無芒隱子草全基因組LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的分析及分子標(biāo)記開發(fā)
發(fā)布時(shí)間：2020-12-20 07:45
植物育種和種質(zhì)資源的創(chuàng)新與利用離不開分子水平的遺傳多樣性研究。作為一種極度抗旱的禾本科牧草,無芒隱子草還兼具種子生活力高、營(yíng)養(yǎng)價(jià)值好等優(yōu)良特性,可以作為生態(tài)草、飼草和草坪草使用。然而,由于基因組數(shù)據(jù)的缺乏,目前對(duì)該物種的研究多集中在形態(tài)學(xué)和農(nóng)藝學(xué)水平,分子水平的研究還相對(duì)滯后。長(zhǎng)末端重復(fù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（long terminal repeat retrotransposon,LTR-RT）是植物基因組的重要組成部分,在功能基因組多樣性和表型變異中起重要作用。LTR-RTs廣泛分布于植物基因組中,這使其適于開發(fā)分子標(biāo)記,用于種質(zhì)鑒定、遺傳多樣性和系統(tǒng)發(fā)育分析以及輔助育種。近期完成的無芒隱子草全基因組測(cè)序?yàn)長(zhǎng)TR-RTs的分析和分子標(biāo)記的開發(fā)提供了基礎(chǔ)。本研究基于全基因組數(shù)據(jù),對(duì)無芒隱子草LTR-RTs進(jìn)行了鑒定、分析,篩選了具有潛在活性的候選全長(zhǎng)LTR-RTs,并且基于LTR-RTs數(shù)據(jù)開發(fā)了四種類型的分子標(biāo)記,以期為無芒隱子草LTR-RTs數(shù)據(jù)的挖掘及分子標(biāo)記輔助育種提供前期基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:1.無芒隱子草全基因組水平鑒定了LTR-RTs。基于無芒隱子草全基因組數(shù)據(jù),共鑒定出299...
【文章來源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：70 頁
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
技術(shù)路線
ER和LTR_retriever(Ouetal.,2018)分兩步對(duì)無芒隱子草全基因組進(jìn)行LTR-RTs篩選，得到候選全長(zhǎng)LTR-RTs。LTR_retriever對(duì)全長(zhǎng)LTR-RTs的鑒定原則如圖3.1(OuandJiang,2018)，完整的LTR-RTs長(zhǎng)度在85-5,000bp、具有下圖A所示的各個(gè)結(jié)構(gòu)、LTR中間序列長(zhǎng)度在1,000~15,000bp之間波動(dòng)。后續(xù)再從NCBI的保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(Marchler-Baueretal.,2017)比對(duì)候選全長(zhǎng)LTR-RTs的兩個(gè)LTR之間的編碼區(qū)域來確定結(jié)構(gòu)域。將包含兩端LTR區(qū)域、以及Gypsy和Copia超家族元件典型結(jié)構(gòu)域（Gag、Rt、Rh、Int、Pr）中三個(gè)結(jié)構(gòu)域的序列定義為全長(zhǎng)LTR-RTs。圖3.1LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的結(jié)構(gòu)。（A）完整的LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)具有兩個(gè)長(zhǎng)末端重復(fù)（LTR）（藍(lán)色框）、LTR兩側(cè)有一對(duì)二核苷酸回文基序（紅色三角）以及兩端的5bp靶位點(diǎn)重復(fù)（TSD）（灰色框），區(qū)域abcd是LTR_retriever主要分析目標(biāo)；（B）單LTR結(jié)構(gòu)；（C）嵌套LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子，另一個(gè)LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子插入其編碼區(qū)；（D）截短的LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)（圖片來源于OuandJiang,2018）Figure3.1ThestructuresofLTRretrotransposons.(A)ThestructureofanintactLTRretrotransposonswithlongterminalrepeat(LTR)(blueboxes),apairofdinucleotidepalindromicmotifsflankingeachLTR(redtriangles),anda5-bptargetsiteduplication(TSD)(Grayboxes),Regionsa,b,c,anddaremaintargetsanalyzedbyLTR_retriever.(B)Thestructureofasolo-LTR.(C)Thestructuresofnest-insertedLTRretrotransposons.(D)ThestructuresoftruncatedLTRretrotransposons.Drawingisnotonscale
不同超家族的LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子在無芒隱子草基因組20條染色體上的分布
本文編號(hào)：2927495
【文章來源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：70 頁
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
技術(shù)路線
ER和LTR_retriever(Ouetal.,2018)分兩步對(duì)無芒隱子草全基因組進(jìn)行LTR-RTs篩選，得到候選全長(zhǎng)LTR-RTs。LTR_retriever對(duì)全長(zhǎng)LTR-RTs的鑒定原則如圖3.1(OuandJiang,2018)，完整的LTR-RTs長(zhǎng)度在85-5,000bp、具有下圖A所示的各個(gè)結(jié)構(gòu)、LTR中間序列長(zhǎng)度在1,000~15,000bp之間波動(dòng)。后續(xù)再從NCBI的保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(Marchler-Baueretal.,2017)比對(duì)候選全長(zhǎng)LTR-RTs的兩個(gè)LTR之間的編碼區(qū)域來確定結(jié)構(gòu)域。將包含兩端LTR區(qū)域、以及Gypsy和Copia超家族元件典型結(jié)構(gòu)域（Gag、Rt、Rh、Int、Pr）中三個(gè)結(jié)構(gòu)域的序列定義為全長(zhǎng)LTR-RTs。圖3.1LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的結(jié)構(gòu)。（A）完整的LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)具有兩個(gè)長(zhǎng)末端重復(fù)（LTR）（藍(lán)色框）、LTR兩側(cè)有一對(duì)二核苷酸回文基序（紅色三角）以及兩端的5bp靶位點(diǎn)重復(fù)（TSD）（灰色框），區(qū)域abcd是LTR_retriever主要分析目標(biāo)；（B）單LTR結(jié)構(gòu)；（C）嵌套LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子，另一個(gè)LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子插入其編碼區(qū)；（D）截短的LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)（圖片來源于OuandJiang,2018）Figure3.1ThestructuresofLTRretrotransposons.(A)ThestructureofanintactLTRretrotransposonswithlongterminalrepeat(LTR)(blueboxes),apairofdinucleotidepalindromicmotifsflankingeachLTR(redtriangles),anda5-bptargetsiteduplication(TSD)(Grayboxes),Regionsa,b,c,anddaremaintargetsanalyzedbyLTR_retriever.(B)Thestructureofasolo-LTR.(C)Thestructuresofnest-insertedLTRretrotransposons.(D)ThestructuresoftruncatedLTRretrotransposons.Drawingisnotonscale
不同超家族的LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子在無芒隱子草基因組20條染色體上的分布
本文編號(hào)：2927495
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