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蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運過程中易位子通道結(jié)構(gòu)變化的分子動力學(xué)模擬研究

發(fā)布時間:2020-12-06 13:38
  蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運必須要借助一個引導(dǎo)通道來完成,該引導(dǎo)通道稱為易位子(Sec)。Sec輔助新生肽插入到膜中或分泌到膜外的過程,是所有生物細胞中普遍存在且必不可少的。真核細胞中的易位子是Sec61,該分子是一個由α,β和γ三個亞基組成的三聚體,Sec61α亞基是由10個跨膜(transmembrane,TM)螺旋構(gòu)成的一個通道結(jié)構(gòu),其中TM2和TM7螺旋構(gòu)成了一個側(cè)門。在Sec61α通道中,如果新生肽是整合膜蛋白,則側(cè)門打開,允許其通過側(cè)門插入到膜中,否則側(cè)門不打開,新生肽被分泌到膜外。在插入過程中,Sec61α通道結(jié)構(gòu)的變化對新生肽的膜插入和維持膜的滲透性屏障至關(guān)重要。近些年來,雖然對Sec61α通道結(jié)構(gòu)的研究已取得一些進展,但對Sec61α通道構(gòu)象轉(zhuǎn)變過程中,結(jié)構(gòu)恢復(fù)能力,側(cè)門、孔環(huán)、栓塞間的聯(lián)動機制仍不清楚。闡明Sec61α通道輔助蛋白質(zhì)插入膜過程的分子機制一直是生物化學(xué)領(lǐng)域的研究熱點。由于實驗手段所限,計算機模擬成為該領(lǐng)域研究的有力工具。此外,Sec61α輔助蛋白質(zhì)進行膜插入過程需要很多相關(guān)分子共同完成,膜插入過程極其復(fù)雜,其時空尺度跨度很大,傳統(tǒng)的全原子模擬不能達到此過程所需的時空尺... 

【文章來源】:廣西民族大學(xué)廣西壯族自治區(qū)

【文章頁數(shù)】:68 頁

【學(xué)位級別】:碩士

【部分圖文】:

蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運過程中易位子通道結(jié)構(gòu)變化的分子動力學(xué)模擬研究


細胞膜的結(jié)構(gòu).

示意圖,載體蛋白,運輸機,離子通道


圖 1-2 載體蛋白和通道蛋白運輸機制示意圖[4].1.1.1 離子通道和水通道目前發(fā)現(xiàn)的通道蛋白已經(jīng)有 100 多種。離子通道(ion channel)位于細胞膜上,是由

示意圖,插入膜,螺旋,過程


圖 1-3 TM 螺旋插入膜的過程示意圖[15].位的機制需要知道 Sec 結(jié)構(gòu)的詳細信息。Hanein[20]n[24]等人通過單顆粒電子顯微鏡獲得低分辨率分離的結(jié)合的復(fù)合物結(jié)構(gòu)。Breyton[25]等人根據(jù)二維晶體的電

【參考文獻】:
期刊論文
[1]介觀模擬研究溫度對DPPC磷脂雙層膜結(jié)構(gòu)的影響[J]. 尹倩倩,史新元,丁海歐,戴幸星,喬延江.  計算機與應(yīng)用化學(xué). 2015(05)
[2]蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法簡述[J]. 靳利霞,唐煥文.  自然雜志. 2001(04)

博士論文
[1]分子動力學(xué)模擬在幾類重要蛋白研究中的應(yīng)用[D]. 吳云劍.吉林大學(xué) 2014
[2]一類非平衡分子動力學(xué)模擬中優(yōu)化方法的研究[D]. 楊坤.大連理工大學(xué) 2009

碩士論文
[1]新型多肽基人工離子通道的設(shè)計、合成及性質(zhì)研究[D]. 譚思.河南師范大學(xué) 2017



本文編號:2901469

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