發(fā)布時(shí)間：2024-10-04 22:34

　　 為探討?zhàn)�瓜轉(zhuǎn)錄組功能基因信息,對(duì)福州芋瓠瓠瓜葉片進(jìn)行了Illumina Hiseqxten高通量無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,共獲得664 252 268個(gè)reads片段,經(jīng)序列組裝共計(jì)獲得87 518個(gè)Unigene,總長(zhǎng)度高達(dá)91 405 320 bp,76.03%的Unigene長(zhǎng)度主要集中在1～1 000 bp。功能注釋結(jié)果顯示,有55 725個(gè)Unigene在Nr數(shù)據(jù)庫(kù)獲得注釋,注釋到葫蘆科的Unigene數(shù)量最多,有26 354個(gè),占總Unigene的47.29%。GO數(shù)據(jù)庫(kù)注釋到18 278個(gè)Unigene,可以分為分子功能、細(xì)胞組分和生物學(xué)過(guò)程共三大類(lèi)的55個(gè)亞類(lèi)。COG數(shù)據(jù)庫(kù)中有41 635個(gè)Unigene獲得注釋,分布在信息存儲(chǔ)與處理、細(xì)胞過(guò)程和信號(hào)傳遞、新陳代謝、無(wú)特征基因四大類(lèi)的25個(gè)功能區(qū)域,其中參與氨基酸運(yùn)輸和代謝的Unigene數(shù)量最多。KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中有24 770個(gè)Unigene獲得注釋,涉及到220個(gè)KEGG代謝途徑。SSR位點(diǎn)檢索結(jié)果顯示,包含SSR序列的8 617條Unigene中存在11 029個(gè)SSR位點(diǎn),發(fā)生頻率為9.846%。本研究結(jié)果為進(jìn)一步深入...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)材料
    1.2 RNA的提取純化
    1.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及組裝
    1.4 序列注釋和功能分類(lèi)
    1.5 轉(zhuǎn)錄組SSR位點(diǎn)分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)組裝分析
    2.2 瓠瓜Unigene的功能注釋
        2.2.1 Nr功能注釋
        2.2.2 GO功能分析
        2.2.3 COG功能分類(lèi)
        2.2.4 KEGG代謝通路分析
    2.3 瓠瓜轉(zhuǎn)錄組的SSR位點(diǎn)分析
3 討論
4 結(jié)論



本文編號(hào)：4007222