發(fā)布時間：2018-04-26 07:36

  本文選題：蛋白質(zhì)組學(xué) + 定性流程��； 參考：《華東師范大學(xué)》2017年碩士論文

【摘要】：隨著質(zhì)譜技術(shù)的進(jìn)步,基于液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜聯(lián)用(LC-MS/MS)的分析技術(shù),已經(jīng)成為鳥槍法蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的最常用技術(shù)之一。在實(shí)驗(yàn)時,先將實(shí)驗(yàn)樣本用相關(guān)蛋白酶水解成肽段,再將處理后的肽段混合物,經(jīng)LC-MS/MS檢測得到原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)。這些原始質(zhì)譜數(shù)據(jù),需要相關(guān)軟件處理分析,才能知道原樣本中的肽段、蛋白質(zhì)是什么,這一步驟即質(zhì)譜數(shù)據(jù)的定性�，F(xiàn)行的定性方法多是基于蛋白序列理論庫進(jìn)行定性分析,如軟件Mascot和X!Tandem等。但是這種方法有自己的局限性,比如該方法十分依賴于蛋白序列庫、忽略理論譜圖與實(shí)驗(yàn)譜圖的差別、譜圖鑒定率低等。針對上述問題,本文詳細(xì)探究了基于二級譜圖的定性流程(DDA采集模式下),對流程中的步驟逐一做了詳細(xì)論述,以便了解現(xiàn)有定性方法中的關(guān)鍵步驟。在此基礎(chǔ)上,對現(xiàn)有流程方法進(jìn)行改進(jìn),提出了一套新的定性方法(SpectraMatch),該方法是基于已知的實(shí)驗(yàn)譜圖庫進(jìn)行定性的,不同于蛋白序列搜索,這種方法讓實(shí)驗(yàn)譜圖之間直接進(jìn)行比對,以此來進(jìn)行定性分析。經(jīng)驗(yàn)證,從肽段、蛋白和生物學(xué)意義等層面上,均能證明:本文提出的方法(SpectraMatch)與主流的軟件(Mascot、X!Tandem、MSPepSearch 和 OMSSA)有較好的一致性,這證明了本文的探究和本文定性流程的可靠性和正確性。同時,因?yàn)楸疚姆椒�可以輕松地更改參考譜圖庫,所以相比基于蛋白序列庫方法有更強(qiáng)的靈活性。
[Abstract]:With the development of mass spectrometry, the analysis technology based on LC-MS / MS / MS has become one of the most common techniques in the research of birdshot proteomics. In the experiment, the sample was hydrolyzed into peptide segment with the related protease, then the mixture of the treated peptide segment was hydrolyzed to obtain the original mass spectrum data by LC-MS/MS detection. In order to know the peptide segment and the protein in the original sample, these raw mass spectrum data need to be processed and analyzed by relevant software. This step is the qualitative analysis of the mass spectrum data. The existing qualitative methods are based on the protein sequence theory library, such as software Mascot and XT Tandem. However, this method has its own limitations. For example, the method relies heavily on the protein sequence library, neglects the difference between theoretical and experimental spectra, and has a low spectral identification rate. In order to understand the key steps of the existing qualitative methods, this paper probes into the qualitative process based on the two-level spectrum diagram in DDA acquisition mode and discusses the steps in the process one by one. On this basis, the existing process methods are improved, and a new qualitative method is proposed, which is based on the known experimental spectrum map library, and is different from protein sequence search. This method allows the experimental spectra to be compared directly for qualitative analysis. It has been proved that the proposed method SpectraMatch has good consistency with the main software MascotX and MSPepSearch and OMSSA, which proves the reliability and correctness of the research and qualitative process of this paper. The results show that the method proposed in this paper is consistent with the software MascotX and MSPepSearch and OMSSA. it is proved that the proposed method is reliable and correct. At the same time, this method can easily change the reference map library, so it is more flexible than the protein sequence library method.
【學(xué)位授予單位】：華東師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：Q51

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：1805080