黃毛草莓(Fragarian nilgerrensis Schldl)EST-SSR引物開發(fā)及遺傳多樣性研究
發(fā)布時間:2020-12-19 06:01
黃毛草莓(Fragaria nilgerrensis Schltdl)隸屬于薔薇科(Rosaceae)草莓屬(Fragaria L.),是西南地區(qū)重要的野生草莓資源,是栽培草莓遺傳改良的重要來源。本研究采集了中國西南地區(qū)16個居群169個個體的野生黃毛草莓資源,利用EST-SSR分子標記技術(shù),從DNA水平上深入探討其遺傳結(jié)構(gòu)和遺傳多樣性,為野生黃毛草莓資源的有效利用和保護提供重要的理論依據(jù),同時為拓寬栽培草莓的遺傳基礎(chǔ)提供參考。主要研究結(jié)果如下:1.黃毛草莓EST-SSR引物開發(fā)。通過對總計序列長度為64777606 bp,共計82537條UniGene序列進行篩選,共檢測出了 11722個SSR位點,分布在9785條UniGene中,平均每5526bp出現(xiàn)一個SSR位點。單核苷酸、二核苷酸和三核苷酸是黃毛草莓主要的SSR重復類型,分別占44.3%、32.3%和22.4%;四至六核苷酸占比均不足1%。A/T、AG/CT、AAG/CCT是黃毛草莓SSR的優(yōu)勢基序,分別占比43.6%、23.8%、7.8%。合成的125對引物中,有38對引物能擴增出清晰的條帶,擴增效率為30.4%,其中有2...
【文章來源】:云南大學云南省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:57 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
一不同生境條件下生長的黃毛草往
培草莓遺傳背景的重要遺傳資源[61]。??mm??圖1-2不同生境條件下生長的黃毛草莓??A:昆明轎子雪山;B:西藏林芝:C:四川都江埋;D:大理劍川:E:香格里拉紅山林場??Figure?1-2?Fragaria?nilgerrensis?^chltdl?grow?in?different?habitat?conditions??正如課題組在野外調(diào)查中所見,黃毛草莓生境差異大,沿海拔梯度的表型分化??也較為明顯,不同海拔居群葉片面積、漿果大小、茸毛多少、克隆繁殖強弱、株型??匍匐亦或是直立等性狀不同,而這些表型差異和抗逆性密切相關(guān)(如圖1-2)。此??夕卜,不同生境下由于光照溫度不同,導致黃毛草莓漿果蜜桃香味在不同生境中的差??別也較大,比如川西地區(qū)黃毛草莓蜜桃味顯著濃于滇西北地區(qū)可見生態(tài)地理??差異是影響西南地區(qū)黃毛草莓遺傳多樣性和種群分化的重要因素,那么黃毛草莓??群體遺傳多樣性及其分布格局如何?遺傳多樣性分布中心處于何處?這些信息將??10??
檢測到的SSRs數(shù)?11722??含有SSR的序列數(shù)?9785??含有超過一個SSR位點的序列數(shù)?1569??含有二至六核苷酸序列數(shù)?607??黃毛草莓EST-SSR基序重復類型有單核苷酸至六核苷酸重復,其中單核苷酸??類型最為豐富,占44.3%,其次是二核苷酸和三核苷酸重復類型較多,分別占32.3%??和22.4%;四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸數(shù)量較少,占比均不足1%。不同EST-??SSR基序數(shù)量和分布差別較大,單核苷酸數(shù)量最多且重復分布范圍最廣,重復數(shù)在??9-24之間,但主要為9-12次重復,其次為13-16次重復;二核苷酸數(shù)量僅次于單??核苷酸,重復數(shù)在5-12之間,主要是為5-8次重復;三核苷酸數(shù)量次于二核苷酸,??主要為5-8次重復;四至六核苷酸均為5-8次重復,但數(shù)量均遠遠低于單核苷酸、??二核苷酸和三核苷酸。??50%??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]中國華北和東北地區(qū)杏種質(zhì)資源遺傳多樣性分析[J]. 劉碩,劉寧,章秋平,張玉萍,張玉君,徐銘,馬小雪,劉威生. 園藝學報. 2019(06)
[2]江西野生毛花獼猴桃群體SSR遺傳多樣性研究[J]. 鐘敏,陶俊杰,黃春輝,黃清,鄒梁峰,廖光聯(lián),陳璐,徐小彪. 核農(nóng)學報. 2019(05)
[3]基于遺傳多樣性評估燕麥品種的農(nóng)藝性狀[J]. 王建麗,馬利超,申忠寶,劉杰淋,朱瑞芬,韓微波,鐘鵬,邸桂俐,韓貴清,郭長虹. 草業(yè)學報. 2019(02)
[4]94個茶樹種質(zhì)資源遺傳多樣性與親緣關(guān)系分析[J]. 楊軍,王讓劍,孔祥瑞,鄭國華,邱陳華. 茶葉學報. 2018(04)
[5]不同來源中國李(Prunus salicina L.)的多樣性與近緣種關(guān)系[J]. 魏瀟,章秋平,劉寧,張玉萍,徐銘,劉碩,張玉君,馬小雪,劉威生. 中國農(nóng)業(yè)科學. 2019(03)
[6]植物SSR標記開發(fā)及應用研究進展[J]. 劉會,彭春鈺,武忠亮,苗貴東. 科學技術(shù)創(chuàng)新. 2018(36)
[7]植物EST-SSR研究進展[J]. 陳思,吳廣文,吳建忠,黃文功,劉巖,楊學. 黑龍江農(nóng)業(yè)科學. 2018(12)
