最長肌RNA-Seq分析,M6 vs M30、M30 vs M54和M6vs M54組分別鑒定到1576個(gè)、124個(gè)和1407個(gè)差異表達(dá)基因（DEGs）（P-adjust<0.0...
【文章來源】：甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)甘肅省
【文章頁數(shù)】：112 頁
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
上調(diào)DEPs GO功能注釋
對(duì)3組間鑒定獲得的460個(gè)下調(diào)DEPs GO功能注釋,圖4-8展示了注釋前25的GO條目,下調(diào)的DEPs被注釋到了53個(gè)GO條目中。生物學(xué)過程歸類中,蛋白數(shù)最多的前3個(gè)條目是細(xì)胞過程(cellular process)、單有機(jī)體過程(single-organism process)和代謝過程(metabolic process);另外,生長(growth)條目也被注釋到該歸類中。細(xì)胞組分歸類中,蛋白數(shù)最多的前3個(gè)條目分別為細(xì)胞(cell)、細(xì)胞部分(cell part)和細(xì)胞器(organelle)。分子功能歸類中,蛋白數(shù)最多的前3個(gè)條目分別為結(jié)合(binding)、催化活性(catalytic activity)和轉(zhuǎn)運(yùn)活性(transporter activity)。4.3.7.2 DEPs GO功能富集分析
通過3組間216個(gè)上調(diào)DEPs GO功能富集,發(fā)現(xiàn)DEPs被顯著富集到153個(gè)GO條目中。圖4-9展示了DEPs顯著富集的前25個(gè)GO條目。生物學(xué)過程(BP)GO歸類顯著富集了114個(gè)GO條目,主要富集在生物調(diào)節(jié)(biological regulation)、生物過程調(diào)節(jié)(regulation of biological process)、蛋白質(zhì)代謝過程調(diào)節(jié)(regulation of protein metabolic process)、催化活性調(diào)節(jié)(regulation of catalytic activity)和防御反應(yīng)(defense response)等GO條目中;另外,磷脂分解代謝過程(phospholipid catabolic process)、甘油脂分解代謝過程(glycerolipid catabolic process)和脂質(zhì)儲(chǔ)存調(diào)節(jié)(regulation of lipid storage)的GO條目也被顯著富集。細(xì)胞組分(CC)GO歸類顯著富集了7個(gè)GO條目,主要富集在細(xì)胞外空間(extracellular space)、血液微粒(blood microparticle)和纖維蛋白原復(fù)合物(fibrinogen complex)等GO條目中。分子功能(MF)GO歸類顯著富集了32個(gè)GO功能條目,主要富集在分子功能調(diào)節(jié)劑(molecular function regulator)、酶活性調(diào)節(jié)(enzyme regulator activity)、脂蛋白顆粒受體結(jié)合(lipoprotein particle receptor binding)和脂肪酸結(jié)合(fatty acid binding)等GO條目中。(2)下調(diào)表達(dá)DEPs GO富集分析
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]牦牛VGLL2基因多態(tài)性與體尺性狀的關(guān)聯(lián)性分析[J]. 楊玉梅,柴志欣,信金偉,王會(huì),王吉坤,張成福,鐘金城,姬秋梅. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2019(10)
[2]牦牛ACTA1基因啟動(dòng)子區(qū)克隆、DNA甲基化與組織表達(dá)相關(guān)性分析[J]. 楊勤,柴志欣,王吉坤,王會(huì),鐘金城. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2020(01)
[3]牦牛基因組和轉(zhuǎn)錄組研究進(jìn)展[J]. 馬志杰. 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(07)
[4]牦牛FABP3基因組織表達(dá)、多態(tài)性及其對(duì)胴體和肉質(zhì)性狀的影響[J]. 胡江,曹健,張麗,趙志東,王繼卿,劉秀,李少斌,陳金林,羅玉柱. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2019(06)
[5]牦牛不同年齡肌肉組織microRNA表達(dá)譜及生物信息學(xué)分析[J]. 紀(jì)會(huì),王會(huì),柴志欣,王吉坤,王嘉博,羅曉林,姬秋梅,信金偉,鐘金城. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(05)
[6]牦牛肉干制品加工研究進(jìn)展[J]. 閆曉晶,雷元華,謝鵬,鮑宇紅,參木友,孫寶忠,張松山. 肉類研究. 2019(03)
[7]舍飼牦牛與犏牛生長性能、屠宰性能、肉品質(zhì)和肌內(nèi)脂肪沉積相關(guān)基因表達(dá)的比較分析[J]. 官久強(qiáng),張海波,羅曉林. 動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2019(06)
[8]無角牦牛的產(chǎn)肉性能及肉品質(zhì)分析[J]. 梁春年,王宏博,吳曉云,張國模,褚敏,殷滿財(cái),郭憲,包鵬甲,丁學(xué)智,馬金壽,武甫德,閻萍. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(18)
