銀杏復(fù)干發(fā)育及其轉(zhuǎn)錄組調(diào)控
發(fā)布時(shí)間：2020-12-16 01:21
銀杏（Ginkgo biloba L.）是第四紀(jì)冰川后銀杏科中唯一存活至今的孑遺樹(shù)種,被稱(chēng)為歷史遺產(chǎn)和植物界的“活化石”。銀杏是我國(guó)特有的經(jīng)濟(jì)樹(shù)種,古樹(shù)數(shù)量多,分布廣泛。銀杏從幼齡到千年生古樹(shù)存在普遍的“莖生枝”（復(fù)干）現(xiàn)象,且國(guó)內(nèi)銀杏古樹(shù)大部分為無(wú)性系多代同株,復(fù)干叢生。“多代同株”現(xiàn)象是銀杏達(dá)到生長(zhǎng)極限或?yàn)榈钟涣辑h(huán)境產(chǎn)生的維持生命系統(tǒng)的重要繁殖更新策略,是銀杏經(jīng)歷災(zāi)難后仍能保存至今的關(guān)鍵。通過(guò)對(duì)銀杏復(fù)干發(fā)育的研究,可進(jìn)一步了解復(fù)干的發(fā)生機(jī)理,為揭示銀杏古樹(shù)長(zhǎng)壽奧秘奠定理論基礎(chǔ),同時(shí)為在實(shí)踐生產(chǎn)中合理適當(dāng)?shù)睦脧?fù)干進(jìn)行繁殖等工作提供理論指導(dǎo)。目前在銀杏復(fù)干方面的研究多集中在地理分布、復(fù)干存在意義、復(fù)干代替母干過(guò)程及復(fù)干利用等方面,缺乏對(duì)復(fù)干發(fā)生機(jī)理方面的研究。本研究通過(guò)生長(zhǎng)指標(biāo)測(cè)定及解剖觀察,了解銀杏復(fù)干的生長(zhǎng)特性及其發(fā)端的解剖結(jié)構(gòu);通過(guò)植物生理學(xué)的研究,測(cè)定兩個(gè)不同發(fā)育時(shí)期復(fù)干和同株側(cè)枝的內(nèi)源激素含量指標(biāo),明確復(fù)干形成的生理機(jī)制及其與正常側(cè)枝的區(qū)別;最后,選用兩個(gè)不同發(fā)育時(shí)期的銀杏復(fù)干和同株樹(shù)干上相同位置未發(fā)育復(fù)干的部位作對(duì)照,利用第二代高通量測(cè)序和生物信息學(xué)分析方法,探討調(diào)控銀...
【文章來(lái)源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省
【文章頁(yè)數(shù)】：80 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)樣品Fig.2Experimentalsamplesoftranscriptome注：TF：萌芽期復(fù)干；TS：伸長(zhǎng)生長(zhǎng)時(shí)期復(fù)干；CF、CS：復(fù)干周?chē)＝M織Notes:TF:SecondarytrunkatstageofTF
山東農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文15采用NanoPhotometer分光光度計(jì)檢驗(yàn)樣品的純度（IMPLEN，CA，USA）。Qubit3.0Flurometer（LifeTechnologies，CA，USA）檢驗(yàn)樣品的濃度。安捷倫2100RNANano6000AssayKit（AgilentTechnologies，CA，USA）檢測(cè)樣品完整性。以保證使用合格樣品來(lái)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序。（2）RNA文庫(kù)的構(gòu)建樣品檢驗(yàn)合格后，每個(gè)樣品取3ug的RNA為起始原料，即可進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建。根據(jù)NEBNextUltraRNALibraryPrepKitforIllumina（#E7530L，NEB）說(shuō)明，分別選用不同的index標(biāo)簽進(jìn)行建庫(kù)。合格后的總RNA樣品，用帶有Oligo（dT）的磁珠進(jìn)行富集樣品mRNA。然后向得到的mRNA中添加fragmentationbuffer，使mRNA被打斷為短片段。再以片段后的mRNA為模板，再用六堿基隨機(jī)引物合成cDNA第一鏈。并加入緩沖液、DNApolymeraseI、RNaseH和、dNTPs合成cDNA第二鏈。經(jīng)過(guò)QiaQuickPCR試劑盒對(duì)雙鏈cDNA進(jìn)行純化并加EB緩沖液洗脫。洗脫純化后的雙鏈cDNA再采取末端修復(fù)、加堿基A和測(cè)序接頭。最后選擇不同大小的片段，進(jìn)行PCR擴(kuò)增，從而完成整個(gè)文庫(kù)制備工作。構(gòu)建好的文庫(kù)用Illumina平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序。測(cè)序策略為PE150。圖3轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)流程Fig.3TheExperimentalprocedureoftranscriptome
