廣西獼猴糞便中諾如病毒與星狀病毒的全基因組序列分析
發(fā)布時間：2020-12-10 23:20
目的:了解廣西龍虎山獼猴諾如病毒和星狀病毒的感染狀態(tài),分析其全基因組序列、探討遺傳進(jìn)化及與人類間的關(guān)系。方法:采用RT-PCR方法對收集的廣西龍虎山獼猴糞便標(biāo)本進(jìn)行諾如病毒和星狀病毒篩查,挑選陽性標(biāo)本各一份進(jìn)行基因擴(kuò)增、克隆、測序、拼接,獲得基因組全長。通過GenBank中Blastx在線比對分析,利用MEGA6.0軟件進(jìn)行多序列比對及遺傳進(jìn)化分析。結(jié)果:1.篩查發(fā)現(xiàn),400份標(biāo)本中諾如病毒陽性2份,陽性率為0.5%;星狀病毒1份,陽性率為0.25%。2.獲得的諾如病毒基因組全長為7565nt（包括PloyA尾）,分為三個 ORFs:ORF1（10～5112nt）、ORF2（5093～6715nt）和 ORF3（6715～7494nt）。全基因組分析顯示其與人GII.17型諾如病毒CUHK-NS-613（GenBank 登錄號:KU561248）同源性最高（99.5%）。ORF1、ORF3區(qū)核苷酸和氨基酸序列都與CUHK-NS-613同源性最高（99.5%和 99.4%,99.5%和 99.2%）;ORF2 區(qū)與人GⅡ.17 型諾如病毒CUHK-NS-491（GenBank登錄號:KP...
【文章來源】：湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校
【文章頁數(shù)】：67 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
圖２－１?—步法ＲＴ－ＰＣＲ驗證出的ＧＩＩ?．１７型諾如病毒陽性標(biāo)本??注：１和２為陽性標(biāo)本；３為陽性對照；４為陰性對照；Ｍ為ＤＬ５０００Ｍａｒｋｅｒ??
?廣西獼猴糞便中諾如病毒與星狀病毒的全基因組序列分析???２．２全基因序列擴(kuò)增和拼接??本實驗選擇其中一份ＧＩＩ．１７型諾如病毒陽性糞便標(biāo)本進(jìn)行全基因序列的擴(kuò)??增，命名為ＧＸ２１３。經(jīng)相應(yīng)的特異性引物擴(kuò)增后分別獲得了?５個特異性ＰＣＲ片??段，長度分別為?１６８４ｎｔ、１５１１ｎｔ、１３２３ｎｔ、１４８３ｎｔ?和?２５００ｎｔ，利用?ＤＮＡＳｔａｒ?中的??ＳｅｑＭａｎ軟件將分段獲得的基因片段進(jìn)行序列拼接得到全基因組序列，長度為??７５６５ｎｔ。經(jīng)和其它ＧＩＩ．１７型諾如病毒序列比對發(fā)現(xiàn)，ＧＸ２１３可分為３個ＯＲＦｓ、??５，／３’ＵＴＲ?和?ＰｌｏｙＡ?尾：ＯＲＦ１（１０？５１１２ｎｔ）、ＯＲＦ２（５０９３？６７１５ｎｔ）和?ＯＲＦ３（６７１５？??７４９４ｎｔ），其中?ＯＲＦ１?與?ＯＲＦ２?之間重疊?２０ｂｐ，０ＲＦ２?和?ＯＲＦ３?之間重疊?１?ｂｐ。ＧＸ２１３??基因結(jié)構(gòu)圖如圖２－２所示。此序列已被ＮＣＢ１的ＧｅｎＢａｎｋ數(shù)據(jù)庫所收錄（ＧｅｎＢａｎｋ??登錄號：ＭＦ９１８３５９）。??
