中國菜蝽屬DNA條形碼和線粒體基因組學研究(半翅目:蝽科)
發(fā)布時間:2020-11-09 00:56
菜蝽屬Eurydema隸屬于半翅目Hemiptera異翅亞目Heteroptera蝽科Pentatomidae,是一類重要的農業(yè)害蟲,世界分布33種,其中我國分布13種。該屬昆蟲體中小型,長卵圓形,體色鮮艷、色斑多樣,種內、種間均有表型變異。雖然已有一些學者采用不同的方法對菜蝽屬部分種進行了研究,但是該屬昆蟲的分類界限和系統(tǒng)發(fā)育關系仍存有爭議。近年來,隨著分子生物學技術的發(fā)展,DNA條形碼作為有效的物種鑒定方法已經(jīng)廣泛應用于多個生物類群,而線粒體基因組則是重建系統(tǒng)發(fā)育關系和研究類群進化歷史的有效工具。本文在廣泛采集分布于中國的菜蝽屬昆蟲的基礎上,對該屬做了一下兩方面的研究:第一,運用遺傳距離(distance-based)和系統(tǒng)發(fā)育樹(tree-based)兩種方法對分布于中國的菜蝽屬9種、共計199頭樣本進行了 DNA條形碼分析。主要結論如下:1、結合形態(tài)結構和DNA條形碼結果,均支持疑難種Eurydemasp.為菜蝽屬中一新種一白腹萊蝽Eurydema leucoventera sp.nov.。E.leucoventera sp.nov.與菜蝽屬其他種之間的平均遺傳距離(7.4%)是其種內遺傳距離(1.1%)的6.7倍。在NJ和BI系統(tǒng)發(fā)育樹結果中,E.leucoventera sp.nov.的不同單倍型聚為單獨一支,且與甘藍菜蝽形成姐妹群關系。另外,ABGD分析也支持將樣本劃分為9個分組,與形態(tài)種一一對應。2、結合形態(tài)結構和DNA條形碼結果,均支持將秦嶺菘蝽Bagrada qinlingensis Zheng,1982組合為秦嶺菜蝽Eurydema qinlingensis(Zheng,1982)comb.mov.。其與菘蝽屬錫箔菘蝽之間的遺傳距離為17.5%,遠高于與菜蝽屬昆蟲的平均種間遺傳距離(11.7%)。在NJ和BI系統(tǒng)發(fā)育樹結果中,秦嶺菜蝽分支屬于菜蝽屬內部,且與圓角菜蝽關系較近。3、遺傳距離和系統(tǒng)發(fā)育樹結果均支持菜蝽E.dominulus和藍菜蝽E.oleracea的表型變異屬于種內變異范疇。菜蝽的不同體色、不同色斑類型之間的遺傳距離小于0.6%,且遠小于菜蝽的最小種間遺傳距離5.1%;同樣地,藍菜蝽的兩種表型之間的遺傳距離為0.4%,也小于藍菜蝽的最小種間遺傳距離4.4%。在NJ和BI系統(tǒng)發(fā)育樹結果中,不同的表型變異不具有單系性。4、本研究證明COI基因在菜蝽屬的物種識別中有較高的準確性。菜蝽屬內各個種的最大種內遺傳距離均小于最小種間遺傳距離,且物種鑒定成功率超過99%:同時基于COI基因的DNA條形碼成功輔助解決形態(tài)疑難種和表型變異問題。因此,雖然菜蝽屬內遺傳距離存在微小的“barcoding overlap”,但是我們認為COI基因可以作為該屬的DNA條形碼。第二,本研究測得6種萊蝽屬昆蟲(菜蝽 E.dominulus、印緬菜蝽 E.liturifera、新疆菜蝽 E.maracandica、藍菜蝽 E.oleracea、秦嶺菜蝽 E.qinlingensis和圓角菜蝽 E.ventralis)的線粒體基因組序列,并對序列進行了比對和注釋。聯(lián)合已發(fā)表的橫紋菜蝽E.gebleri線粒體基因組序列,對菜蝽屬昆蟲進行了比較線粒體基因組學分析,此外,采用支序系統(tǒng)學方法及化石記錄,結合已發(fā)表的異翅亞目昆蟲線粒體基因組序列對菜蝽屬的系統(tǒng)發(fā)育關系及分化時間進行了評估。主要結果如下:1、菜蝽、印緬菜蝽、新疆菜蝽、藍菜蝽、秦嶺菜蝽和圓角菜蝽的線粒體基因組長度分別為 16752bp,15585bp,15391bp,15892bp,15820bp 和 15500bp。菜蝽屬昆蟲線粒體基因組序列均編碼37個基因(13個蛋白編碼基因,22個tRNA基因以及2個rRNA基因),且基因排列與其他異翅亞目昆蟲的線粒體基因組一致。22個tRNA二級結構中,除trnS1和trnV缺DHU臂外,22個tRNA基因的二級結構均為典型的三葉草結構。2、菜蝽屬昆蟲線粒體基因組序列中,不同物種的編碼基因的長度變化不大,主要的差異為控制區(qū)長度的變化。通過比較發(fā)現(xiàn),菜蝽屬昆蟲線粒體基因組序列均具有明顯的AT偏向性且存在A偏斜和C偏斜。重疊區(qū)和間隔區(qū)的序列較保守,甚至完全相同。除ND4L、ND5和ND6外,其余蛋白編碼基因的起始密碼子均相同;除ND2、ND4和ND6外,其余蛋白編碼基因的終止密碼子均相同。3、采用不同數(shù)據(jù)集計算的菜蝽屬種間遺傳距離結果顯示,基于PCG數(shù)據(jù)集計算的遺傳距離值較大,其次是PCGRNA數(shù)據(jù)集(13PCG+22tRNA+2rRNA),基于tRNA計算的遺傳距離值最小。菜蝽屬昆蟲線粒體基因組的13個蛋白編碼基因的Ka與Ks的比值均小于1,說明菜蝽屬的蛋白編碼基因均受到純化選擇的作用。