梭魚SOCS家族基因的克隆與表達(dá)分析
發(fā)布時間：2020-12-05 06:00
細(xì)胞因子信號轉(zhuǎn)導(dǎo)抑制因子（Suppressor of cytokine signaling,SOCS）是免疫系統(tǒng)的重要的負(fù)反饋調(diào)節(jié)因子,在免疫反應(yīng)中起到重要的調(diào)節(jié)作用。梭魚（Liza haematocheila）是一種鯔形目（Mugiliformes）鯔科（Mugilidae）魚類,具有適應(yīng)性強(qiáng)、生長發(fā)育快、營養(yǎng)豐富等優(yōu)點(diǎn),是我國主要的經(jīng)濟(jì)魚類之一,但其應(yīng)激性較強(qiáng),在養(yǎng)殖、捕撈、運(yùn)輸、放流過程中極易擦傷、撞傷、脫鱗而導(dǎo)致其免疫力下降,從而引起病原菌侵染而發(fā)生疾病。但目前對梭魚在內(nèi)的鯔科魚類的免疫系統(tǒng)了解甚少,對其抗病機(jī)理的研究較為缺乏。本研究運(yùn)用SMART-RACE方法克隆出梭魚的十個SOCS家族成員的全長序列,分別是SOCS1、SOCS2、SOCS3a、SOCS3b、SOCS4、SOCS5a、SOCS5b、SOCS6、SOCS7和SOCS8。他們的cDNA序列的全長分別為:1568 bp、2155 bp、1991 bp、2997 bp、2390 bp、2600 bp、2133 bp、5287 bp、3476 bp和2165 bp;開放閱讀框（ORF）核苷酸序列分別為:636 bp、6...
【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市
【文章頁數(shù)】：74 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
梭魚SOCSΙ型成員氨基酸的多序列比對；藍(lán)色虛框代表的是Pfam-SOCS結(jié)構(gòu)域；紅色實(shí)線框代表的是SH2domain；黃色實(shí)線框代表的是SOCS-boxdomain
圖 3-6 梭魚 SOCSΠ 型家族蛋白多序列比對:黃色實(shí)線框代表的是激酶抑制區(qū)；紅色實(shí)線框代表的是 ESS 結(jié)構(gòu)域；紅色虛線線框代表的是 SH2 domain；青色實(shí)線框代表的是 SOCS-box。Figure 3-6 Multiple alignment of SOCS family typeΠsubgroups. The SH2-domain is showed by a reddashed box; The SOCS-box domain is indicated in the blue solid box.對 SOCS 家族基因序列進(jìn)行分析總結(jié)如下表 3-2 梭魚 SOCS 家族基因序列和理化特征。Table 3-1 The sequence and physiochemical features of mullet SOCSs.Feature SOCS1 SOCS2 SOCS3a SOCS3b SOCS4 SOCS5a SOCS5b SOCS6 SOCS7 SOCS8GenBankMK361108MK361109MK361110MK361111MK361112MK361113MK361117MK361114MK361115MK361116cDNAlength (bp)1568 2155 1991 299723902600 2133 5287 3476 2165ORF (bp) 636 609 618 68711881695 1638 1611 2553 6425'-UTR (bp) 309 249 201 30 234 108 219 411 189 11103'-UTR (bp) 623 1297 1172 2280 968 797 276 3265 734 413ATTTA motif 2 2 4 3 1 2 3 6 1 1PolyA tail yes yes yes yes yes yes yes yes yes yes
42圖 3-7 梭魚 SOCSs 蛋白與不同脊椎動物的系統(tǒng)發(fā)育樹。采用 MEGA5.0 軟件的鄰接法分析，重復(fù)計(jì)算 10000。基因序列的登錄號列在物種名稱之后。Fig 3-7 Phylogenetic tree analysis of mullet SOCSs with SOCSs from different vertebrate species The treewas building using MEGA software with the Neighbor-Joining method. Bootstrap was calculated with10,000 repeats. Accession numbers for sequences were listed following the species names.
