發(fā)布時(shí)間：2020-12-07 11:06

　　錐栗（Castanea henryi（Skam）Rehd.et Wils.）屬殼斗科栗屬植物,是我國(guó)南方著名的果材兼用樹(shù)種。錐栗的栽培歷史悠久,形成了一批主栽農(nóng)家品種,而野生錐栗群體中保存著大量的遺傳資源。要有效地開(kāi)展良種選育,首先必須了解其遺傳多樣性狀況。本文利用高通量測(cè)序技術(shù)開(kāi)發(fā)錐栗基因組和轉(zhuǎn)錄組SSR標(biāo)記,應(yīng)用開(kāi)發(fā)的SSR分子標(biāo)記研究錐栗野生和栽培群體的遺傳多樣性,對(duì)于錐栗基因資源的保護(hù)和育種利用具有重要的意義。主要研究結(jié)果如下:1、對(duì)SSR富集文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序,在高質(zhì)量的2,051,475條序列中,總共搜索到2,117,345個(gè)SSR,以復(fù)合形式存在的SSR數(shù)量為640,155個(gè)。錐栗GC含量為35.8%,二核苷酸為重復(fù)單元的SSR含量最多,占總數(shù)的73.22%,之后依次為三核苷酸（12.61%）、單核苷酸（12.56%）、四核苷酸（1.33%）。單堿基重復(fù)、二堿基重復(fù)和三堿基重復(fù)優(yōu)勢(shì)重復(fù)單元分別為:A/T、AC/GT、AAG/CTT。以8個(gè)農(nóng)家品種為材料,篩選出10對(duì)穩(wěn)定性好、多態(tài)性較高的基因組SSR引物組合。2、以錐栗優(yōu)良品種“建甌1號(hào)”為材料,對(duì)其根、莖、葉、雌花、雄花、果實(shí)... 

【文章來(lái)源】：福建農(nóng)林大學(xué)福建省

【文章頁(yè)數(shù)】：80 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

單堿基質(zhì)量分布圖

SSLP=6 512 0.08%SSLP=7 172 0.03%SSLP=8 54 0.0084%SSLP=9 22 0.0034%SSLP=10 8 0.0013%SSLP=11 2 0.0003%SSLP=12 2 0.0003%SSLP=17 1 0.0002%Total 639,455 100.00%1*SSLP：同一類(lèi)中 SSR 的長(zhǎng)度多態(tài)性（length polymorphism）2.2.3 基因組 SSR 的開(kāi)發(fā)以 8 個(gè)農(nóng)家品種為材料，對(duì) 100 對(duì)引物進(jìn)行篩選，最終選出穩(wěn)定性好、重復(fù)性高和多態(tài)性高的 10 對(duì)基因組 SSR 引物組合（表 2-6、圖 2-2）。

表 3-3 Unigene 功能注釋結(jié)果Tab.3- 3 Statistics of annotation results數(shù)據(jù)庫(kù)的類(lèi)型Annotation inDatabaseNR GOKEGGeggNOGSwissprot通用數(shù)據(jù)In alldatabaseUnigene 數(shù)量Unigene Num78257 45308 6695 74522 58774 5422百分比(%)Percentage (%)44.23 25.61 3.78 42.12 33.22 3.06采用 DESeq （Version 1.18.0）分析表達(dá)差異 Unigene，通過(guò)兩兩對(duì)比，按照表達(dá)量倍數(shù)變化（Fold Change）和表達(dá)量變化顯著性（P-value）篩選出差異 Unigene，篩選標(biāo)準(zhǔn)為|log2(FoldChange)| > 1 & P-value < 0.05。將每一個(gè) Unigene 的表達(dá)量倍數(shù)變化值和表達(dá)量變化顯著性結(jié)果顯示在同一個(gè)圖中，獲得表達(dá)差異 Unigene 分布的直觀結(jié)果。采用 R 語(yǔ)言 ggplot2 軟件包繪制表達(dá)差異 Unigene 的火山圖（Volcano Plot）和 MA

【參考文獻(xiàn)】：
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碩士論文
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[5]蛇足石杉轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及基于SSR標(biāo)記的遺傳多樣性分析[D]. 何美娜.西北大學(xué) 2017
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[7]基于表型性狀與分子標(biāo)記的錐栗主栽農(nóng)家品種遺傳多樣性分析[D]. 董蒙蒙.福建農(nóng)林大學(xué) 2017
[8]人參種質(zhì)資源鑒定的SSR核心引物篩選及其應(yīng)用研究[D]. 侯志芳.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2017
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本文編號(hào)：2903138