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基于ITS2條形碼及其二級結構的菊科藥用植物的系統(tǒng)發(fā)育分析

發(fā)布時間:2024-06-23 11:06
  目的采用ITS2(Internal transcribed spacer2,內轉錄間隔區(qū)2)序列作為條形碼技術對菊科藥用植物進行鑒別。方法選取來自西藏自治區(qū)及四川康定、樂山和峨眉地區(qū)的菊科樣品44種,提取DNA并對其進行PCR(Polymerase Chain Reaction,聚合酶鏈式反應)擴增,后測序,測序結果提交至GenBank;同時從GenBank上下載17條樣本序列。使用MEGA7.0軟件計算所提交和下載的61條序列的種內與種間遺傳距離,采用鄰接法(neighbor-joinging,NJ)構建系統(tǒng)聚類樹直觀反應鑒定結果。從ITS2數據庫中預測并比較樣本ITS2序列的二級結構差異。結果菊科植物種間最小遺傳距離0.031大于種內最大遺傳距離0.009,有較明顯的barcoding gap;NJ樹顯示種各屬樣本分別聚為一大枝,種內之間各自聚成小支,表現出良好的單系性;各屬及各種樣品ITS2二級結構存在明顯差異。結論以ITS2序列作為DNA條形碼,能夠對菊科藥用植物進行準確、迅速的識別與鑒定,是物種間進化關系準確的分子鑒定依據,可為該科植物的分布、種群及種群數量的研究提供指導,為...

【文章頁數】:8 頁

【文章目錄】:
1 材料
2 方法
    2.1 樣品DNA提取、PCR擴增及測序
    2.2 數據處理
3 結果
    3.1 序列長度及種內、種間K2P遺傳距離分析
    3.2 NJ樹分析
    3.3 ITS2二級結構的分析
4 討論



本文編號:3995373

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