發(fā)布時(shí)間：2024-06-10 18:09

　　為研究銀杏響應(yīng)干旱脅迫的差異表達(dá)基因,本研究以20%(w/w) PEG6000處理后的銀杏幼苗葉片和正常葉片(對(duì)照)為材料構(gòu)建了15個(gè)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù),共產(chǎn)生了7.88×108原始序列讀數(shù),經(jīng)從頭組裝并優(yōu)化過(guò)濾后得到了93 750個(gè)Unigenes。通過(guò)對(duì)不同時(shí)間點(diǎn)響應(yīng)干旱的基因進(jìn)行差異分析,共找到了4 140個(gè)差異表達(dá)基因,其中有1 953個(gè)上調(diào),2 187個(gè)下調(diào),在干旱過(guò)程中差異表達(dá)基因的動(dòng)態(tài)響應(yīng)表現(xiàn)為干旱處理6 h的上調(diào)差異基因數(shù)最高,干旱處理12 h的下調(diào)差異基因數(shù)最高。進(jìn)一步對(duì)得到的差異表達(dá)基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子鑒定,共鑒定出171個(gè)轉(zhuǎn)錄因子,其中74個(gè)上調(diào),97個(gè)下調(diào),主要集中在MYB (38)、AP2/ERF (26)、NAC(15)、C2C2 (13)和bZIP (6)家族,且轉(zhuǎn)錄因子數(shù)在干旱處理6 h達(dá)到高點(diǎn)。GO富集分析顯示,碳水化合物代謝與細(xì)胞壁大分子代謝占生物學(xué)過(guò)程最多,細(xì)胞膜的組成部分與細(xì)胞外區(qū)域顯著富集在細(xì)胞組分中,水解酶活性占分子功能最多。KEGG富集分析顯示,差異表達(dá)基因顯著富集在苯丙烷生物合成、植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、植物晝夜節(jié)律以及淀粉和蔗糖代謝等通路中。上述研究...

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

圖1Unigenes長(zhǎng)度頻數(shù)

對(duì)處理組和對(duì)照組進(jìn)行差異表達(dá)基因的鑒定，一共鑒定出4140個(gè)DEGs，其中有1953個(gè)上調(diào)DEGs,2187個(gè)下調(diào)DEGs用于接下來(lái)的分析。通過(guò)對(duì)D1、D2、D3、D4四個(gè)時(shí)間點(diǎn)PEG處理和對(duì)照組(CK)的差異表達(dá)基因進(jìn)行分析(圖3)，可以看出，在干旱處理過(guò)程中，上調(diào)的DE....

圖2Unigenes功能注釋統(tǒng)計(jì)

圖1Unigenes長(zhǎng)度頻數(shù)1.4干旱脅迫下轉(zhuǎn)錄因子(TFs)的變化

圖3不同時(shí)間點(diǎn)差異表達(dá)基因的數(shù)量比較

為了鑒定不同干旱時(shí)間點(diǎn)銀杏葉中共同和特異的差異表達(dá)基因，用D1～D4時(shí)間點(diǎn)的DEGs生成韋恩圖(圖5)，可以看出，在干旱脅迫的D2～D3階段(6h～12h),DEGs的重疊部分達(dá)到最大(999個(gè))，在干旱脅迫D2階段時(shí)，DEGs的特異性表達(dá)達(dá)到最高(743)，且干旱脅迫D1階....

圖4不同時(shí)間點(diǎn)轉(zhuǎn)錄因子的數(shù)目

圖3不同時(shí)間點(diǎn)差異表達(dá)基因的數(shù)量比較圖5差異表達(dá)基因韋恩圖

本文編號(hào)：3991707