草魚(yú)MHC Ⅰ區(qū)基因生物信息學(xué)及表達(dá)分析
發(fā)布時(shí)間：2020-12-06 10:17
草魚(yú)（Ctenopharyngodon idella）是我國(guó)的“四大家魚(yú)”之一,也是重要的經(jīng)濟(jì)淡水養(yǎng)殖魚(yú)類。但在養(yǎng)殖過(guò)程中由于各種病害的影響使其成活率極低,給養(yǎng)殖人員帶來(lái)的嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。其中,由嗜水氣單胞菌（Aeromonas hydrophila）侵襲而引發(fā)的細(xì)菌性敗血癥是在草魚(yú)養(yǎng)殖過(guò)程中嚴(yán)重危害其機(jī)體健康的疾病之一。主要組織相容性復(fù)合體（MHC）存在于所有的脊椎動(dòng)物中,是機(jī)體免疫反應(yīng)中參與抗原呈遞的重要組成部分,其中包含許多不同的基因。本文中通過(guò)本地Blast來(lái)獲取草魚(yú)MHC Ⅰ區(qū)的基因組信息,并將其與人類MHC以及其他魚(yú)類的MHC Ⅰ區(qū)在基因組層面上進(jìn)行比對(duì)分析,了解MHC在不同物種中的共同點(diǎn)有助于進(jìn)化分析,采用RT-PCR技術(shù)檢測(cè)MHC Ⅰ區(qū)基因在健康草魚(yú)各組織的表達(dá)情況,并通過(guò)實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)草魚(yú)在嗜水氣單胞菌感染后4、12、24、48及96 h,MHC Ⅰ區(qū)免疫相關(guān)基因在脾臟和腎臟中的表達(dá)情況,以為草魚(yú)的抗病育種提供理論基礎(chǔ)和科學(xué)數(shù)據(jù),本文主要研究結(jié)果如下:1.草魚(yú)MHC Ⅰ區(qū)基因組成經(jīng)分析得到草魚(yú)MHC Ⅰ區(qū)共有21個(gè)基因,全長(zhǎng)為350 Kb,其中包含3個(gè)MHC ...
【文章來(lái)源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：77 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
MHCI抗原呈遞基本通路（Neefjesetal2011）
的 B/B 基因型在 1 型糖尿�。═ype 1 diabetes mellitu，T1DM）的患者組的占比為 14.7%，而在健康組的占比為 24.2%，因此 PSMB9 基因與 T1DM 顯著相關(guān)。在對(duì)頭頸扁平細(xì)胞癌的研究中發(fā)現(xiàn)，PSMB8 基因在 60%的腫瘤細(xì)胞中存在缺失或者表達(dá)量下調(diào)的情況，而 PSMB9 基因在 88%的腫瘤細(xì)胞中缺失或者表達(dá)量下調(diào)，從而使得抗原肽和 MHC I 類分子結(jié)合形成的復(fù)合體的表達(dá)量減少，導(dǎo)致 T細(xì)胞對(duì)腫瘤細(xì)胞的溶解作用降低，最終讓腫瘤細(xì)胞得以存活損害機(jī)體（Meissneret al 2005）。目前對(duì) 20 S 蛋白酶體亞基家族β環(huán)其他基因也有一些研究，其中包括 PSMB1、PSMB4、PSMB5、PSMB6、PSMB7 以及 PSMB10，而且并不是所有的 PSMB 基因都與免疫反應(yīng)相關(guān)。賀澤斌等（2015）通過(guò)沉默 PSMB5 基因從而降低蛋白酶體的活性，導(dǎo)致細(xì)胞周期蛋白（Cyclin）及其激酶的表達(dá)量下降，最終抑制了神經(jīng)干細(xì)胞的增殖。目前在魚(yú)類的 MHC I 區(qū)中發(fā)現(xiàn)了 PSMB8、PSMB9、PSMB10 以及 PSMB9-L 基因，其中關(guān)于 PSMB10 和 PSMB9-L 基因的功能研究則較少。
圖 3 人類 MHC I 類分子三維結(jié)構(gòu)（Bjorkman et al 1987）Fig.3 The 3D structure of human MHC I molecular3 研究的目的與意義地球上各類生物在會(huì)面對(duì)各種生存條件的變化，特別是生活在水體的魚(yú)類所面臨的環(huán)境變化因素則更多。MHC 作為目前基因組上多態(tài)性最高的區(qū)域，在多變的內(nèi)外環(huán)境中給機(jī)體提供了更多的適應(yīng)性，其生物學(xué)功能與生物在生長(zhǎng)過(guò)程中遇到的各種問(wèn)題都有著密切的聯(lián)系。免疫應(yīng)答是機(jī)體進(jìn)行疾病防御的重要機(jī)制，T 細(xì)胞是免疫反應(yīng)中的關(guān)鍵部位，而 MHC 分子又是激活 T 細(xì)胞進(jìn)行細(xì)胞免疫的過(guò)程中發(fā)揮重要作用。目前關(guān)于 MHC 的研究是免疫學(xué)中最熱門的方向之一，因此，對(duì)魚(yú)類 MHC 基因以及 MHC 區(qū)的研究顯得尤為重要。研究草魚(yú) MHC I 區(qū)基因，分析草魚(yú) MHC I 區(qū)基因的序列、結(jié)構(gòu)以及基因組結(jié)構(gòu)組成，有利于了解草魚(yú) MHC I 基因及 MHC I 區(qū)其他基因基本的功能特征；
