發(fā)布時(shí)間：2020-12-07 03:18

　　菲律賓蛤仔（Ruditapes philippinarum）的殼色和殼面花紋豐富,并且表現(xiàn)出復(fù)雜的多態(tài)性。研究表明,不同殼色蛤仔的生長(zhǎng)和抗逆性狀差異顯著,并且殼色可以穩(wěn)定的遺傳給后代。因此,通過(guò)對(duì)殼色分子機(jī)制相關(guān)性的研究,闡明殼色形成機(jī)理,一方面能夠?yàn)榻忉屫愵?lèi)殼色形成機(jī)制這一科學(xué)問(wèn)題提供有利證據(jù),另一方面也為蛤仔殼色定向選育提供重要理論依據(jù)。通過(guò)高通量測(cè)序方法構(gòu)建了菲律賓蛤仔白蛤、橙蛤和斑馬蛤殼色品系的microRNA數(shù)據(jù)庫(kù),獲得14,488,888和24,471,865（白蛤）,18,993,694、14,545,366（橙蛤）和25,453,550、9,519,203（斑馬蛤）三個(gè)樣品的clean reads,通過(guò)與參考基因組和各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)后,分別獲得特有序列1,614,570、1,849,627（白蛤）,2,208,239、1,125,993（橙蛤）,1,923,361、891,058（斑馬蛤）。通過(guò)與Rfam庫(kù)、GeneBank庫(kù)、miRBase庫(kù)、RepBase庫(kù)和外顯子、內(nèi)含子進(jìn)行比對(duì)和分類(lèi)注釋,得到數(shù)據(jù)庫(kù)中已有的1058種microRNA。利用mireap軟件預(yù)測(cè)了... 

【文章來(lái)源】：大連海洋大學(xué)遼寧省

【文章頁(yè)數(shù)】：79 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 綜述
    1.1 貝類(lèi)殼色的研究進(jìn)展
        1.1.1 貝殼色素的分類(lèi)
        1.1.2 殼色多態(tài)性
        1.1.3 殼色和紋路的影響因素及其功能
        1.1.4 殼色的遺傳控制和生化途徑
    1.2 microRNA的研究進(jìn)展
        1.2.1 microRNA的研究概況
        1.2.2 與體色相關(guān)的microRNA
        1.2.3 miR-137 對(duì)黑色素的調(diào)控
    1.3 貝類(lèi)酚氧化酶的研究進(jìn)展
        1.3.1 酚氧化酶的研究進(jìn)展
        1.3.2 酚氧化酶與免疫能力的相關(guān)性
    1.4 研究?jī)?nèi)容及目的意義
第二章 菲律賓蛤仔與殼色相關(guān)的microRNA的篩選與驗(yàn)證
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)樣本
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑
        2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 與殼色相關(guān)microRNA的篩選
        2.2.2 與殼色相關(guān)microRNA的序列驗(yàn)證
    2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.3.1 miRNAs序列長(zhǎng)度分析
        2.3.2 miRNA的差異表達(dá)分析
        2.3.3 差異表達(dá)miRNA靶基因的KEGG pathway分析
        2.3.4 差異表達(dá)miRNA靶基因GO功能注釋
        2.3.5 miRNA與靶基因的互作關(guān)系
        2.3.6 保守rp-miRNAs的鑒定
        2.3.7 新rp-miRNAs的鑒定
        2.3.8 莖環(huán)qRT-PCR驗(yàn)證rp-miRNA
    2.4 討論
第三章 菲律賓蛤仔miRNA-137 對(duì)黑色素形成途徑的影響研究
    3.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.1.1 實(shí)驗(yàn)樣本
        3.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑
        3.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
    3.2 實(shí)驗(yàn)方法
        3.2.1 人工合成miRNA激動(dòng)劑拮抗劑及其各自對(duì)陰性照組
        3.2.2 過(guò)表達(dá)處理蛤仔及樣品的提取
        3.2.3 總RNA提取
        3.2.4 反轉(zhuǎn)錄
        3.2.5 數(shù)據(jù)分析
    3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3.3.1 miRNA-137 激動(dòng)劑的過(guò)表達(dá)和拮抗劑的抑制效果
    3.4 討論
第四章 MITF基因的克隆
    4.1 實(shí)驗(yàn)材料
        4.1.1 實(shí)驗(yàn)樣本
        4.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑
        4.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
    4.2 實(shí)驗(yàn)方法
        4.2.1 蛤仔總RNA提取
        4.2.2 第一鏈cDNA合成
        4.2.3 3 ’末端片段的擴(kuò)增
        4.2.4 凝膠回收
        4.2.5 目的片段連接和轉(zhuǎn)化
        4.2.6 菌落PCR鑒定
        4.2.7 數(shù)據(jù)分析
    4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.3.1 RNAhybrid分析MITF基因3’端與miRNA的互作關(guān)系
    4.4 討論
第五章 LPS、PGN刺激下菲律賓蛤仔酚氧化酶活性研究
    5.1 實(shí)驗(yàn)材料
        5.1.1 實(shí)驗(yàn)樣本
        5.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑
        5.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
    5.2 實(shí)驗(yàn)方法
        5.2.1 蛤仔處理及取樣
        5.2.2 樣品的裂解
        5.2.3 酚氧化酶的測(cè)定
        5.2.4 蛋白含量的測(cè)定
        5.2.5 數(shù)據(jù)處理
    5.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    5.4 討論
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
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致謝



本文編號(hào)：2902518