發(fā)布時(shí)間：2024-06-08 04:54

　　在遺傳學(xué)中,超敏位點(diǎn)是一個(gè)相對(duì)較短的染色質(zhì)區(qū)域,它可以在所有的活性基因上發(fā)現(xiàn)。DNaseⅠ超敏位點(diǎn)(DHSs)是失去其高級(jí)結(jié)構(gòu)的特殊染色體區(qū)域,可被DNaseⅠ酶識(shí)別,結(jié)合和切割。因此,這些DNA區(qū)域變得暴露,更容易被酶接觸,從而發(fā)揮其生物學(xué)作用。DNA序列中DHSs的研究對(duì)于理解轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制和定位一些順式調(diào)控元件(如啟動(dòng)子,增強(qiáng)子,絕緣子,沉默子和基因座控制區(qū)等)具有重要意義。因此,識(shí)別DHSs成為了從非編碼序列中發(fā)現(xiàn)功能性DNA元素的有效途徑。盡管后基因組時(shí)代已提出了許多實(shí)驗(yàn)方法來(lái)識(shí)別DHSs,但這些實(shí)驗(yàn)方法需要大量實(shí)驗(yàn)人員的辛勤勞動(dòng),以及需要耗費(fèi)大量的實(shí)驗(yàn)原材料、實(shí)驗(yàn)器材和實(shí)驗(yàn)時(shí)間。與此同時(shí),這些實(shí)驗(yàn)方法的大量涌現(xiàn)也為后續(xù)的研究提供了寶貴的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。因此,開(kāi)發(fā)用于預(yù)測(cè)DHSs序列的計(jì)算方法既有重要意義,又是推進(jìn)科學(xué)發(fā)展不可或缺的一步。在本文的研究中,我們提出了一種基于DHSs序列信息的預(yù)測(cè)分類(lèi)器模型來(lái)識(shí)別人類(lèi)DHSs。研究采用的基準(zhǔn)數(shù)據(jù)集是Noble課題組通過(guò)可靠的實(shí)驗(yàn)方法測(cè)序出來(lái)的,共包含1017條樣本序列,大小均在240bp左右,并去除了序列冗余。我們的模型使用了k-mer、...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖2-1k-mer算法獲取序列示意圖

第二章數(shù)據(jù)集與特征7圖2-1k-mer算法獲取序列示意圖2.2.2理化性質(zhì)相關(guān)性k-mer僅僅只考慮了短程相關(guān)信息，因此，我們加入了理化性質(zhì)的相關(guān)性，以代表寡核苷酸之間的遠(yuǎn)程相互作用，其表達(dá)式如下：Dphysicochemical=Λ（5）其中u可以用如下等式表示：ΛΛΛΛΛ（6....

圖4-1每個(gè)k值構(gòu)建的模型基于SVM的最終準(zhǔn)確率結(jié)果

電子科技大學(xué)碩士學(xué)位論文20第四章結(jié)果分析與討論DNaseI超敏位點(diǎn)的識(shí)別是鑒定脊椎動(dòng)物的順式調(diào)控序列的標(biāo)準(zhǔn)方法，它促進(jìn)了發(fā)現(xiàn)位于核心啟動(dòng)子之外的絕大多數(shù)已驗(yàn)證的人類(lèi)順式調(diào)控元件。盡管最近已發(fā)表了好幾個(gè)用于DNaseI超敏位點(diǎn)序列大規(guī)模定位的新型分子方法，但人類(lèi)DNaseI超敏位....

圖4-26種二核苷酸理化性質(zhì)的不同λ值在基于SVM的模型中的最終準(zhǔn)確率

第四章結(jié)果分析與討論21從結(jié)果中可以看到k值取2和5時(shí)模型的訓(xùn)練結(jié)果都表現(xiàn)出了不錯(cuò)的表現(xiàn)。通常，對(duì)于二型PseKNC公式中的一個(gè)特征向量，只會(huì)選擇一個(gè)k值來(lái)訓(xùn)練模型，而在其他k值特征向量中可能會(huì)丟失一些重要的特征信息。因此，我們選用范圍為2到5的四個(gè)k值作為特征集，以發(fā)現(xiàn)更多有效....

圖4-4k=2，g=2時(shí)根據(jù)mRMR特征篩選得到的結(jié)果，取前108個(gè)特征的結(jié)果

電子科技大學(xué)碩士學(xué)位論文24圖4-3二核苷酸和三核苷酸的G-gap特征提取算法的最終準(zhǔn)確率結(jié)果從圖4-3的結(jié)果中可以看出三核苷酸在整體水平上明顯表現(xiàn)得不如二核苷酸，并且由于基準(zhǔn)數(shù)據(jù)集中序列長(zhǎng)度比較偏短，將更高維度的核苷酸聯(lián)體作為特征向量的意義不大，因此我們不再嘗試四核苷酸及以上更....

本文編號(hào)：3991485