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]尼羅羅非魚(yú)MHC Ⅰα全長(zhǎng)cDNA的克隆、多態(tài)性及組織表達(dá)特征[J]. 黎建平,高風(fēng)英,盧邁新,曹建萌,朱華平,可小麗,劉志剛. 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué). 2014(06)
[2]長(zhǎng)白山野豬和東北民豬RXRB基因mRNA組織表達(dá)特性分析[J]. 黃銳,秦寧,張英英,范賢聰,劉強(qiáng),魏曼莉,呂智超,景洋,牟芳,徐日福. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2014(21)
[3]赤點(diǎn)石斑魚(yú)MHC IA基因的克隆與表達(dá)多態(tài)性分析[J]. 沈銘輝,鄭樂(lè)云,杜佳瑩,王軍. 廈門大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2013(01)
[4]紅笛鯛主要組織相容性復(fù)合物Ⅰα抗原基因的克隆與表達(dá)分析[J]. 張新中,魯義善,吳灶和,簡(jiǎn)紀(jì)常. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2012(10)
[5]軍曹魚(yú)MHC-Ⅰα基因全長(zhǎng)cDNA的克隆及其組織表達(dá)分析[J]. 張鶴,茅莉娜,馮娟,管越強(qiáng),許海東,蘇友祿. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2011(01)
[6]團(tuán)頭魴主要組織相容性復(fù)合體Ⅰ類基因全長(zhǎng)cDNA的克隆及組織表達(dá)分析[J]. 馬曉茜,劉至治,李思發(fā),唐文喬,楊金權(quán). 上海海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2011(01)
博士論文
[1]MHC I類分子遞呈修飾后抗原的結(jié)構(gòu)與免疫學(xué)研究[D]. 孫明偉.中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué) 2014
[2]重要海水養(yǎng)殖魚(yú)類MHCⅡ基因克隆、表達(dá)及多態(tài)性分析[D]. 張玉喜.中國(guó)海洋大學(xué) 2006
碩士論文
[1]PSMB5對(duì)神經(jīng)干細(xì)胞增殖能力的影響[D]. 賀澤斌.山西醫(yī)科大學(xué) 2015
[2]草魚(yú)β2m基因的分子克隆與MHC class Ⅰ多態(tài)性分析及其重組蛋白的鑒定[D]. 楊天耀.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005
本文編號(hào)：2901211
【文章來(lái)源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：77 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
MHCI抗原呈遞基本通路（Neefjesetal2011）
的 B/B 基因型在 1 型糖尿�。═ype 1 diabetes mellitu，T1DM）的患者組的占比為 14.7%，而在健康組的占比為 24.2%，因此 PSMB9 基因與 T1DM 顯著相關(guān)。在對(duì)頭頸扁平細(xì)胞癌的研究中發(fā)現(xiàn)，PSMB8 基因在 60%的腫瘤細(xì)胞中存在缺失或者表達(dá)量下調(diào)的情況，而 PSMB9 基因在 88%的腫瘤細(xì)胞中缺失或者表達(dá)量下調(diào)，從而使得抗原肽和 MHC I 類分子結(jié)合形成的復(fù)合體的表達(dá)量減少，導(dǎo)致 T細(xì)胞對(duì)腫瘤細(xì)胞的溶解作用降低，最終讓腫瘤細(xì)胞得以存活損害機(jī)體（Meissneret al 2005）。目前對(duì) 20 S 蛋白酶體亞基家族β環(huán)其他基因也有一些研究，其中包括 PSMB1、PSMB4、PSMB5、PSMB6、PSMB7 以及 PSMB10，而且并不是所有的 PSMB 基因都與免疫反應(yīng)相關(guān)。賀澤斌等（2015）通過(guò)沉默 PSMB5 基因從而降低蛋白酶體的活性，導(dǎo)致細(xì)胞周期蛋白（Cyclin）及其激酶的表達(dá)量下降，最終抑制了神經(jīng)干細(xì)胞的增殖。目前在魚(yú)類的 MHC I 區(qū)中發(fā)現(xiàn)了 PSMB8、PSMB9、PSMB10 以及 PSMB9-L 基因，其中關(guān)于 PSMB10 和 PSMB9-L 基因的功能研究則較少。
