錐栗野生和栽培群體遺傳多樣性的SSR分析
發(fā)布時(shí)間:2020-12-07 11:06
錐栗(Castanea henryi(Skam)Rehd.et Wils.)屬殼斗科栗屬植物,是我國(guó)南方著名的果材兼用樹(shù)種。錐栗的栽培歷史悠久,形成了一批主栽農(nóng)家品種,而野生錐栗群體中保存著大量的遺傳資源。要有效地開(kāi)展良種選育,首先必須了解其遺傳多樣性狀況。本文利用高通量測(cè)序技術(shù)開(kāi)發(fā)錐栗基因組和轉(zhuǎn)錄組SSR標(biāo)記,應(yīng)用開(kāi)發(fā)的SSR分子標(biāo)記研究錐栗野生和栽培群體的遺傳多樣性,對(duì)于錐栗基因資源的保護(hù)和育種利用具有重要的意義。主要研究結(jié)果如下:1、對(duì)SSR富集文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序,在高質(zhì)量的2,051,475條序列中,總共搜索到2,117,345個(gè)SSR,以復(fù)合形式存在的SSR數(shù)量為640,155個(gè)。錐栗GC含量為35.8%,二核苷酸為重復(fù)單元的SSR含量最多,占總數(shù)的73.22%,之后依次為三核苷酸(12.61%)、單核苷酸(12.56%)、四核苷酸(1.33%)。單堿基重復(fù)、二堿基重復(fù)和三堿基重復(fù)優(yōu)勢(shì)重復(fù)單元分別為:A/T、AC/GT、AAG/CTT。以8個(gè)農(nóng)家品種為材料,篩選出10對(duì)穩(wěn)定性好、多態(tài)性較高的基因組SSR引物組合。2、以錐栗優(yōu)良品種“建甌1號(hào)”為材料,對(duì)其根、莖、葉、雌花、雄花、果實(shí)...
【文章來(lái)源】:福建農(nóng)林大學(xué)福建省
【文章頁(yè)數(shù)】:80 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
單堿基質(zhì)量分布圖
SSLP=6 512 0.08%SSLP=7 172 0.03%SSLP=8 54 0.0084%SSLP=9 22 0.0034%SSLP=10 8 0.0013%SSLP=11 2 0.0003%SSLP=12 2 0.0003%SSLP=17 1 0.0002%Total 639,455 100.00%1*SSLP:同一類(lèi)中 SSR 的長(zhǎng)度多態(tài)性(length polymorphism)2.2.3 基因組 SSR 的開(kāi)發(fā)以 8 個(gè)農(nóng)家品種為材料,對(duì) 100 對(duì)引物進(jìn)行篩選,最終選出穩(wěn)定性好、重復(fù)性高和多態(tài)性高的 10 對(duì)基因組 SSR 引物組合(表 2-6、圖 2-2)。
表 3-3 Unigene 功能注釋結(jié)果Tab.3- 3 Statistics of annotation results數(shù)據(jù)庫(kù)的類(lèi)型Annotation inDatabaseNR GOKEGGeggNOGSwissprot通用數(shù)據(jù)In alldatabaseUnigene 數(shù)量Unigene Num78257 45308 6695 74522 58774 5422百分比(%)Percentage (%)44.23 25.61 3.78 42.12 33.22 3.06采用 DESeq (Version 1.18.0)分析表達(dá)差異 Unigene,通過(guò)兩兩對(duì)比,按照表達(dá)量倍數(shù)變化(Fold Change)和表達(dá)量變化顯著性(P-value)篩選出差異 Unigene,篩選標(biāo)準(zhǔn)為|log2(FoldChange)| > 1 & P-value < 0.05。將每一個(gè) Unigene 的表達(dá)量倍數(shù)變化值和表達(dá)量變化顯著性結(jié)果顯示在同一個(gè)圖中,獲得表達(dá)差異 Unigene 分布的直觀結(jié)果。采用 R 語(yǔ)言 ggplot2 軟件包繪制表達(dá)差異 Unigene 的火山圖(Volcano Plot)和 MA
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于完全型SSR標(biāo)記的西番蓮(Passiflora edulis)遺傳多樣性分析[J]. 吳艷艷,田青蘭,劉潔云,黃偉華,黃永才,楊行海,夏秀忠,牟海飛. 分子植物育種. 2019(24)
[2]金花茶遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)AFLP分析[J]. 李辛雷,王潔,殷恒福,范正琪,李紀(jì)元. 生態(tài)與農(nóng)村環(huán)境學(xué)報(bào). 2019(01)
[3]瀕危植物五小葉槭(Acer pentaphyllum Diels)天然種群遺傳多樣性的ISSR標(biāo)記分析[J]. 郝云慶,羅曉波,王曉玲. 四川大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2019(01)
