發(fā)布時間：2020-11-11 09:00

　　 滇山茶Camellia reticulata為國家二級保護植物、云南八大名花之首、昆明市花,以樹高花大而馳名中外。研究表明,滇山茶為多倍體復(fù)合體,二倍體滇山茶(2X)和西南山茶C.pitardii雜交多倍化形成了四倍體滇山茶(4X),四倍體滇山茶(4X)和怒江山茶C.saluenensis雜交多倍化形成了六倍體滇山茶(6X)。本研究采用RNA-Seq技術(shù)對不同倍性的滇山茶及其親本種進行轉(zhuǎn)錄組測序及比較,探索滇山茶雜交多倍化的轉(zhuǎn)錄組變異。研究結(jié)果主要包括以下幾個方面:1.五個轉(zhuǎn)錄組測序共得到403 158條單基因序列,N50值為432bp,平均長度為412.81bp,與Nr等數(shù)據(jù)庫比對后,有177 849條(44.11%)單基因序列獲得注釋。通過GO注釋將91 769條單基因序列分為3個大類,44個功能組;利用COG數(shù)據(jù)庫將103 941條單基因序列劃分為25類;與KEGG數(shù)據(jù)庫比對分析發(fā)現(xiàn)共有53 627條單基因序列分為4個大分支,涉及到280條代謝通路。共獲得55 322個CDS,平均長度為647.95bp,N50長738bp。發(fā)現(xiàn)包含SSR的序列共有55 257條,共搜索出61 533個SSR位點,SSR位點出現(xiàn)頻率為15.26%,平均跨度為2.70 kb。SSR的平均長度為15.69bp,主要分布在序列較短的范圍內(nèi),SSR的出現(xiàn)頻率與SSR的序列長度負相關(guān);預(yù)測多態(tài)性較高的SSR分布在長度較長的短重復(fù)基元類型里。2.在四倍體滇山茶與兩個親本(二倍體滇山茶和西南山茶)之間共篩選到1 817個差異表達基因,六倍體與兩個親本(四倍體滇山茶和怒江山茶)之間共篩選到2 914個差異表達基因。這些差異表達基因主要與物質(zhì)合成、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等生物學(xué)過程有關(guān)。在萜類和黃酮類化合物合成及代謝通路中,DXS、HDS、CHS基因的上調(diào)表達和DFR、LAR基因的下調(diào)表達,使得多倍體中有效物質(zhì)合成量增多。此外,差異表達基因主要以非加性表達為主,同時存在親本偏向性,也存在少量基因沉默和被激活現(xiàn)象,沉默的基因參與了含有核堿基的化合物代謝過程等生物學(xué)過程,激活基因參與了逆境反應(yīng)等生物學(xué)過程。
【學(xué)位單位】：昆明理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：S685.14;TS272
【部分圖文】：

材料用的材料為山茶屬植物 5 個品種的葉片（二倍體滇山茶、四茶、怒江山茶、西南山茶）其中二倍體滇山茶和西南山茶是，而四倍體滇山茶和怒江山茶是六倍體滇山茶的雜交親本（明植物園山茶園的小溫室環(huán)境內(nèi)，栽培環(huán)境和生長狀況都相采集，其中西南山茶、二倍體及四倍體滇山茶植株非常珍貴此株植物的不同方位采集了六片嫩葉，混合作為一個重復(fù)，我們采集了 4 個不同植株的多片嫩葉，每 2 株植物不用方位設(shè)置兩個重復(fù)；六倍體滇山茶我們采集了 12 個不同植株的多方位嫩葉混合作為一個重復(fù)，設(shè)置四個重復(fù)。采集后馬上使置于固態(tài)干冰中帶回實驗室，放入-70℃超低溫冰箱中保存，息詳見表 2.1。

樣品存在輕度降解或輕度污染，但樣品合格，質(zhì)量較好，且總量滿足單次建庫�？梢赃M行 cDNA 文庫構(gòu)建。表 2.2 樣本 RNA 濃度和完整性檢測數(shù)據(jù)Table 2.2 RNA concentration and integrity detection of sample樣本SampleNanodrop 檢測RNA完整性RIN28s/1濃度concentration/ng·ul-1OD260/280 OD260/230Camellia reticulata (2X) 158.6 1.95 1.13 7.9 1.7Camellia reticulata (4X) 105.0 2.07 1.30 8.2 1.8Camellia reticulata (6X) 152.4 2.11 1.13 8.7 2.5Camellia saluenensis 74.0 1.19 0.94 8.1 1.8Camellia pitardii 50.3 2.16 1.60 8.4 2.7注：數(shù)據(jù)來源：本研究。

1000~200084 723 (10.08%) 18 089 (4.49%)≥20008 147 (0.97%) 3 318 (0.82%)總數(shù)Total number801 803 403 158總長度Total length/bp357 360 538 166 427 592N50 長度N50 length/bp489 432平均長度Mean length/bp445.7 412.81最大長度Max length/bp10 509 10 509最小長度Min length/bp201 201注：數(shù)據(jù)來源：本研究。
【參考文獻】

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本文編號：2879005