山核桃SVP基因功能研究
【學(xué)位單位】:浙江農(nóng)林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:Q943.2
【部分圖文】:
圖 1.1 MIKC 型 MADS-box 蛋白結(jié)構(gòu)[28]Figure 1.1 Domain structure of MICK-type MADS-box proteins1.1.1 MADS(M)域M 域 MADS-box 基因的核心結(jié)構(gòu)域,位于 N 端且在四個(gè)結(jié)構(gòu)域中最為保守[29],通常由 MADS-box 基因的首個(gè)外顯子編碼(約 180 bp),這一結(jié)構(gòu)域在各類生物中都高度保守[30]。和許多其他真核轉(zhuǎn)錄因子一樣,M 域蛋白具有模塊化結(jié)構(gòu)組織[31],這為進(jìn)一步細(xì)分這些蛋白和組織提供了基礎(chǔ)。M 域的主要功能是與 DNA 序列中的 CArG-box(CC[A/T]6GG)基序直接的特異性結(jié)合[28],同時(shí)也具有形成二聚體和結(jié)合輔助因子功能[30]。由于植物基因組中存在很多類似的 CArG-box 基序,因此預(yù)測(cè) MADS-box 蛋白結(jié)合的目標(biāo)基因具有很大的難度[32]。1.1.2 Intervening(I)域I 域是 M 域和 K 域之間的一段非保守結(jié)構(gòu)域,含有較多親水性殘基。較之
山核桃 SVP 基因功能研究具有上位性,在發(fā)揮功能時(shí)具有優(yōu)先級(jí)。第 1、2 時(shí)期,AP1 能夠與 SVP 或 AGL24互作形成能夠抑制控制花器官形成的基因表達(dá)的二聚體。此時(shí)花分生組織增大,花原基不分化。第 2 時(shí)期末,SVP 和 AGL24 的表達(dá)被抑制,AP1 蛋白則與SEPALLATA(SEP)蛋白發(fā)生互作,花器官的發(fā)育也就開(kāi)始了[48]。
圖 2.1 SVP 同源基因系統(tǒng)發(fā)育示意樹(shù)Figure 2.1 Preliminary phylogenetic tree of SVP homologous genes為進(jìn)一步分析 SVP/AGL24/JOINTLESS 這一進(jìn)化枝的進(jìn)化與分化,了的系統(tǒng)發(fā)育過(guò)程,將該進(jìn)化枝單獨(dú)進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析,最佳擬合進(jìn)化模型示 GTR+G+I 模型最適(附錄 B)。利用 RaxML-NG 的 ML 法在 GTR+G+下構(gòu)建 SVP/AGL24/JOINTLESS 進(jìn)化枝的蛋白系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(圖 2.2),以基植物無(wú)油樟以及單子葉植物作為外力群。并且對(duì)該分枝的物種分布及數(shù)量統(tǒng)計(jì)(表 2.1)。統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示,在 SVP/AGL24/JOINTLESS 進(jìn)化枝總計(jì)含有 52 條蛋白其中核桃具有最高的成員數(shù)量,而無(wú)油樟則僅有 1 個(gè)成員。SVP、AGL24JOINLESS 分枝不含有禾本科植物?傮w來(lái)說(shuō), SVP/AGL24/JOINTLESS 及其 3 個(gè)小分枝在大部分物種中維持著較為穩(wěn)定的成員數(shù)量。值得注意的果楊和大豆雖然具有較之其他物種擁有較多的成員數(shù)量,但那是由于它們部?jī)?nèi)部發(fā)生的全基因組復(fù)制事件導(dǎo)致[99, 100],因此與分支中基因數(shù)量總體
【參考文獻(xiàn)】
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