[4]棗莊石榴種質(zhì)資源遺傳多樣性的ISSR分析[J]. 馬麗,王慶軍,羅華,郝兆祥,周玉亮,趙麗娜. 北方園藝. 2018(24)
[5]基于蛇足石杉轉(zhuǎn)錄組的SNP和SSR多態(tài)性分析[J]. 張林甦,劉承貴,蒙慧彤,夏亞蘭. 黔南民族醫(yī)專(zhuān)學(xué)報(bào). 2018(04)
[6]利用SRAP分子標(biāo)記分析杧果種質(zhì)遺傳多樣性[J]. 羅世杏,唐玉娟,黃國(guó)弟,宋恩亮,何江,寧琳,趙英. 熱帶作物學(xué)報(bào). 2018(12)
[7]‘惠水金橘’的葉綠體基因組特征分析[J]. 王小柯,鄭乾明,羅懌,柏自琴,李文云,李金強(qiáng),蔡永強(qiáng). 果樹(shù)學(xué)報(bào). 2019(03)
[8]DNA分子標(biāo)記技術(shù)的研究與應(yīng)用[J]. 陳星,高子厚. 分子植物育種. 2019(06)
[9]山茶屬葉綠體全基因組微衛(wèi)星特征分析及標(biāo)記開(kāi)發(fā)[J]. 殷鑫,溫強(qiáng),王建文,李田,葉金山,徐立安. 分子植物育種. 2018(20)
[10]基于全基因組SNP的貴州久安古茶樹(shù)遺傳關(guān)系分析[J]. 郭燕,喬大河,楊春,李燕,陳正武,陳娟. 植物遺傳資源學(xué)報(bào). 2019(01)
博士論文
[1]尾葉桉×細(xì)葉桉重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳變異與關(guān)聯(lián)分析[D]. 陳升侃.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2018
[2]火力楠種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[D]. 李清瑩.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2018
[3]紅豆樹(shù)天然居群遺傳多樣性和交配系統(tǒng)分析[D]. 李峰卿.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2017
[4]利用關(guān)聯(lián)作圖解析紫斑牡丹重要性狀的等位遺傳變異[D]. 吳靜.北京林業(yè)大學(xué) 2016
[5]日本落葉松生長(zhǎng)及材性相關(guān)基因關(guān)聯(lián)遺傳研究[D]. 劉昌勇.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2016
[6]杜仲高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建與重要數(shù)量性狀的分子標(biāo)記[D]. 李煜.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
[7]中國(guó)楸樹(shù)種質(zhì)資源分布及遺傳多樣性分析[D]. 郝明灼.南京林業(yè)大學(xué) 2013
[8]馬鈴薯育種資源研究及基于全基因組序列的EST-SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)[D]. 李季航.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[9]楊梅基因組SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)和雄株遺傳多樣性分析[D]. 焦云.浙江大學(xué) 2012
碩士論文
[1]野生花生全基因組SSR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)與應(yīng)用[D]. 仇靜靜.山東師范大學(xué) 2018
[2]水松EST-SSR分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)及群體遺傳變異分析[D]. 林雪瑩.中南林業(yè)科技大學(xué) 2018
[3]青籬柴轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序分析及SSR分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)[D]. 黃建敏.貴州師范大學(xué) 2018
[4]寒地懸鉤子SSR分子標(biāo)記與遺傳多樣性分析[D]. 耿佳麒.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[5]蛇足石杉轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及基于SSR標(biāo)記的遺傳多樣性分析[D]. 何美娜.西北大學(xué) 2017
[6]不同樹(shù)形和修剪強(qiáng)度對(duì)錐栗生長(zhǎng)和結(jié)果的影響[D]. 王剛.中南林業(yè)科技大學(xué) 2017
