發(fā)布時(shí)間：2024-05-30 02:53

　　目的對(duì)西藏小型豬全基因組范圍內(nèi)的組蛋白修飾位點(diǎn)進(jìn)行注釋,并比較不同組織間組蛋白修飾的差異。方法取三月齡的雄性非同胎西藏小型豬兩只,分別取其血液、肝、小腸(回腸段)和背最長(zhǎng)肌的組織樣本,進(jìn)行染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn),捕獲DNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序。下機(jī)數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)濾后比對(duì)到參考基因組上,并使用MACS軟件統(tǒng)計(jì)reads在基因組上的富集情況。結(jié)果不同組蛋白在基因啟動(dòng)子區(qū)域分布的偏好位置不同,分布規(guī)律大致分為兩類,一類如H3K4me3組蛋白修飾主要分布在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近的兩側(cè),并在距離TSS較近的下游位置出現(xiàn)一個(gè)寬度較窄的明顯的峰值,另一類如H3K9me3組蛋白修飾在整個(gè)啟動(dòng)子區(qū)域內(nèi)分布較為平均,整體呈現(xiàn)出中間低兩邊高的寬峰形狀;組織特異性組蛋白修飾影響的基因存在差異,對(duì)應(yīng)的功能通路比較廣泛,但都參與了RNA聚合酶II啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄調(diào)控。結(jié)論本研究提供了西藏小型豬四種組織的組蛋白修飾注釋數(shù)據(jù),為今后以西藏小型豬為生物醫(yī)學(xué)模型的轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

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【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
    1.2 主要試劑與儀器
    1.3 實(shí)驗(yàn)方法
        1.3.1 組織取樣
        1.3.2 染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)
        1.3.3 ChIP-Seq及其數(shù)據(jù)處理
2 結(jié)果
    2.1 數(shù)據(jù)產(chǎn)出及質(zhì)控
    2.2 西藏小型豬組蛋白修飾的整體特征
    2.3 西藏小型豬組織間組蛋白修飾分布特征
    2.4 組織間差異修飾基因的功能富集分析
3 討論



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