[8]中國草莓屬植物種質(zhì)資源的研究、開發(fā)與利用進展[J]. 蘇代發(fā),童江云,楊俊譽,陳杉艷,羅志偉,沈雪梅,賴泳紅,Arslan Jamil,魏世杰,崔曉龍. 云南大學學報(自然科學版). 2018(06)
[9]DNA分子標記技術(shù)的研究與應用[J]. 陳星,高子厚. 分子植物育種. 2019(06)
[10]藥用植物苦參EST-SSR標記的開發(fā)及DNA指紋圖譜的構(gòu)建[J]. 段永紅,雷海英,張旭,吳玉香,孫毅. 中國農(nóng)業(yè)大學學報. 2018(09)
本文編號:2925389
【文章來源】:云南大學云南省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:57 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
一不同生境條件下生長的黃毛草往
培草莓遺傳背景的重要遺傳資源[61]。??mm??圖1-2不同生境條件下生長的黃毛草莓??A:昆明轎子雪山;B:西藏林芝:C:四川都江埋;D:大理劍川:E:香格里拉紅山林場??Figure?1-2?Fragaria?nilgerrensis?^chltdl?grow?in?different?habitat?conditions??正如課題組在野外調(diào)查中所見,黃毛草莓生境差異大,沿海拔梯度的表型分化??也較為明顯,不同海拔居群葉片面積、漿果大小、茸毛多少、克隆繁殖強弱、株型??匍匐亦或是直立等性狀不同,而這些表型差異和抗逆性密切相關(guān)(如圖1-2)。此??夕卜,不同生境下由于光照溫度不同,導致黃毛草莓漿果蜜桃香味在不同生境中的差??別也較大,比如川西地區(qū)黃毛草莓蜜桃味顯著濃于滇西北地區(qū)可見生態(tài)地理??差異是影響西南地區(qū)黃毛草莓遺傳多樣性和種群分化的重要因素,那么黃毛草莓??群體遺傳多樣性及其分布格局如何?遺傳多樣性分布中心處于何處?這些信息將??10??
檢測到的SSRs數(shù)?11722??含有SSR的序列數(shù)?9785??含有超過一個SSR位點的序列數(shù)?1569??含有二至六核苷酸序列數(shù)?607??黃毛草莓EST-SSR基序重復類型有單核苷酸至六核苷酸重復,其中單核苷酸??類型最為豐富,占44.3%,其次是二核苷酸和三核苷酸重復類型較多,分別占32.3%??和22.4%;四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸數(shù)量較少,占比均不足1%。不同EST-??SSR基序數(shù)量和分布差別較大,單核苷酸數(shù)量最多且重復分布范圍最廣,重復數(shù)在??9-24之間,但主要為9-12次重復,其次為13-16次重復;二核苷酸數(shù)量僅次于單??核苷酸,重復數(shù)在5-12之間,主要是為5-8次重復;三核苷酸數(shù)量次于二核苷酸,??主要為5-8次重復;四至六核苷酸均為5-8次重復,但數(shù)量均遠遠低于單核苷酸、??二核苷酸和三核苷酸。??50%??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]中國華北和東北地區(qū)杏種質(zhì)資源遺傳多樣性分析[J]. 劉碩,劉寧,章秋平,張玉萍,張玉君,徐銘,馬小雪,劉威生. 園藝學報. 2019(06)
[2]江西野生毛花獼猴桃群體SSR遺傳多樣性研究[J]. 鐘敏,陶俊杰,黃春輝,黃清,鄒梁峰,廖光聯(lián),陳璐,徐小彪. 核農(nóng)學報. 2019(05)
[3]基于遺傳多樣性評估燕麥品種的農(nóng)藝性狀[J]. 王建麗,馬利超,申忠寶,劉杰淋,朱瑞芬,韓微波,鐘鵬,邸桂俐,韓貴清,郭長虹. 草業(yè)學報. 2019(02)
[4]94個茶樹種質(zhì)資源遺傳多樣性與親緣關(guān)系分析[J]. 楊軍,王讓劍,孔祥瑞,鄭國華,邱陳華. 茶葉學報. 2018(04)
[5]不同來源中國李(Prunus salicina L.)的多樣性與近緣種關(guān)系[J]. 魏瀟,章秋平,劉寧,張玉萍,徐銘,劉碩,張玉君,馬小雪,劉威生. 中國農(nóng)業(yè)科學. 2019(03)
[6]植物SSR標記開發(fā)及應用研究進展[J]. 劉會,彭春鈺,武忠亮,苗貴東. 科學技術(shù)創(chuàng)新. 2018(36)
[7]植物EST-SSR研究進展[J]. 陳思,吳廣文,吳建忠,黃文功,劉巖,楊學. 黑龍江農(nóng)業(yè)科學. 2018(12)
[8]中國草莓屬植物種質(zhì)資源的研究、開發(fā)與利用進展[J]. 蘇代發(fā),童江云,楊俊譽,陳杉艷,羅志偉,沈雪梅,賴泳紅,Arslan Jamil,魏世杰,崔曉龍. 云南大學學報(自然科學版). 2018(06)
[9]DNA分子標記技術(shù)的研究與應用[J]. 陳星,高子厚. 分子植物育種. 2019(06)
[10]藥用植物苦參EST-SSR標記的開發(fā)及DNA指紋圖譜的構(gòu)建[J]. 段永紅,雷海英,張旭,吳玉香,孫毅. 中國農(nóng)業(yè)大學學報. 2018(09)
本文編號:2925389
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