分子技術(shù)在馬鞍列島海域魚類食性和腸道菌群分析中的應(yīng)用
發(fā)布時(shí)間：2020-12-08 19:13
近年來隨著馬鞍列島海域的漁業(yè)資源的衰退趨勢無法得到有效地緩解,眾多研究者積極采取研究措施從各個(gè)方面探究導(dǎo)致漁業(yè)資源的衰退現(xiàn)狀的原因。本研究通過利用分子生物技術(shù)與傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)鑒定相結(jié)合的方法,對2014年夏季在馬鞍列島海域的皮氏叫姑魚進(jìn)行了胃含物分析,發(fā)現(xiàn)皮氏叫姑魚的空胃率可達(dá)到84.65%,而使用傳統(tǒng)的觀測方法僅獲得包括口蝦蛄（Oratosquilla oratoria）、日本鼓蝦（Alpheus japonicus）、沙蠶（Nereis）、日本蟳（Charybdis japonica）幼體在內(nèi)4種胃含物,而其余占總食物團(tuán)質(zhì)量的92.65%為無法辨認(rèn)的食物糜,其中不可辨認(rèn)的蝦類占3.25%、蟹類31.14%。針對無法鑒定的食物殘?jiān)崛〗M織DNA,采用線粒體細(xì)胞色素C氧化酶亞基I（Mitochondrial cytochrome oxidase subunit I,COI）作為分子標(biāo)記,利用獲得的基因在Genbank中進(jìn)行同源性分析,并利用MEGA6.0構(gòu)建N-J系統(tǒng)進(jìn)化樹,最終鑒定出6種蝦類、2種魚類、1種蟹類,分別是中華管鞭蝦（Solenocera crassicornis）、鮮明鼓蝦...
【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市
【文章頁數(shù)】：52 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
采用非直接鑒定法分析胃腸道內(nèi)容物或糞便的出版的文章數(shù)量（以每5年或10年為時(shí)間間隔單位）（引自Carreon-Martinez[18]
圖 1-2 分子技術(shù)分析胃含物組成的流程圖（引自 Sheppard[19]，2005）虛線表示需要進(jìn)行特異性引物設(shè)計(jì)的環(huán)節(jié)。Fig.1-2 Gut content analysis using DNA-based techniques. Broken lines describe processesrequired for species-specific primer design[19].Bowser[52]等用 16S mtDNA 和 COI 作為標(biāo)記基因，利用 454 測序平臺(tái)研究緬北部灣的海鳥食物鏈，并且強(qiáng)調(diào)了多位點(diǎn)方法的應(yīng)用在多種類食性組成研究中重要性。Leray[53]等設(shè)計(jì)引物“mlCOIintF”結(jié)合原有引物“jgHCO2198”定位一段13bp 的基因片段，利用第二代測序平臺(tái)對三種珊瑚礁魚類的胃含物進(jìn)行測序，在得到的 334 個(gè) OTUs（Operational Taxonomic Units）中，52.5%的可以與條形碼據(jù)庫中的序列相匹配，另外，32%需要?dú)w類到更高級別的分類單元中，并認(rèn)為這引物搭配可以應(yīng)用到食物網(wǎng)以及大尺度生物多樣性的評估中。Martha[54]等利用際條形碼數(shù)據(jù)庫（BOLD，thebarcodeoflife referencedatabase）來對獅子魚的胃物進(jìn)行 DNA 鑒定，并推薦將該技術(shù)應(yīng)用于對部分消化的食物組織的鑒定，也指目前該技術(shù)應(yīng)用過程中唯一的限制是要完善條形碼數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建，尤其是無脊動(dòng)物的條形碼。因此，在我們研究魚類食性的過程中，對于遇到無法用傳統(tǒng)方法
上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文本研究設(shè)置站點(diǎn)（ST1~ST7）如圖 1 所示，根據(jù)馬鞍列島海域（E:12251′;N:30°41′—30°52′）的地形和皮氏叫姑魚的生活習(xí)性，選用多網(wǎng)目組合氏叫姑魚實(shí)施兼捕，多網(wǎng)目組合刺網(wǎng)的網(wǎng)目尺寸范圍為 25~80mm，具體合方法參考汪振華[4]等的相關(guān)研究，每次放置刺網(wǎng)的時(shí)間約為 24h。將捕氏叫姑魚采用保溫箱冷藏保存后帶回實(shí)驗(yàn)室分析。究區(qū)域與樣品采集
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]DNA條形碼在魚類胃含物種類鑒定中的應(yīng)用[J]. 席曉晴,鮑寶龍,章守宇. 上海海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2015(02)
[2]草魚與團(tuán)頭魴腸道菌群結(jié)構(gòu)比較分析[J]. 王純,倪加加,顏慶云,李金金,李星浩,余育和. 水生生物學(xué)報(bào). 2014(05)
[3]16S rRNA is a better choice than COI for DNA barcoding hydrozoans in the coastal waters of China[J]. ZHENG Lianming,HE Jinru,LIN Yuanshao,CAO Wenqing,ZHANG Wenjing. Acta Oceanologica Sinica. 2014(04)
[4]枸杞島近岸海域食物網(wǎng)的穩(wěn)定同位素分析[J]. 蔣日進(jìn),章守宇,王凱,周曦杰,趙靜. 生態(tài)學(xué)雜志. 2014(04)
[5]鰱、鳙腸道微生物的研究[J]. 祭仲石,管衛(wèi)兵,蘇孫國,張明月. 大連海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2014(01)
[6]象山港內(nèi)西滬港海域沉積環(huán)境細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的時(shí)空變化及其主要環(huán)境影響因子[J]. 有小娟,李秋芬,張艷,徐勇,焦海峰. 應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報(bào). 2013(05)
[7]中日褐菖鲉群體形態(tài)學(xué)比較研究[J]. 徐勝勇,張輝,柳本卓,高天翔. 水生生物學(xué)報(bào). 2013(05)
[8]生物DNA條形碼:十年發(fā)展歷程、研究尺度和功能[J]. 裴男才,陳步峰. 生物多樣性. 2013(05)
[9]鮸魚消化道細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)及多樣性初步研究[J]. 陶詩,王健鑫,劉雪珠,何芳芳,俞凱成. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2013(04)
[10]北部灣皮氏叫姑魚的遺傳多樣性分析[J]. 謝子強(qiáng),劉雪媚,郭昱嵩,劉楚吾. 南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2013(01)
博士論文
[1]多元生境中的魚類群落格局[D]. 汪振華.上海海洋大學(xué) 2011
碩士論文
[1]流沙灣勒氏枝鰾石首魚和皮氏叫姑魚的生物學(xué)研究[D]. 徐明.廣東海洋大學(xué) 2014
[2]北部灣主要魚類食性的初步研究[D]. 陳穎涵.廈門大學(xué) 2013
[3]海洋特別保護(hù)區(qū)漁業(yè)管理問題—馬鞍列島海洋特別保護(hù)區(qū)實(shí)證研究[D]. 李鑫.上海海洋大學(xué) 2012
[4]長江口中國花鱸的食性及分子生物學(xué)在食性分析上的應(yīng)用[D]. 洪巧巧.華東理工大學(xué) 2012
[5]養(yǎng)殖魚腸道菌群分子生態(tài)的研究[D]. 黃光祥.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號：2905548
【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市
【文章頁數(shù)】：52 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
采用非直接鑒定法分析胃腸道內(nèi)容物或糞便的出版的文章數(shù)量（以每5年或10年為時(shí)間間隔單位）（引自Carreon-Martinez[18]
圖 1-2 分子技術(shù)分析胃含物組成的流程圖（引自 Sheppard[19]，2005）虛線表示需要進(jìn)行特異性引物設(shè)計(jì)的環(huán)節(jié)。Fig.1-2 Gut content analysis using DNA-based techniques. Broken lines describe processesrequired for species-specific primer design[19].Bowser[52]等用 16S mtDNA 和 COI 作為標(biāo)記基因，利用 454 測序平臺(tái)研究緬北部灣的海鳥食物鏈，并且強(qiáng)調(diào)了多位點(diǎn)方法的應(yīng)用在多種類食性組成研究中重要性。Leray[53]等設(shè)計(jì)引物“mlCOIintF”結(jié)合原有引物“jgHCO2198”定位一段13bp 的基因片段，利用第二代測序平臺(tái)對三種珊瑚礁魚類的胃含物進(jìn)行測序，在得到的 334 個(gè) OTUs（Operational Taxonomic Units）中，52.5%的可以與條形碼據(jù)庫中的序列相匹配，另外，32%需要?dú)w類到更高級別的分類單元中，并認(rèn)為這引物搭配可以應(yīng)用到食物網(wǎng)以及大尺度生物多樣性的評估中。Martha[54]等利用際條形碼數(shù)據(jù)庫（BOLD，thebarcodeoflife referencedatabase）來對獅子魚的胃物進(jìn)行 DNA 鑒定，并推薦將該技術(shù)應(yīng)用于對部分消化的食物組織的鑒定，也指目前該技術(shù)應(yīng)用過程中唯一的限制是要完善條形碼數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建，尤其是無脊動(dòng)物的條形碼。因此，在我們研究魚類食性的過程中，對于遇到無法用傳統(tǒng)方法
上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文本研究設(shè)置站點(diǎn)（ST1~ST7）如圖 1 所示，根據(jù)馬鞍列島海域（E:12251′;N:30°41′—30°52′）的地形和皮氏叫姑魚的生活習(xí)性，選用多網(wǎng)目組合氏叫姑魚實(shí)施兼捕，多網(wǎng)目組合刺網(wǎng)的網(wǎng)目尺寸范圍為 25~80mm，具體合方法參考汪振華[4]等的相關(guān)研究，每次放置刺網(wǎng)的時(shí)間約為 24h。將捕氏叫姑魚采用保溫箱冷藏保存后帶回實(shí)驗(yàn)室分析。究區(qū)域與樣品采集
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]DNA條形碼在魚類胃含物種類鑒定中的應(yīng)用[J]. 席曉晴,鮑寶龍,章守宇. 上海海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2015(02)
[2]草魚與團(tuán)頭魴腸道菌群結(jié)構(gòu)比較分析[J]. 王純,倪加加,顏慶云,李金金,李星浩,余育和. 水生生物學(xué)報(bào). 2014(05)
[3]16S rRNA is a better choice than COI for DNA barcoding hydrozoans in the coastal waters of China[J]. ZHENG Lianming,HE Jinru,LIN Yuanshao,CAO Wenqing,ZHANG Wenjing. Acta Oceanologica Sinica. 2014(04)
[4]枸杞島近岸海域食物網(wǎng)的穩(wěn)定同位素分析[J]. 蔣日進(jìn),章守宇,王凱,周曦杰,趙靜. 生態(tài)學(xué)雜志. 2014(04)
[5]鰱、鳙腸道微生物的研究[J]. 祭仲石,管衛(wèi)兵,蘇孫國,張明月. 大連海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2014(01)
[6]象山港內(nèi)西滬港海域沉積環(huán)境細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的時(shí)空變化及其主要環(huán)境影響因子[J]. 有小娟,李秋芬,張艷,徐勇,焦海峰. 應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報(bào). 2013(05)
[7]中日褐菖鲉群體形態(tài)學(xué)比較研究[J]. 徐勝勇,張輝,柳本卓,高天翔. 水生生物學(xué)報(bào). 2013(05)
[8]生物DNA條形碼:十年發(fā)展歷程、研究尺度和功能[J]. 裴男才,陳步峰. 生物多樣性. 2013(05)
[9]鮸魚消化道細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)及多樣性初步研究[J]. 陶詩,王健鑫,劉雪珠,何芳芳,俞凱成. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2013(04)
[10]北部灣皮氏叫姑魚的遺傳多樣性分析[J]. 謝子強(qiáng),劉雪媚,郭昱嵩,劉楚吾. 南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2013(01)
博士論文
[1]多元生境中的魚類群落格局[D]. 汪振華.上海海洋大學(xué) 2011
碩士論文
[1]流沙灣勒氏枝鰾石首魚和皮氏叫姑魚的生物學(xué)研究[D]. 徐明.廣東海洋大學(xué) 2014
[2]北部灣主要魚類食性的初步研究[D]. 陳穎涵.廈門大學(xué) 2013
[3]海洋特別保護(hù)區(qū)漁業(yè)管理問題—馬鞍列島海洋特別保護(hù)區(qū)實(shí)證研究[D]. 李鑫.上海海洋大學(xué) 2012
[4]長江口中國花鱸的食性及分子生物學(xué)在食性分析上的應(yīng)用[D]. 洪巧巧.華東理工大學(xué) 2012
[5]養(yǎng)殖魚腸道菌群分子生態(tài)的研究[D]. 黃光祥.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號：2905548
本文鏈接：http://www.wukwdryxk.cn/nykjlw/scyylw/2905548.html
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