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]尼羅羅非魚無乳鏈球菌Sip蛋白乳酸菌活載體口服疫苗的研制及其免疫效果[J]. 蔡玉臻,劉志剛,盧邁新,可小麗,高風(fēng)英,曹建萌. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2019(03)
[2]飼料蛋白水平對梭魚形體指標(biāo)及血液生化指標(biāo)的影響[J]. 陳濤,王愛民,胡毅,倪金金,喬幗,徐跑,劉波,徐鋼春,陸永生. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(12)
[3]斑馬魚socs2的TALEN敲除及其敲除胚胎的生長研究[J]. 王華林,朱作言,孫永華. 水生生物學(xué)報(bào). 2015(04)
本文編號：2899002
【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市
【文章頁數(shù)】：74 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
梭魚SOCSΙ型成員氨基酸的多序列比對；藍(lán)色虛框代表的是Pfam-SOCS結(jié)構(gòu)域；紅色實(shí)線框代表的是SH2domain；黃色實(shí)線框代表的是SOCS-boxdomain
圖 3-6 梭魚 SOCSΠ 型家族蛋白多序列比對:黃色實(shí)線框代表的是激酶抑制區(qū)；紅色實(shí)線框代表的是 ESS 結(jié)構(gòu)域；紅色虛線線框代表的是 SH2 domain；青色實(shí)線框代表的是 SOCS-box。Figure 3-6 Multiple alignment of SOCS family typeΠsubgroups. The SH2-domain is showed by a reddashed box; The SOCS-box domain is indicated in the blue solid box.對 SOCS 家族基因序列進(jìn)行分析總結(jié)如下表 3-2 梭魚 SOCS 家族基因序列和理化特征。Table 3-1 The sequence and physiochemical features of mullet SOCSs.Feature SOCS1 SOCS2 SOCS3a SOCS3b SOCS4 SOCS5a SOCS5b SOCS6 SOCS7 SOCS8GenBankMK361108MK361109MK361110MK361111MK361112MK361113MK361117MK361114MK361115MK361116cDNAlength (bp)1568 2155 1991 299723902600 2133 5287 3476 2165ORF (bp) 636 609 618 68711881695 1638 1611 2553 6425'-UTR (bp) 309 249 201 30 234 108 219 411 189 11103'-UTR (bp) 623 1297 1172 2280 968 797 276 3265 734 413ATTTA motif 2 2 4 3 1 2 3 6 1 1PolyA tail yes yes yes yes yes yes yes yes yes yes
42圖 3-7 梭魚 SOCSs 蛋白與不同脊椎動物的系統(tǒng)發(fā)育樹。采用 MEGA5.0 軟件的鄰接法分析，重復(fù)計(jì)算 10000。基因序列的登錄號列在物種名稱之后。Fig 3-7 Phylogenetic tree analysis of mullet SOCSs with SOCSs from different vertebrate species The treewas building using MEGA software with the Neighbor-Joining method. Bootstrap was calculated with10,000 repeats. Accession numbers for sequences were listed following the species names.
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]尼羅羅非魚無乳鏈球菌Sip蛋白乳酸菌活載體口服疫苗的研制及其免疫效果[J]. 蔡玉臻,劉志剛,盧邁新,可小麗,高風(fēng)英,曹建萌. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2019(03)
[2]飼料蛋白水平對梭魚形體指標(biāo)及血液生化指標(biāo)的影響[J]. 陳濤,王愛民,胡毅,倪金金,喬幗,徐跑,劉波,徐鋼春,陸永生. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(12)
[3]斑馬魚socs2的TALEN敲除及其敲除胚胎的生長研究[J]. 王華林,朱作言,孫永華. 水生生物學(xué)報(bào). 2015(04)
本文編號：2899002
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