[9]淺談天祝白牦牛保種選育技術(shù)措施[J]. 許洪福. 中國牛業(yè)科學(xué). 2018(03)
[10]肌球蛋白重鏈基因在人類遺傳性疾病中的研究進(jìn)展[J]. 何一旻,顧鳴敏. 遺傳. 2017(10)
博士論文
[1]基于蛋白質(zhì)組學(xué)的牦牛平滑肌嫩度形成機(jī)制研究[D]. 李升升.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]秦川牛肌肉與脂肪組織發(fā)育相關(guān)miRNA鑒定及miR-10020調(diào)控機(jī)制解析[D]. 孫加節(jié).西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
[3]秦川牛肉質(zhì)理化特性分析及其正向調(diào)控[D]. 李林強(qiáng).西北農(nóng)林科技大學(xué) 2010
碩士論文
[1]牦牛miR-487b和miR-433對(duì)C2C12增殖和分化調(diào)控作用的研究[D]. 凌笑笑.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2018
[2]年齡和性別對(duì)牦牛舍飼育肥效果和肉品質(zhì)的影響研究[D]. 付洋洋.西南民族大學(xué) 2018
[3]牦牛CAPN1基因多態(tài)性及與胴體和肉質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)研究[D]. 陳杰.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[4]年齡對(duì)牦牛肉肉用品質(zhì)及鈣激活酶活性影響的研究[D]. 徐瑛.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[5]秦川肉牛、荷斯坦奶牛及其雜交后代生長發(fā)育規(guī)律與肉用性能研究[D]. 朱光星.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2013
[6]年齡和肌內(nèi)脂肪沉積對(duì)牛肉嫩度的影響[D]. 盧桂松.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[7]牦牛IGF-Ⅱ及其受體基因多態(tài)與生長性狀相關(guān)性研究[D]. 王丁科.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[8]牦牛GH基因和GHR基因的多態(tài)性及生長發(fā)育的性狀標(biāo)記[D]. 張森.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[9]牦牛IGF-I基因及IGF-IR基因多態(tài)性與生長發(fā)育性狀關(guān)系的研究[D]. 姚玉妮.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號(hào)：2950157
【文章來源】：甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)甘肅省
【文章頁數(shù)】：112 頁
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
上調(diào)DEPs GO功能注釋
對(duì)3組間鑒定獲得的460個(gè)下調(diào)DEPs GO功能注釋,圖4-8展示了注釋前25的GO條目,下調(diào)的DEPs被注釋到了53個(gè)GO條目中。生物學(xué)過程歸類中,蛋白數(shù)最多的前3個(gè)條目是細(xì)胞過程(cellular process)、單有機(jī)體過程(single-organism process)和代謝過程(metabolic process);另外,生長(growth)條目也被注釋到該歸類中。細(xì)胞組分歸類中,蛋白數(shù)最多的前3個(gè)條目分別為細(xì)胞(cell)、細(xì)胞部分(cell part)和細(xì)胞器(organelle)。分子功能歸類中,蛋白數(shù)最多的前3個(gè)條目分別為結(jié)合(binding)、催化活性(catalytic activity)和轉(zhuǎn)運(yùn)活性(transporter activity)。4.3.7.2 DEPs GO功能富集分析
通過3組間216個(gè)上調(diào)DEPs GO功能富集,發(fā)現(xiàn)DEPs被顯著富集到153個(gè)GO條目中。圖4-9展示了DEPs顯著富集的前25個(gè)GO條目。生物學(xué)過程(BP)GO歸類顯著富集了114個(gè)GO條目,主要富集在生物調(diào)節(jié)(biological regulation)、生物過程調(diào)節(jié)(regulation of biological process)、蛋白質(zhì)代謝過程調(diào)節(jié)(regulation of protein metabolic process)、催化活性調(diào)節(jié)(regulation of catalytic activity)和防御反應(yīng)(defense response)等GO條目中;另外,磷脂分解代謝過程(phospholipid catabolic process)、甘油脂分解代謝過程(glycerolipid catabolic process)和脂質(zhì)儲(chǔ)存調(diào)節(jié)(regulation of lipid storage)的GO條目也被顯著富集。細(xì)胞組分(CC)GO歸類顯著富集了7個(gè)GO條目,主要富集在細(xì)胞外空間(extracellular space)、血液微粒(blood microparticle)和纖維蛋白原復(fù)合物(fibrinogen complex)等GO條目中。分子功能(MF)GO歸類顯著富集了32個(gè)GO功能條目,主要富集在分子功能調(diào)節(jié)劑(molecular function regulator)、酶活性調(diào)節(jié)(enzyme regulator activity)、脂蛋白顆粒受體結(jié)合(lipoprotein particle receptor binding)和脂肪酸結(jié)合(fatty acid binding)等GO條目中。(2)下調(diào)表達(dá)DEPs GO富集分析
