發(fā)布時間：2024-11-03 22:42

　　隨著測序技術(shù)發(fā)展和測序價格降低,高通量測序技術(shù)被廣泛應(yīng)用于生物研究的各個領(lǐng)域。玉米和水稻是重要的糧食作物和模式物種,本論文基于高通量測序技術(shù)對Mo17和Zea mays ssp.mexicana的基因組進行組裝,并對水稻中長非編碼RNA進行識別和分析。研究主要內(nèi)容如下:1.Mo17和Zea mays ssp.mexicana(mexicana)基因組組裝利用Mo17和mexicana重組自交系材料,采用混合組裝策略對Mo17和mexicana基因組進行組裝。分別得到2.04 Gb(scaffold N50:3 Mb)Mo17基因組草圖和1.20Gb(scaffold N50:107 kb)mexicana基因組草圖。隨后分別通過單拷貝直系同源基因標準集(BUSCO)、真核生物核心基因集(CEGMA)、禾本科高度保守的基因家族(core GFs)以及B73中已注釋基因?qū)�Mo17和mexicana基因組準確性進行評估。雖然基因組序列整體上比B73基因組略差,尤其是mexicana基因組只組裝出約50%序列,但是未組裝出區(qū)域多數(shù)為重復序列,基因區(qū)域相對比較完整。結(jié)合從頭預(yù)測和基于證據(jù)的策略分別...

【文章頁數(shù)】：106 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
第一章 前言
    1 測序技術(shù)簡述
        1.1 新一代高通量測序平臺簡介
        1.2 新一代測序數(shù)據(jù)中的錯誤
            1.2.1 454 焦磷酸測序、Ion Torrent
            1.2.2 Illumina測序
            1.2.3 單分子測序
    2 禾本科植物基因組測序進展
    3 基因組組裝方法
    4 非編碼RNA
        4.1 非編碼RNA研究歷程
        4.2 LncRNA研究常用軟件及數(shù)據(jù)庫
            4.2.1 LncRNA識別軟件
            4.2.2 LncRNA平臺和數(shù)據(jù)庫
        4.3 LncRNA功能注釋方法
            4.3.1 實驗方法
            4.3.2 生物信息學方法
    5 本論文研究目的和主要內(nèi)容
第二章 玉米基因組組裝注釋及正向選擇基因
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 材料及數(shù)據(jù)
        2.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.3 單核苷酸變異檢測和Bin Map圖優(yōu)化
        2.4 基因組組裝
        2.5 基因注釋
        2.6 PAV片段識別
        2.7 正向選擇基因
        2.8 基因滲入
    3 結(jié)果與分析
        3.1 全基因組SNV檢測及Bin Map圖優(yōu)化
        3.2 基于遺傳設(shè)計的混合基因組組裝
        3.3 基因注釋
        3.4 共線性及特有序列分析
        3.5 正向選擇基因
        3.6 基因滲入
    4 討論
第三章 基于競爭性內(nèi)源RNA網(wǎng)絡(luò)水稻基因間區(qū)長非編碼RNA的功能研究
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 數(shù)據(jù)集
        2.2 LincRNA識別
        2.3 差異表達lincRNA分析
        2.4 CeRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.5 網(wǎng)絡(luò)拓撲結(jié)構(gòu)分析
        2.6 社區(qū)挖掘
        2.7 磷脅迫條件下水稻中的lincRNA功能注釋與富集分析
    3 結(jié)果
        3.1 水稻中l(wèi)incRNA識別
        3.2 CeRNA網(wǎng)絡(luò)的拓撲結(jié)構(gòu)分析
        3.3 根和莖中ceRNA網(wǎng)絡(luò)中社區(qū)的功能注釋
        3.4 LincRNA的功能注釋
        3.5 磷脅迫過程中差異表達的lincRNA
        3.6 關(guān)鍵lincRNA分析
    4 討論
第四章 ZS97和MH63中長非編碼RNA的識別與分析
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 材料
        2.2 LncRNA和反義RNA識別
        2.3 LncRNA和反義RNA在ZS97和MH63間的保守性分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 ZS97中長非編碼RNA識別及基本特征分析
        3.2 MH63中長非編碼RNA識別及基本特征分析
        3.3 長非編碼RNA保守性分析
    4 討論
第五章 總結(jié)與展望
參考文獻
附錄
致謝



本文編號：4011462