棘球?qū)俳{蟲線粒體基因組全序列生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間：2020-12-19 20:49
目的利用生物信息學(xué)技術(shù)分析棘球?qū)俳{蟲線粒體基因組全序列堿基組成、基因的結(jié)構(gòu)組成及排列、蛋白基因核苷酸序列變異位點(diǎn)、密碼子使用情況及偏好性、系統(tǒng)發(fā)育等,為研究棘球絳蟲系統(tǒng)起源、演化、分類及親緣關(guān)系等提供理論基礎(chǔ)。方法從GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)下載12種棘球?qū)俳{蟲線mtDNA全序列,并以豬帶絳蟲作為外類群,構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。利用OGDRAW在線分析網(wǎng)站及Vector NTI Express軟件,分析mtDNA的組成及排列情況。用Clust-X軟件對(duì)多個(gè)相似序列進(jìn)行多重序列比對(duì)分析;使用Mega4.0軟件選擇鄰接法構(gòu)建進(jìn)化樹,并分析密碼子使用情況;利用RNAfold在線預(yù)測(cè)網(wǎng)站使用minimum free energy （MFE） and partition function算法預(yù)測(cè)l-rRNA和s-rRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)。結(jié)果除Eg G1外,棘球絳蟲屬mtDNA有36個(gè)編碼基因,包括22個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)RNA基因、12個(gè)蛋白基因、2個(gè)核糖體RNA基因;但Eg G1 mtDNA最小,只有30個(gè)編碼基因,在起始編碼區(qū)缺少6個(gè)編碼轉(zhuǎn)運(yùn)RNA的基因,且第一個(gè)編碼基因不是ND5,而是COX3;編碼蛋白的基因核苷酸序列變異...
【文章來源】：中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2019年03期 北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)
【部分圖文】：
圖３多房棘球絳蟲核糖體（ｒＲＮＡ）基因的二級(jí)結(jié)構(gòu)ｓ－ｒＲＮＡｌ－ｒＲＮＡ
圖４棘球?qū)俳{蟲系統(tǒng)發(fā)育樹Ｆｉｇ．４ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｏｆＥｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓｇｅｎｕｓｌａｔａ）分離出一種棘球絳蟲，其成蟲和幼蟲形態(tài)、分子遺傳特點(diǎn)、寄生宿主范圍和地理分布、物種進(jìn)化等方面與其他棘球?qū)俳{蟲存在較大差異，具備種間差異條件，并以其首次發(fā)現(xiàn)地———四川石渠縣命名為石渠棘球絳蟲［７－８］。但其能否作為新的種還存在許多疑點(diǎn)，石渠棘球絳蟲是否為細(xì)粒棘球絳蟲或多房棘球絳蟲在非適宜宿主中適應(yīng)性的改變不得而知。由于棘球?qū)俳{蟲特別是細(xì)粒棘球絳蟲種內(nèi)變異現(xiàn)象非常普遍［９］，根據(jù)線粒體ＣＯＸ１和ＮＡＤ１基因部分序列的差異，細(xì)粒棘球絳蟲分為Ｇ１－Ｇ１０１０種不同基因型［１，１０－１２］。隨著新的寄生宿主［１３］及生物學(xué)特征［１４］被發(fā)現(xiàn)，這樣的分類依然不盡完善，因此本研究通過分析１２種報(bào)道的棘球?qū)俳{蟲的線粒體基因組序列，為深入了解棘球?qū)俳{蟲，本文從棘球?qū)俳{蟲線粒體基因組序列堿基組成、基因結(jié)構(gòu)與排列、密碼子使用及偏好、系統(tǒng)發(fā)育等進(jìn)行分析。通過分析發(fā)現(xiàn)棘球?qū)倬�粒體主要有三部分組成包括２２個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)ＲＮＡ基因、１２個(gè)蛋白基因、２個(gè)核糖體ＲＮＡ基因，但Ｅ．ｇＧ１線粒體基因組發(fā)生了重排，只有３０個(gè)編碼基因，且第一個(gè)編碼基因不是ＮＤ５，而是ＣＯＸ３，ＮＤ５變?yōu)樽詈笠粋�(gè)，重排是種系進(jìn)化中的稀有事件，重排的規(guī)律性可為重建物種演化歷史提供重要信息。且Ｅ．ｇＧ１缺少６個(gè)編碼轉(zhuǎn)運(yùn)ＲＮＡ，無(wú)法轉(zhuǎn)運(yùn)酪氨酸、亮氨酸、絲氨酸、精氨酸、甘
