發(fā)布時間：2020-12-03 05:57

　　鮸魚（Miichthys miiuy）是一種具有重要經(jīng)濟價值的海洋水產(chǎn)魚類,屬于石首科,主要分布在太平洋西北部:從日本海西部到中國東海區(qū)域。近年來,鮸魚被廣泛養(yǎng)殖,但是,其養(yǎng)殖規(guī)模一直受到許多病原菌和寄生蟲帶來的各種感染性疾病所限制。目前,基于鮸魚轉(zhuǎn)錄組和EST測序數(shù)據(jù),許多免疫相關(guān)基因已展開研究。MicroRNA（miRNA）是一大類內(nèi)生非編碼小分子RNA（small RNA,sRNA）,它能夠通過不完全互補配對形式靶作用于信使RNA（mRNA）,并可在轉(zhuǎn)錄后水平上通過抑制mRNA翻譯或者誘導(dǎo)mRNA降解的方式調(diào)控各種生理過程。研究表明miRNA在宿主對抗各種病原體感染過程中起到關(guān)鍵作用。作為一種革蘭氏陰性,鰻弧菌（Vibrio anguillarum）是鮸魚養(yǎng)殖過程中一種常見的病原菌。為了鑒定在鰻弧菌侵染時起到免疫調(diào)控作用的mi RNA,我們對健康的鮸魚和受鰻弧菌侵染的鮸魚的脾臟組織進(jìn)行了sRNA轉(zhuǎn)錄組測序。本研究通過sRNA轉(zhuǎn)錄組測序,得到的主要結(jié)論如下:1.構(gòu)建了兩個sRNA文庫并通過Illumina高通量測序平臺進(jìn)行測序。經(jīng)過低質(zhì)量序列的過濾,在對照組（control gro... 

【文章來源】：浙江海洋大學(xué)浙江省

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

動物樣品的實驗流程

圖 2-2 信息分析流程Fig 2.2 Data analysis process2.1.4.3 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估及過濾Illumina 測序得到的原始圖像數(shù)據(jù)經(jīng) base calling 轉(zhuǎn)化為序列數(shù)據(jù)，我們稱之為原始數(shù)據(jù)(raw data 或 raw reads)，結(jié)果以 fastq 文件格式存儲。為了保證數(shù)據(jù)質(zhì)量，在信息分析前要對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量評估，并且通過數(shù)據(jù)過濾來減少數(shù)據(jù)噪音。首先，為了保證測序的可靠性，根據(jù)質(zhì)量評估結(jié)果過濾掉低質(zhì)量序列，主要是那些原始數(shù)據(jù)中堿基質(zhì)量小于 10 的堿基數(shù)超過 4 個同時堿基質(zhì)量小于 13 的堿基數(shù)超過 6 個的序列。其次，過濾掉原始數(shù)據(jù)中無插入片段序列、插入片段過長的序列、poly(A)序列、長度小于 15 nt 的小片段序列、5′或 3′接頭污染序列。原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)量評估和過濾后得到干凈序列(clean reads)。2.1.4.4 樣本序列統(tǒng)計及長度分布

鮸魚鰻弧菌感染相關(guān) microRNA 的鑒定及分析為了檢測兩個樣本測序整體上的一致性，我們統(tǒng)計了兩個 cDNA 文庫之間公共序列和特有序列的種類(用 unique 表示)及總量(用 total 表示)分布情況(見圖 2-3)。在 CG與 IG 兩個樣本間，公共序列的種類僅占 15.8%，但是公共序列的總量占兩個庫 cleanreads 總數(shù)(23,202,586)的 97.7% (22,672,335)，這表明我們構(gòu)建的文庫在測序整體上的一致性是比較好的。一般不同樣品間序列種類上的差異比較大，但公共部分的序列其表達(dá)比較集中。


本文編號：2896097