[7]基于表型性狀與分子標(biāo)記的錐栗主栽農(nóng)家品種遺傳多樣性分析[D]. 董蒙蒙.福建農(nóng)林大學(xué) 2017
[8]人參種質(zhì)資源鑒定的SSR核心引物篩選及其應(yīng)用研究[D]. 侯志芳.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2017
[9]山東省梨屬野生種質(zhì)資源調(diào)查與評(píng)價(jià)[D]. 梁婷婷.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[10]錐栗品種授粉配置技術(shù)研究[D]. 張旭輝.中南林業(yè)科技大學(xué) 2016
本文編號(hào):2903138
【文章來(lái)源】:福建農(nóng)林大學(xué)福建省
【文章頁(yè)數(shù)】:80 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
單堿基質(zhì)量分布圖
SSLP=6 512 0.08%SSLP=7 172 0.03%SSLP=8 54 0.0084%SSLP=9 22 0.0034%SSLP=10 8 0.0013%SSLP=11 2 0.0003%SSLP=12 2 0.0003%SSLP=17 1 0.0002%Total 639,455 100.00%1*SSLP:同一類(lèi)中 SSR 的長(zhǎng)度多態(tài)性(length polymorphism)2.2.3 基因組 SSR 的開(kāi)發(fā)以 8 個(gè)農(nóng)家品種為材料,對(duì) 100 對(duì)引物進(jìn)行篩選,最終選出穩(wěn)定性好、重復(fù)性高和多態(tài)性高的 10 對(duì)基因組 SSR 引物組合(表 2-6、圖 2-2)。
表 3-3 Unigene 功能注釋結(jié)果Tab.3- 3 Statistics of annotation results數(shù)據(jù)庫(kù)的類(lèi)型Annotation inDatabaseNR GOKEGGeggNOGSwissprot通用數(shù)據(jù)In alldatabaseUnigene 數(shù)量Unigene Num78257 45308 6695 74522 58774 5422百分比(%)Percentage (%)44.23 25.61 3.78 42.12 33.22 3.06采用 DESeq (Version 1.18.0)分析表達(dá)差異 Unigene,通過(guò)兩兩對(duì)比,按照表達(dá)量倍數(shù)變化(Fold Change)和表達(dá)量變化顯著性(P-value)篩選出差異 Unigene,篩選標(biāo)準(zhǔn)為|log2(FoldChange)| > 1 & P-value < 0.05。將每一個(gè) Unigene 的表達(dá)量倍數(shù)變化值和表達(dá)量變化顯著性結(jié)果顯示在同一個(gè)圖中,獲得表達(dá)差異 Unigene 分布的直觀結(jié)果。采用 R 語(yǔ)言 ggplot2 軟件包繪制表達(dá)差異 Unigene 的火山圖(Volcano Plot)和 MA
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于完全型SSR標(biāo)記的西番蓮(Passiflora edulis)遺傳多樣性分析[J]. 吳艷艷,田青蘭,劉潔云,黃偉華,黃永才,楊行海,夏秀忠,牟海飛. 分子植物育種. 2019(24)
[2]金花茶遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)AFLP分析[J]. 李辛雷,王潔,殷恒福,范正琪,李紀(jì)元. 生態(tài)與農(nóng)村環(huán)境學(xué)報(bào). 2019(01)
[3]瀕危植物五小葉槭(Acer pentaphyllum Diels)天然種群遺傳多樣性的ISSR標(biāo)記分析[J]. 郝云慶,羅曉波,王曉玲. 四川大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2019(01)
[4]棗莊石榴種質(zhì)資源遺傳多樣性的ISSR分析[J]. 馬麗,王慶軍,羅華,郝兆祥,周玉亮,趙麗娜. 北方園藝. 2018(24)
[5]基于蛇足石杉轉(zhuǎn)錄組的SNP和SSR多態(tài)性分析[J]. 張林甦,劉承貴,蒙慧彤,夏亞蘭. 黔南民族醫(yī)專(zhuān)學(xué)報(bào). 2018(04)
[6]利用SRAP分子標(biāo)記分析杧果種質(zhì)遺傳多樣性[J]. 羅世杏,唐玉娟,黃國(guó)弟,宋恩亮,何江,寧琳,趙英. 熱帶作物學(xué)報(bào). 2018(12)
[7]‘惠水金橘’的葉綠體基因組特征分析[J]. 王小柯,鄭乾明,羅懌,柏自琴,李文云,李金強(qiáng),蔡永強(qiáng). 果樹(shù)學(xué)報(bào). 2019(03)