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]棘球?qū)俳{蟲分子種系發(fā)生研究進(jìn)展[J]. 李立,婁忠子,閆鴻斌,范彥雷,李建秋,殷宏,賈萬(wàn)忠. 中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2014(11)
[2]池蝶蚌線粒體基因組全序列分析[J]. 盛軍慶,林巧惠,王軍花,彭扣,洪一江. 水生生物學(xué)報(bào). 2014(02)
[3]線粒體基因在帶屬絳蟲分子分類中的研究進(jìn)展[J]. 郝桂英. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2014(01)
博士論文
[1]林芝藏豬消化道寄生蟲調(diào)查及蛔蟲、細(xì)頸囊尾蚴線粒體基因組學(xué)研究[D]. 羅厚強(qiáng).華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
本文編號(hào)：2926552
【文章來源】：中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2019年03期 北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)
【部分圖文】：
圖３多房棘球絳蟲核糖體（ｒＲＮＡ）基因的二級(jí)結(jié)構(gòu)ｓ－ｒＲＮＡｌ－ｒＲＮＡ
圖４棘球?qū)俳{蟲系統(tǒng)發(fā)育樹Ｆｉｇ．４ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｏｆＥｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓｇｅｎｕｓｌａｔａ）分離出一種棘球絳蟲，其成蟲和幼蟲形態(tài)、分子遺傳特點(diǎn)、寄生宿主范圍和地理分布、物種進(jìn)化等方面與其他棘球?qū)俳{蟲存在較大差異，具備種間差異條件，并以其首次發(fā)現(xiàn)地———四川石渠縣命名為石渠棘球絳蟲［７－８］。但其能否作為新的種還存在許多疑點(diǎn)，石渠棘球絳蟲是否為細(xì)粒棘球絳蟲或多房棘球絳蟲在非適宜宿主中適應(yīng)性的改變不得而知。由于棘球?qū)俳{蟲特別是細(xì)粒棘球絳蟲種內(nèi)變異現(xiàn)象非常普遍［９］，根據(jù)線粒體ＣＯＸ１和ＮＡＤ１基因部分序列的差異，細(xì)粒棘球絳蟲分為Ｇ１－Ｇ１０１０種不同基因型［１，１０－１２］。隨著新的寄生宿主［１３］及生物學(xué)特征［１４］被發(fā)現(xiàn)，這樣的分類依然不盡完善，因此本研究通過分析１２種報(bào)道的棘球?qū)俳{蟲的線粒體基因組序列，為深入了解棘球?qū)俳{蟲，本文從棘球?qū)俳{蟲線粒體基因組序列堿基組成、基因結(jié)構(gòu)與排列、密碼子使用及偏好、系統(tǒng)發(fā)育等進(jìn)行分析。通過分析發(fā)現(xiàn)棘球?qū)倬�粒體主要有三部分組成包括２２個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)ＲＮＡ基因、１２個(gè)蛋白基因、２個(gè)核糖體ＲＮＡ基因，但Ｅ．ｇＧ１線粒體基因組發(fā)生了重排，只有３０個(gè)編碼基因，且第一個(gè)編碼基因不是ＮＤ５，而是ＣＯＸ３，ＮＤ５變?yōu)樽詈笠粋�(gè)，重排是種系進(jìn)化中的稀有事件，重排的規(guī)律性可為重建物種演化歷史提供重要信息。且Ｅ．ｇＧ１缺少６個(gè)編碼轉(zhuǎn)運(yùn)ＲＮＡ，無(wú)法轉(zhuǎn)運(yùn)酪氨酸、亮氨酸、絲氨酸、精氨酸、甘
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]棘球?qū)俳{蟲分子種系發(fā)生研究進(jìn)展[J]. 李立,婁忠子,閆鴻斌,范彥雷,李建秋,殷宏,賈萬(wàn)忠. 中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2014(11)
[2]池蝶蚌線粒體基因組全序列分析[J]. 盛軍慶,林巧惠,王軍花,彭扣,洪一江. 水生生物學(xué)報(bào). 2014(02)
[3]線粒體基因在帶屬絳蟲分子分類中的研究進(jìn)展[J]. 郝桂英. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2014(01)
博士論文
[1]林芝藏豬消化道寄生蟲調(diào)查及蛔蟲、細(xì)頸囊尾蚴線粒體基因組學(xué)研究[D]. 羅厚強(qiáng).華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
本文編號(hào)：2926552
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