發(fā)布時(shí)間：2020-12-15 12:17

　　魚(yú)類(lèi)的滲透調(diào)節(jié)是一項(xiàng)重要的動(dòng)態(tài)平衡過(guò)程,對(duì)魚(yú)類(lèi)的生存具有極其重要的意義。但到目前為止,關(guān)于魚(yú)類(lèi)鹽度適應(yīng)機(jī)制的研究進(jìn)展仍處于起步階段。松江鱸（Trachidermus fasciatus）為河海洄游性魚(yú)類(lèi),適鹽范圍廣,本研究擬選擇松江鱸作為研究對(duì)象,開(kāi)展魚(yú)類(lèi)鹽度適應(yīng)機(jī)制的研究。本論文首次開(kāi)展了松江鱸魚(yú)的全基因組測(cè)序,利用生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)其進(jìn)行了組裝注釋,評(píng)估了基因組質(zhì)量,分析了基因組結(jié)構(gòu)、蛋白編碼基因構(gòu)成及其特征,從比較基因組角度,對(duì)松江鱸基因組中發(fā)生顯著擴(kuò)張與收縮基因家族類(lèi)別和受正選擇基因進(jìn)行了鑒定和功能解析,篩選出鹽度耐受相關(guān)的基因,為進(jìn)一步研究其鹽度適應(yīng)的基因組學(xué)機(jī)制奠定基礎(chǔ);同時(shí)開(kāi)展了鹽度脅迫下松江路各組織的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析,獲得了松江鱸豐富的轉(zhuǎn)錄組信息,篩選和鑒定了鹽度適應(yīng)相關(guān)候選基因,并對(duì)既發(fā)生擴(kuò)張與收縮或受到正選擇,又在鹽度脅迫下差異表達(dá)的鹽度耐受關(guān)鍵基因進(jìn)行了進(jìn)一步的解析,主要研究結(jié)果如下:1.采用de novo測(cè)序技術(shù)對(duì)松江鱸基因組序列進(jìn)行測(cè)定,通過(guò)Wtdbg2軟件對(duì)基因組序列進(jìn)行組裝,獲得了完整的松江鱸基因組序列。組裝獲得松江鱸的基因組大小為556Mb,Contig N5... 

【文章來(lái)源】：浙江海洋大學(xué)浙江省

【文章頁(yè)數(shù)】：131 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

松江鱸基因組單堿基質(zhì)量分布圖

第二章松江鱸全基因組序列分析及鹽度耐受基因篩選192.2.1.2Reads總體質(zhì)量分布利用Fastqc對(duì)松江鱸基因組測(cè)序的Reads總體質(zhì)量分布進(jìn)行評(píng)估，結(jié)果如圖2.2所示，reads整體質(zhì)量值集中在高分區(qū)域（≥28），其中分值為36的reads數(shù)目最多，且在低分區(qū)域沒(méi)有觀察的明顯的峰值，證明原始數(shù)據(jù)質(zhì)量良好。圖2.2松江鱸基因組測(cè)序Reads總體質(zhì)量分布統(tǒng)計(jì)圖注:橫坐標(biāo)表示的是質(zhì)量分值，縱坐標(biāo)表示的是每個(gè)分值對(duì)應(yīng)的reads數(shù)目。Figure2.2DistributionstatisticsoftheoverallqualitydistributionoftheReadsofTrachidermusfasciatusgenomesequencing.Note:Theabscissaindicatesthepositionofthebase,andtheordinateindicatesthepercentagecontentofthebase.Thebrokenlinesindifferentcolorsrepresentthepercentageofdifferentbases,andthered,blue,green,andgraylinesrepresentthebasesT,C,A,andG,respectively.2.2.1.3Reads堿基分布利用Fastqc對(duì)松江鱸基因組測(cè)序Reads堿基分布狀況進(jìn)行評(píng)估，結(jié)果如圖2.3所示，A、T、C、G四種堿基在松江鱸基因組測(cè)序Reads中的分布整體比較均勻，折線A與T平行且接近，折線G與C平行且接近，說(shuō)明AT之間堿基含量相近，GC之間堿基含量相近。其中，A和T的總含量（～60%）略高于G和C總含量（～40%），與其它物種基因組觀測(cè)的結(jié)果類(lèi)似。但在圖2.3中我們也觀察到四種堿基分布折線前端均發(fā)生了無(wú)規(guī)則的波動(dòng)，堿基組成分布比較雜。這可能是因?yàn)樵跍y(cè)序時(shí)，測(cè)序儀剛開(kāi)始狀態(tài)不穩(wěn)定，且在reads5’-端有構(gòu)建文庫(kù)時(shí)引入的引物，其序列固定，導(dǎo)致結(jié)果測(cè)序結(jié)果會(huì)出現(xiàn)難以避免的頻率偏差。根據(jù)分析結(jié)果，我們將切除reads5’-端5-10bp的序列，以保證后續(xù)分析的數(shù)據(jù)質(zhì)量。

第二章松江鱸全基因組序列分析及鹽度耐受基因篩選20圖2..3松江鱸基因組測(cè)序Reads的堿基分布統(tǒng)計(jì)圖注：橫坐標(biāo)表示的是堿基的位置，縱坐標(biāo)表示的是堿基的百分比含量。不同顏色的折線表示不同堿基的組成百分比，紅色、藍(lán)色、綠色、灰色線條分別代表堿基T、C、A、G。Figure2..3BasesdistributionstatisticsforeachpositionoftheReadsofTrachidermusfasciatusgenomesequencing.Note:Theabscissaindicatesthepositionofthebase,andtheordinateindicatesthepercentagecontentofthebase.Thebrokenlinesindifferentcolorsrepresentthepercentageofdifferentbases,andthered,blue,green,andgraylinesrepresentthebasesT,C,A,andG,respectively.2.2.1.4Reads平均G、C含量分布利用Fastqc對(duì)松江鱸基因組測(cè)序Reads平均G、C含量分布進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，結(jié)果如圖2.4所示，由圖中可知，基因組測(cè)序原始數(shù)據(jù)的平均G、C含量在43%左右。實(shí)際分布曲線為單峰，表示測(cè)序樣品無(wú)污染，與理論分布曲線相比，峰值高度無(wú)明顯差異，兩者的峰的整體坡度情況沒(méi)有明顯差異，說(shuō)明測(cè)序文庫(kù)沒(méi)有被污染或是存在部分reads構(gòu)成的子集偏差，序列整體質(zhì)量較好。圖2.4松江鱸基因組測(cè)序Reads平均GC含量分布圖

【參考文獻(xiàn)】：
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