圖 3 人類 MHC I 類分子三維結(jié)構(gòu)（Bjorkman et al 1987）Fig.3 The 3D structure of human MHC I molecular3 研究的目的與意義地球上各類生物在會(huì)面對(duì)各種生存條件的變化，特別是生活在水體的魚(yú)類所面臨的環(huán)境變化因素則更多。MHC 作為目前基因組上多態(tài)性最高的區(qū)域，在多變的內(nèi)外環(huán)境中給機(jī)體提供了更多的適應(yīng)性，其生物學(xué)功能與生物在生長(zhǎng)過(guò)程中遇到的各種問(wèn)題都有著密切的聯(lián)系。免疫應(yīng)答是機(jī)體進(jìn)行疾病防御的重要機(jī)制，T 細(xì)胞是免疫反應(yīng)中的關(guān)鍵部位，而 MHC 分子又是激活 T 細(xì)胞進(jìn)行細(xì)胞免疫的過(guò)程中發(fā)揮重要作用。目前關(guān)于 MHC 的研究是免疫學(xué)中最熱門的方向之一，因此，對(duì)魚(yú)類 MHC 基因以及 MHC 區(qū)的研究顯得尤為重要。研究草魚(yú) MHC I 區(qū)基因，分析草魚(yú) MHC I 區(qū)基因的序列、結(jié)構(gòu)以及基因組結(jié)構(gòu)組成，有利于了解草魚(yú) MHC I 基因及 MHC I 區(qū)其他基因基本的功能特征；
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]尼羅羅非魚(yú)MHC Ⅰα全長(zhǎng)cDNA的克隆、多態(tài)性及組織表達(dá)特征[J]. 黎建平,高風(fēng)英,盧邁新,曹建萌,朱華平,可小麗,劉志剛. 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué). 2014(06)
[2]長(zhǎng)白山野豬和東北民豬RXRB基因mRNA組織表達(dá)特性分析[J]. 黃銳,秦寧,張英英,范賢聰,劉強(qiáng),魏曼莉,呂智超,景洋,牟芳,徐日福. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2014(21)
[3]赤點(diǎn)石斑魚(yú)MHC IA基因的克隆與表達(dá)多態(tài)性分析[J]. 沈銘輝,鄭樂(lè)云,杜佳瑩,王軍. 廈門大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2013(01)
[4]紅笛鯛主要組織相容性復(fù)合物Ⅰα抗原基因的克隆與表達(dá)分析[J]. 張新中,魯義善,吳灶和,簡(jiǎn)紀(jì)常. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2012(10)
[5]軍曹魚(yú)MHC-Ⅰα基因全長(zhǎng)cDNA的克隆及其組織表達(dá)分析[J]. 張鶴,茅莉娜,馮娟,管越強(qiáng),許海東,蘇友祿. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2011(01)
[6]團(tuán)頭魴主要組織相容性復(fù)合體Ⅰ類基因全長(zhǎng)cDNA的克隆及組織表達(dá)分析[J]. 馬曉茜,劉至治,李思發(fā),唐文喬,楊金權(quán). 上海海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2011(01)
博士論文
[1]MHC I類分子遞呈修飾后抗原的結(jié)構(gòu)與免疫學(xué)研究[D]. 孫明偉.中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué) 2014
[2]重要海水養(yǎng)殖魚(yú)類MHCⅡ基因克隆、表達(dá)及多態(tài)性分析[D]. 張玉喜.中國(guó)海洋大學(xué) 2006
碩士論文
[1]PSMB5對(duì)神經(jīng)干細(xì)胞增殖能力的影響[D]. 賀澤斌.山西醫(yī)科大學(xué) 2015
[2]草魚(yú)β2m基因的分子克隆與MHC class Ⅰ多態(tài)性分析及其重組蛋白的鑒定[D]. 楊天耀.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005
本文編號(hào)：2901211
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