4、異翅亞目各次目的拓撲關系為(奇蝽次目+(黽蝽次目+(鞭蝽次目+(蝎蝽次目+(細蝽次目+(臭蟲次目+蝽次目))))))。在蝽次目分支中,(扁蝽總科+(蝽總科+(長蝽總科+(紅蝽總科+緣蝽總科))))。蝽總科分支的拓撲關系為(異蝽科+(龜蝽科+(土蝽科+(荔蝽科+兜蝽科)+蝽科)))。在蝽科菜蝽屬分支中,秦嶺菜蝽位于菜蝽屬分支的基部,(圓角菜蝽+(藍菜蝽+印緬菜蝽))形成分支1,(新疆菜蝽+(橫紋菜蝽和菜蝽))形成分支2。5、蝎蝽次目是異翅亞目中分化最早的類群,分化時間為246Ma(三疊紀中期)。菜蝽屬的分化開始于87Ma白堊紀晚期,屬內物種多樣性的增加在古近紀和新近紀階段。分化時間依次為秦嶺菜蝽(古近紀古新世)、圓角菜蝽(古近紀漸新世)、新疆菜蝽(古近紀漸新世)、菜蝽-橫紋菜蝽(古近紀漸新世)和藍菜蝽和印緬菜蝽(新近紀中新世)。
【學位單位】:山西農業(yè)大學
【學位級別】:博士
【學位年份】:2018
【中圖分類】:S433.3
【部分圖文】:
化試驗室所積累的酒精浸制標本,少量來自南開大學昆蟲研宄所的浸制標本。所有標本??均浸制于無水乙醇中,-2〇°C冰箱保存。??試驗共選。玻埃愁^標本(包括外群錫箔菘蝽4頭),涵蓋全國16個省市(見圖2.8)。??標本采集地點、時間、及試驗所需詳細信息見表2.1。試驗標本只選取同側三條足或胸??部肌肉進行試驗,剩余部分作為證據(jù)標本置于無水乙醇,保存于_2〇°C冰箱,以備查驗。??Mr?w?i?*?luTml?I3*?*?n?<lrJ:?ISt'"?rf'ft'l??I?I?I?I?1?1???Lecend??-...?'??乙?A?£.?domimdus??f?c一、廣^一?飛.一、▲'了????E.?geb/eri????.^?'?^?1?'?-xJk?'"?v??命?r?>?夕?E.?maracanaica??、一^r:t;?、'?:.?。Т穑?E.?olcracea???,廣成義"-???£.?ventralis??4?,?^?E.?sp.??_?^?#?E.?liturifera??A?r^;??^???B.?qinlingensis??〇?5〇o?i.ooo?2.000?(£.?qinlingensis)??Kilometers????B.?stolata??圖2.1試驗所用標本采集地信息??Fig.?2.1?Map?of?China?with?sampling?localities.??2.1.1.2試驗試劑??Tris.Cl?緩沖液(ImolL,PH8.0)、EDTA?(乙二胺四乙酸)(〇_5mol/L,PH8.0)、EB??(
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【參考文獻】
本文編號:2875629
【學位單位】:山西農業(yè)大學
【學位級別】:博士
【學位年份】:2018
【中圖分類】:S433.3
【部分圖文】:
化試驗室所積累的酒精浸制標本,少量來自南開大學昆蟲研宄所的浸制標本。所有標本??均浸制于無水乙醇中,-2〇°C冰箱保存。??試驗共選。玻埃愁^標本(包括外群錫箔菘蝽4頭),涵蓋全國16個省市(見圖2.8)。??標本采集地點、時間、及試驗所需詳細信息見表2.1。試驗標本只選取同側三條足或胸??部肌肉進行試驗,剩余部分作為證據(jù)標本置于無水乙醇,保存于_2〇°C冰箱,以備查驗。??Mr?w?i?*?luTml?I3*?*?n?<lrJ:?ISt'"?rf'ft'l??I?I?I?I?1?1???Lecend??-...?'??乙?A?£.?domimdus??f?c一、廣^一?飛.一、▲'了????E.?geb/eri????.^?'?^?1?'?-xJk?'"?v??命?r?>?夕?E.?maracanaica??、一^r:t;?、'?:.?。Т穑?E.?olcracea???,廣成義"-???£.?ventralis??4?,?^?E.?sp.??_?^?#?E.?liturifera??A?r^;??^???B.?qinlingensis??〇?5〇o?i.ooo?2.000?(£.?qinlingensis)??Kilometers????B.?stolata??圖2.1試驗所用標本采集地信息??Fig.?2.1?Map?of?China?with?sampling?localities.??2.1.1.2試驗試劑??Tris.Cl?緩沖液(ImolL,PH8.0)、EDTA?(乙二胺四乙酸)(〇_5mol/L,PH8.0)、EB??(
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【參考文獻】
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1 姜培;異翅亞目昆蟲比較線粒體基因組學及系統(tǒng)發(fā)育關系研究[D];中國農業(yè)大學;2017年
本文編號:2875629
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