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]牦牛VGLL2基因多態(tài)性與體尺性狀的關(guān)聯(lián)性分析[J]. 楊玉梅,柴志欣,信金偉,王會(huì),王吉坤,張成福,鐘金城,姬秋梅. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2019(10)
[2]牦牛ACTA1基因啟動(dòng)子區(qū)克隆、DNA甲基化與組織表達(dá)相關(guān)性分析[J]. 楊勤,柴志欣,王吉坤,王會(huì),鐘金城. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2020(01)
[3]牦牛基因組和轉(zhuǎn)錄組研究進(jìn)展[J]. 馬志杰. 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(07)
[4]牦牛FABP3基因組織表達(dá)、多態(tài)性及其對(duì)胴體和肉質(zhì)性狀的影響[J]. 胡江,曹健,張麗,趙志東,王繼卿,劉秀,李少斌,陳金林,羅玉柱. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2019(06)
[5]牦牛不同年齡肌肉組織microRNA表達(dá)譜及生物信息學(xué)分析[J]. 紀(jì)會(huì),王會(huì),柴志欣,王吉坤,王嘉博,羅曉林,姬秋梅,信金偉,鐘金城. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(05)
[6]牦牛肉干制品加工研究進(jìn)展[J]. 閆曉晶,雷元華,謝鵬,鮑宇紅,參木友,孫寶忠,張松山. 肉類研究. 2019(03)
[7]舍飼牦牛與犏牛生長性能、屠宰性能、肉品質(zhì)和肌內(nèi)脂肪沉積相關(guān)基因表達(dá)的比較分析[J]. 官久強(qiáng),張海波,羅曉林. 動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2019(06)
[8]無角牦牛的產(chǎn)肉性能及肉品質(zhì)分析[J]. 梁春年,王宏博,吳曉云,張國模,褚敏,殷滿財(cái),郭憲,包鵬甲,丁學(xué)智,馬金壽,武甫德,閻萍. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(18)
[9]淺談天祝白牦牛保種選育技術(shù)措施[J]. 許洪福. 中國牛業(yè)科學(xué). 2018(03)
[10]肌球蛋白重鏈基因在人類遺傳性疾病中的研究進(jìn)展[J]. 何一旻,顧鳴敏. 遺傳. 2017(10)
博士論文
[1]基于蛋白質(zhì)組學(xué)的牦牛平滑肌嫩度形成機(jī)制研究[D]. 李升升.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]秦川牛肌肉與脂肪組織發(fā)育相關(guān)miRNA鑒定及miR-10020調(diào)控機(jī)制解析[D]. 孫加節(jié).西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
[3]秦川牛肉質(zhì)理化特性分析及其正向調(diào)控[D]. 李林強(qiáng).西北農(nóng)林科技大學(xué) 2010
碩士論文
[1]牦牛miR-487b和miR-433對(duì)C2C12增殖和分化調(diào)控作用的研究[D]. 凌笑笑.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2018
[2]年齡和性別對(duì)牦牛舍飼育肥效果和肉品質(zhì)的影響研究[D]. 付洋洋.西南民族大學(xué) 2018
[3]牦牛CAPN1基因多態(tài)性及與胴體和肉質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)研究[D]. 陳杰.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[4]年齡對(duì)牦牛肉肉用品質(zhì)及鈣激活酶活性影響的研究[D]. 徐瑛.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[5]秦川肉牛、荷斯坦奶牛及其雜交后代生長發(fā)育規(guī)律與肉用性能研究[D]. 朱光星.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2013
[6]年齡和肌內(nèi)脂肪沉積對(duì)牛肉嫩度的影響[D]. 盧桂松.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[7]牦牛IGF-Ⅱ及其受體基因多態(tài)與生長性狀相關(guān)性研究[D]. 王丁科.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[8]牦牛GH基因和GHR基因的多態(tài)性及生長發(fā)育的性狀標(biāo)記[D]. 張森.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[9]牦牛IGF-I基因及IGF-IR基因多態(tài)性與生長發(fā)育性狀關(guān)系的研究[D]. 姚玉妮.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號(hào)：2950157
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