利用 HiSeq PE Cluster Kit v4-cBot-HS（Illumia）試劑在 c Bot 上生成簇。隨后在測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行雙端測(cè)序程序（PE），得到大小為 150bp 的雙端測(cè)序 reads（圖 4）。 2.3.5.5 生物信息學(xué)分析 對(duì)原始數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)過(guò)濾，通過(guò)去除低質(zhì)量序列和去接頭污染等過(guò)程，得到高質(zhì)量的Clean Data。將 Clean Data 與參考基因組進(jìn)行比對(duì)，獲得 Mapped Data，然后進(jìn)行測(cè)序文庫(kù)質(zhì)量評(píng)估，主要通過(guò)插入片段長(zhǎng)度檢驗(yàn)、隨機(jī)性檢驗(yàn)的方法。也可對(duì)表達(dá)量、新基因發(fā)掘、可變剪接分析、基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化。根據(jù)基因在不同樣品中的表達(dá)量差異進(jìn)行差異基因表達(dá)分析，以及差異基因的功能注釋、功能富集分析（圖 4）。
本文編號(hào)：2919251
【文章來(lái)源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省
【文章頁(yè)數(shù)】：80 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)樣品Fig.2Experimentalsamplesoftranscriptome注：TF：萌芽期復(fù)干；TS：伸長(zhǎng)生長(zhǎng)時(shí)期復(fù)干；CF、CS：復(fù)干周?chē)＝M織Notes:TF:SecondarytrunkatstageofTF
山東農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文15采用NanoPhotometer分光光度計(jì)檢驗(yàn)樣品的純度（IMPLEN，CA，USA）。Qubit3.0Flurometer（LifeTechnologies，CA，USA）檢驗(yàn)樣品的濃度。安捷倫2100RNANano6000AssayKit（AgilentTechnologies，CA，USA）檢測(cè)樣品完整性。以保證使用合格樣品來(lái)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序。（2）RNA文庫(kù)的構(gòu)建樣品檢驗(yàn)合格后，每個(gè)樣品取3ug的RNA為起始原料，即可進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建。根據(jù)NEBNextUltraRNALibraryPrepKitforIllumina（#E7530L，NEB）說(shuō)明，分別選用不同的index標(biāo)簽進(jìn)行建庫(kù)。合格后的總RNA樣品，用帶有Oligo（dT）的磁珠進(jìn)行富集樣品mRNA。然后向得到的mRNA中添加fragmentationbuffer，使mRNA被打斷為短片段。再以片段后的mRNA為模板，再用六堿基隨機(jī)引物合成cDNA第一鏈。并加入緩沖液、DNApolymeraseI、RNaseH和、dNTPs合成cDNA第二鏈。經(jīng)過(guò)QiaQuickPCR試劑盒對(duì)雙鏈cDNA進(jìn)行純化并加EB緩沖液洗脫。洗脫純化后的雙鏈cDNA再采取末端修復(fù)、加堿基A和測(cè)序接頭。最后選擇不同大小的片段，進(jìn)行PCR擴(kuò)增，從而完成整個(gè)文庫(kù)制備工作。構(gòu)建好的文庫(kù)用Illumina平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序。測(cè)序策略為PE150。圖3轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)流程Fig.3TheExperimentalprocedureoftranscriptome
利用 HiSeq PE Cluster Kit v4-cBot-HS（Illumia）試劑在 c Bot 上生成簇。隨后在測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行雙端測(cè)序程序（PE），得到大小為 150bp 的雙端測(cè)序 reads（圖 4）。 2.3.5.5 生物信息學(xué)分析 對(duì)原始數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)過(guò)濾，通過(guò)去除低質(zhì)量序列和去接頭污染等過(guò)程，得到高質(zhì)量的Clean Data。將 Clean Data 與參考基因組進(jìn)行比對(duì)，獲得 Mapped Data，然后進(jìn)行測(cè)序文庫(kù)質(zhì)量評(píng)估，主要通過(guò)插入片段長(zhǎng)度檢驗(yàn)、隨機(jī)性檢驗(yàn)的方法。也可對(duì)表達(dá)量、新基因發(fā)掘、可變剪接分析、基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化。根據(jù)基因在不同樣品中的表達(dá)量差異進(jìn)行差異基因表達(dá)分析，以及差異基因的功能注釋、功能富集分析（圖 4）。
本文編號(hào)：2919251
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