??變位點相比，ＧＸ２１３也沒有氨基酸變化，如圖２－４所示。同時發(fā)現(xiàn)，ＧＸ２１３比??ＩＩＩ亞群中Ｅａｒｌｉｅｒ?ＧＩＩ．１７?２０１３－２０１４群病毒株ＶＰ１區(qū)多２個氨基酸，比ＩＩ亞群病毒??少１個氨基酸，而與Ｉ亞群病毒ＶＰ１區(qū)氨基酸長度相同。??Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ａ?Ｓｉｔｅ?Ｉ?Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ａ?Ｓｉｔｅ?ＩＩ?Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ｄ?Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ｅ?Ｓｉｔｅ?１１１??２９４?２９６?２９８?３４７?３６８?３７２?３７４?３９３?３９４?４０７?４４０????？?＊?＾?＾?？?＝?？?？?？?：?＝??Ｉ?８?４１?１５４?１７１?２２１?２４４?：４５?２５８?２７４?２７５?２Ｓ０?２８２?２９３?２９４?２％?２９８?３２０?３３３?３４２?３４７?３６２?３６８?３７０?３７２?ｍ?３７４?３７７?３８０?ｍ?３９４?４００?４０７?４１４?４４０?４４Ｊ?Ｍ?５０５?５３０?５４０??＾ｓｆ＾／Ｈｎ＇Ｇｉｉ．ｎ／ＨＫＧａｏｉｒＭｌＶＴ＾ＩＴＴＱＺＴＰＧＱｌＱＤｌＧ＾ｌＴｓＮＲＴＹＤＳＴＳＴ＾ＬＣＧＹＷ＾??ＫＸ３Ｓ６＿？ｋ?ＧＩＩ．丨７／ＣＨＸ／２。丨ＷＸ?▽丁萬ＩＴ７?Ｑ?萬??ＭＢｉ８３５９／Ｍｋ／Ｇｉｉ．ｉ７／ＣＨＮｙ２０ｉ５＂?Ｍ?Ａ?Ｖ?１?Ｑ?Ｅ?ｖ｜｜ｑ?Ｇ＾Ｔ?Ｐ?Ｇ?Ｑ?Ｉ?Ｑ?Ｄ?Ａ?Ｇ?Ｎ?７７?Ｓ?Ｎ?Ｒ?１?Ｓ?Ｄ?Ｑ?Ｄ?丘ＵＭｉ??丨丨、?■丨丁?丨丨＇?丨??圖２－４?ＧＸ２１３?ＶＰ?１區(qū)氨基酸序列分析??３．討論??自２００２年以來，ＧＩＩ．４型諾如病毒一直在全球暴發(fā)流行的腹瀉病中占優(yōu)勢地??位
本文編號：2909462
【文章來源】：湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校
【文章頁數(shù)】：67 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
圖２－１?—步法ＲＴ－ＰＣＲ驗證出的ＧＩＩ?．１７型諾如病毒陽性標(biāo)本??注：１和２為陽性標(biāo)本；３為陽性對照；４為陰性對照；Ｍ為ＤＬ５０００Ｍａｒｋｅｒ??
?廣西獼猴糞便中諾如病毒與星狀病毒的全基因組序列分析???２．２全基因序列擴(kuò)增和拼接??本實驗選擇其中一份ＧＩＩ．１７型諾如病毒陽性糞便標(biāo)本進(jìn)行全基因序列的擴(kuò)??增，命名為ＧＸ２１３。經(jīng)相應(yīng)的特異性引物擴(kuò)增后分別獲得了?５個特異性ＰＣＲ片??段，長度分別為?１６８４ｎｔ、１５１１ｎｔ、１３２３ｎｔ、１４８３ｎｔ?和?２５００ｎｔ，利用?ＤＮＡＳｔａｒ?中的??ＳｅｑＭａｎ軟件將分段獲得的基因片段進(jìn)行序列拼接得到全基因組序列，長度為??７５６５ｎｔ。經(jīng)和其它ＧＩＩ．１７型諾如病毒序列比對發(fā)現(xiàn)，ＧＸ２１３可分為３個ＯＲＦｓ、??５，／３’ＵＴＲ?和?ＰