發(fā)布時(shí)間：2020-12-13 21:29

　　奶牛酮病是中國(guó)荷斯坦奶牛種群中發(fā)病率較高、多基因控制的代謝性疾病,不僅對(duì)奶牛的身體狀況造成損壞,而且會(huì)對(duì)養(yǎng)殖業(yè)造成一定的經(jīng)濟(jì)損失。由于酮病為多基因調(diào)控的低遺傳力性狀,本研究采用Fimpute和Beagle軟件兩步基因型填充法,以190頭中國(guó)荷斯坦奶牛的150K基因芯片分析為參考,對(duì)NAGRP數(shù)據(jù)庫中的2488頭中國(guó)荷斯坦奶牛的50K基因芯片進(jìn)行基因型填充。1.以奶�；纪�病或健康二元性狀為表型,利用GEMMA軟件的一般線性模型,對(duì)基因型填充后2678頭牛的96217個(gè)標(biāo)記進(jìn)行了全基因組關(guān)聯(lián)分析,共掃描到25個(gè)與酮病相關(guān)的顯著性位點(diǎn),并在這些位點(diǎn)周圍篩選出可能與酮病相關(guān)的候選基因,包含ALDH1L2、ACAD10、AK3等基因。另外以奶牛血液中β-羥丁酸含量作為表型,采用Plink軟件的多元回歸模型對(duì)190頭牛的120041個(gè)標(biāo)記進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,共篩選到191個(gè)顯著性位點(diǎn),定位到了13個(gè)與酮病相關(guān)的候選基因,包括ACADM、PECR、FN1等基因。2.為了篩選出人工選擇過程中酮病抗性高的奶牛相對(duì)于酮病抗性低的奶牛的正向選擇信號(hào)區(qū)域與位點(diǎn),本研究以患酮病牛群組作為參考組,健康牛群組作為... 

【文章來源】： 白佳琛 河北工程大學(xué)

【文章頁數(shù)】：95 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

50K基因芯片質(zhì)量控制前后各染色體標(biāo)記數(shù)對(duì)比圖

河北工程大學(xué)碩士學(xué)位論文263.4結(jié)果與分析3.4.1基因型數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制以二元性狀為表型，采用GEMMA軟件全基因組關(guān)聯(lián)分析的2678頭中國(guó)荷斯坦奶牛的115787個(gè)標(biāo)記，經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量控制后得到2678頭中國(guó)荷斯坦奶牛96271個(gè)標(biāo)記的基因芯片數(shù)據(jù)，其在29條染色體上的分布如圖3.1所示。以奶牛血液中β-羥丁酸濃度為表型，采用Plink軟件的全基因組關(guān)聯(lián)分析的190頭中國(guó)荷斯坦奶牛的140668個(gè)標(biāo)記，經(jīng)過質(zhì)量控制后得到190頭中國(guó)荷斯坦奶牛120041個(gè)標(biāo)記。3.4.2群體分層分布根據(jù)Plink軟件結(jié)合Eigenstrat軟件[91]進(jìn)行主成分分析，推斷該中國(guó)荷斯坦奶牛群體的遺傳結(jié)構(gòu)，提取前2個(gè)主成分繪制主成分散點(diǎn)圖3-2，PC1為橫坐標(biāo)，PC2為縱坐標(biāo)，其中紅色代表健康組中國(guó)荷斯坦奶牛，藍(lán)色代表酮病組中國(guó)荷斯坦奶牛。從PCA圖結(jié)果以及Eigenstrat軟件顯著性P值（附表1）看出中國(guó)荷斯坦奶牛群體結(jié)構(gòu)未出現(xiàn)顯著的分層現(xiàn)象。圖3-1基因型填充以及質(zhì)量控制后基因芯片的密度圖Fig.3-1Densitymapofthegenechipaftergenotypeimputationandqualitycontrol

第3章全基因組關(guān)聯(lián)分析與選擇信號(hào)分析27圖3-22678頭中國(guó)荷斯坦奶牛主成分圖Fig.3-2PrincipalComponentMapof2678ChineseHolsteinCows3.4.3酮病抗性的全基因組關(guān)聯(lián)分析通過R語言包qqman繪制的QQplot圖3-3可以直觀看出該組數(shù)據(jù)來自同一個(gè)分布。圖3-32678頭中國(guó)荷斯坦奶牛的QQplot圖Fig.3-3QQplotplotof2678ChineseHolsteincows

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]奶牛酮病的發(fā)生原因、臨床癥狀和防治措施[J]. 李文杰.  現(xiàn)代畜牧科技. 2019(10)
[2]多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與復(fù)雜性疾病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)和精準(zhǔn)預(yù)防:機(jī)遇和挑戰(zhàn)[J]. 杭棟,沈洪兵.  中華流行病學(xué)雜志. 2019 (09)
[3]奶牛酮病的病因與中西醫(yī)防治[J]. 岳桂玲.  畜牧獸醫(yī)科技信息. 2019(08)
[4]奶牛酮病的分析診斷和治療[J]. 姚曉芳.  飼料博覽. 2019(07)
[5]奶牛酮病的發(fā)病原因、臨床癥狀和防治措施[J]. 王楊.  現(xiàn)代畜牧科技. 2019(04)
[6]三種血酮儀對(duì)奶牛酮病診斷效果的比較[J]. 劉建波,田琳琳,李興華,白云龍,李鑫,夏成,徐闖,張洪友.  現(xiàn)代畜牧獸醫(yī). 2018(06)
[7]上海地區(qū)奶牛產(chǎn)后低鈣血癥及酮病發(fā)病率調(diào)查[J]. 邊四輩,黃克和.  中國(guó)畜牧雜志. 2018(01)
[8]氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用測(cè)定奶牛血清中的β-羥丁酸[J]. 董春光,武守艷,楊麗華,韓文儒,趙晶晶,陳劍波,韓一超,王俊東.  中國(guó)獸醫(yī)雜志. 2017(05)
[9]SNP芯片基因型填充至測(cè)序數(shù)據(jù)的策略[J]. 李樂義,邵東東,丁向東,張勤.  中國(guó)科技論文. 2016(12)
[10]Effect of agonists of the G protein- coupled receptor 109A on the ketogenesis in primary hepatocytes of bovine[J]. DU Xianghong,HUANG Yunfei,DU Yulan,HE Baoxiang.  畜牧與飼料科學(xué). 2015(Z1)

博士論文
[1]奶牛酮病氧化應(yīng)激致肝細(xì)胞凋亡的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制研究[D]. 李玉.吉林大學(xué) 2014

碩士論文
[1]利用選擇信號(hào)分析方法篩選與綿羊尾型相關(guān)的基因[D]. 袁澤湖.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2016
[2]奶牛酮病發(fā)病率調(diào)查及丙二醇預(yù)防酮病的效果研究[D]. 高陽.黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué) 2015
[3]家畜基因組選擇信號(hào)的比較研究[D]. 羅鵬.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[4]奶牛酮病對(duì)急性期反應(yīng)蛋白HP、SAA影響的研究[D]. 郝景鋒.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[5]NEFA、BHBA和GLU對(duì)體外培養(yǎng)牛肝細(xì)胞中CPT-Ⅰ的影響[D]. 張日和.吉林大學(xué) 2009
[6]奶牛分娩前后血漿Leptin等與奶牛酮病以及繁殖性能的相關(guān)性研究[D]. 黃靜.廣西大學(xué) 2007



本文編號(hào)：2915201