發(fā)布時間：2024-06-11 03:23

　　目的獲得三叉苦Melicope pteleifolia轉(zhuǎn)錄組信息特征。方法以三叉苦幼苗根、莖、葉混合樣品為對象,采用二代高通量測序平臺Illumina HiSeq^TM 2000進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序并進(jìn)行系統(tǒng)的生物信息學(xué)分析。結(jié)果轉(zhuǎn)錄組測序分析共獲得47 045 040條高質(zhì)量序列(clean reads),Trinity de novo組裝獲得67 956條unigenes,平均長度787 nt。BLAST分析顯示分別有42 749(61.92%)、31 152(45.84%)、26 563(39.0 9%)、17 481(25.72%)條unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG數(shù)據(jù)庫得到注釋信息,參與生物過程、細(xì)胞組分和分子功能3個GO類別的47個小組,共9807條unigenes注釋到130個KEGG代謝通路中,篩選到19條次生代謝通路,KOG功能分類分析獲得25個不同的KOG功能類群。預(yù)測共有高等植物轉(zhuǎn)錄因子56個家族;借助MISA軟件發(fā)現(xiàn)7 748個SSRs,三堿基重復(fù)SSRs數(shù)量最豐富,有4 117個,出現(xiàn)頻率為53.1%,五堿基重復(fù)SS...

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圖1三叉苦轉(zhuǎn)錄組unigenes長度分布

采用二代高通量測序平臺IlluminaHiSeqTM2000對三叉苦小苗根莖葉進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，共得到47728770條rawreads，過濾產(chǎn)生了47045040條cleanreads，包含6937000904個核苷酸信息，Q20（堿基≥20%）為98.57%....

圖2三叉苦轉(zhuǎn)錄組reads在unigenes上的覆蓋統(tǒng)計

圖1三叉苦轉(zhuǎn)錄組unigenes長度分布2.2三叉苦轉(zhuǎn)錄組unigenes功能注釋

圖3三叉苦轉(zhuǎn)錄組unigenes與NR數(shù)據(jù)庫匹配前10個物種分布

利用BLASTx將組裝出來的unigenes序列與NR數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對后，取每個unigenes在NR庫中比對結(jié)果最好（E值最低）的一條序列為對應(yīng)同源序列（如有并列，取第1條），確定同源序列所屬物種，展示同源序列數(shù)量最多的前10個物種（圖3）。在相似序列匹配度較高的物種中，甜橙Ci....

圖4三叉苦轉(zhuǎn)錄組unigenesKOG功能分類圖

在三叉苦根莖葉轉(zhuǎn)錄組中，共有16566條unigenes被注釋到參與生物過程、細(xì)胞組分和分子功能3個GO類別47個小組（圖5）。參與的生物過程主要分布在代謝過程（metabolicprocess）、細(xì)胞過程（cellularprocess）、單一有機(jī)體（single-org....

本文編號：3992330