[8]DNA分子標(biāo)記技術(shù)的研究與應(yīng)用[J]. 陳星,高子厚. 分子植物育種. 2019(06)
[9]山茶屬葉綠體全基因組微衛(wèi)星特征分析及標(biāo)記開(kāi)發(fā)[J]. 殷鑫,溫強(qiáng),王建文,李田,葉金山,徐立安. 分子植物育種. 2018(20)
[10]基于全基因組SNP的貴州久安古茶樹(shù)遺傳關(guān)系分析[J]. 郭燕,喬大河,楊春,李燕,陳正武,陳娟. 植物遺傳資源學(xué)報(bào). 2019(01)
博士論文
[1]尾葉桉×細(xì)葉桉重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳變異與關(guān)聯(lián)分析[D]. 陳升侃.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2018
[2]火力楠種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[D]. 李清瑩.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2018
[3]紅豆樹(shù)天然居群遺傳多樣性和交配系統(tǒng)分析[D]. 李峰卿.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2017
[4]利用關(guān)聯(lián)作圖解析紫斑牡丹重要性狀的等位遺傳變異[D]. 吳靜.北京林業(yè)大學(xué) 2016
[5]日本落葉松生長(zhǎng)及材性相關(guān)基因關(guān)聯(lián)遺傳研究[D]. 劉昌勇.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2016
[6]杜仲高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建與重要數(shù)量性狀的分子標(biāo)記[D]. 李煜.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
[7]中國(guó)楸樹(shù)種質(zhì)資源分布及遺傳多樣性分析[D]. 郝明灼.南京林業(yè)大學(xué) 2013
[8]馬鈴薯育種資源研究及基于全基因組序列的EST-SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)[D]. 李季航.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[9]楊梅基因組SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)和雄株遺傳多樣性分析[D]. 焦云.浙江大學(xué) 2012
碩士論文
[1]野生花生全基因組SSR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)與應(yīng)用[D]. 仇靜靜.山東師范大學(xué) 2018
[2]水松EST-SSR分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)及群體遺傳變異分析[D]. 林雪瑩.中南林業(yè)科技大學(xué) 2018
[3]青籬柴轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序分析及SSR分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)[D]. 黃建敏.貴州師范大學(xué) 2018
[4]寒地懸鉤子SSR分子標(biāo)記與遺傳多樣性分析[D]. 耿佳麒.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[5]蛇足石杉轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及基于SSR標(biāo)記的遺傳多樣性分析[D]. 何美娜.西北大學(xué) 2017
[6]不同樹(shù)形和修剪強(qiáng)度對(duì)錐栗生長(zhǎng)和結(jié)果的影響[D]. 王剛.中南林業(yè)科技大學(xué) 2017
[7]基于表型性狀與分子標(biāo)記的錐栗主栽農(nóng)家品種遺傳多樣性分析[D]. 董蒙蒙.福建農(nóng)林大學(xué) 2017
[8]人參種質(zhì)資源鑒定的SSR核心引物篩選及其應(yīng)用研究[D]. 侯志芳.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2017
[9]山東省梨屬野生種質(zhì)資源調(diào)查與評(píng)價(jià)[D]. 梁婷婷.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[10]錐栗品種授粉配置技術(shù)研究[D]. 張旭輝.中南林業(yè)科技大學(xué) 2016
本文編號(hào):2903138
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