發(fā)布時間：2020-11-19 20:30

　　 背景:胃癌是最常見的惡性腫瘤之一,近年來中國的胃癌發(fā)病率有增高趨勢,且趨于年輕化。目前胃癌病因尚未完全闡明,發(fā)病隱匿,早期無明顯癥狀而易漏診,因此胃癌的防治工作存在許多困難,許多的胃癌患者發(fā)現(xiàn)時處于晚期,治療難度大,死亡率很高。因此如何早期發(fā)現(xiàn)和診斷胃癌,成為防治胃癌的重要課題。生物信息學(xué)可以從基因組和蛋白組相關(guān)數(shù)據(jù)庫中提取海量數(shù)據(jù),從而系統(tǒng)、全面地揭示腫瘤的發(fā)生、發(fā)展的規(guī)律。目的:本研究通過生物信息學(xué)分析非編碼單鏈RNA在胃癌發(fā)生發(fā)展中所起的作用,從而為提高胃癌診斷率提供新的方法及思路。方法:首先,從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(gene expression omnibus,GEO)篩選出符合樣本條件的同一個平臺的多個非編碼單鏈RNA芯片,利用Mev等軟件做出熱圖及火山圖,利用GEO2R找出差異基因,同時找出最顯著的差異非編碼單鏈RNA。接下來通過miRDB及Targetscan兩個數(shù)據(jù)庫對差異非編碼單鏈RNA進(jìn)行靶基因預(yù)測,同時取其交集,做出維恩圖,得出最終預(yù)測靶基因。其次通過DAVID在線軟件對靶基因進(jìn)行GO富集分析和功能注釋,通過KOBAS在線軟件對靶基因進(jìn)行KEGG富集分析和功能注釋,了解靶基因的主要功能及所在通路。最后通過TransmiR軟件找出差異非編碼單鏈RNA的上游轉(zhuǎn)錄因子,通過文獻(xiàn)查找轉(zhuǎn)錄因子在胃部惡性腫瘤的發(fā)生與發(fā)展中是否起著重要作用。結(jié)果:差異表達(dá)的非編碼單鏈RNA有hsa-miR-181d,hsa-miR-4481,hsa-miR-574-3p,hsa-miR-623,hsa-miR-4701-3p,hsa-miR-1587,hsa-miR-197-3p,hsa-miRNA-181b-5p這8個,其中最具顯著的差異基因是hsa-miRNA-181b-5p。通過預(yù)測miRNA-181b-5p靶基因,得到828個基因,其中通過GO富集分析及KEGG富集分析后得到TGFBR1/TGFBR2在胃癌的發(fā)生發(fā)展中起到重要作用。通過尋找miRNA-181b-5p的轉(zhuǎn)錄因子有ETS1、EZH2、NF-Y、STAT3,其中通過蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(HPA)及查閱相關(guān)文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn)E2H2在胃癌的發(fā)生及發(fā)展中有著密不可分的關(guān)系。結(jié)論:生物信息學(xué)分析提示hsa-miRNA-181b-5p可作為胃癌的診斷標(biāo)志物。其作用機制可能是通過轉(zhuǎn)錄因子EZH2與miRNA-181b-5p相結(jié)合作用于靶基因TGFBR1/TGFBR2,然后通過TGFβ信號系統(tǒng)導(dǎo)致胃癌的發(fā)生發(fā)展。
【學(xué)位單位】：南華大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：R735.2;Q811.4
【部分圖文】：

第 3 章 結(jié)果3.1 差異表達(dá)的 miRNA通過 GEO 數(shù)據(jù)庫篩選出符合條件的序列通過 t 檢驗進(jìn)行差異分析后，取P<0.05 為有統(tǒng)計學(xué)意義，然后取表達(dá)值倍數(shù)的變化值（fold change,FC）≥1.5得出顯著的差異 miRNA(見表 3.1)，有 hsa-miR-181b-5p，hsa-miR-181d，hsa-miR-4481，hsa-miR-574-3p，hsa-miR-623 ，hsa-miR-4701-3p ，hsa-miR-1587 以及 hsa-miR-197-3p 共 8 個差異 miRNA，同時繪制熱圖及火山圖（見圖 3.1 及 3.2），得出 8 個差異 miRNA 全為表達(dá)上調(diào) miRNA。其中has-miR181b-5p 最具差異顯著性，接下來將對 has-miR-181b-5p 進(jìn)行生物信息學(xué)方面的分析。

火山圖

3.2 has-miR181b-5p 的靶基因預(yù)測通過兩大靶基因預(yù)測數(shù)據(jù)庫 Targetscan 及 miRDB 對 has-miR-181b-5p 的因進(jìn)行預(yù)測，同時取兩個數(shù)據(jù)庫的交集，得到 has-miR-181b-5p 的潛在靶基 828 個，并繪制韋恩圖（見圖 3.3），所有靶基因的名字見表 3.2。
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本文編號：2890404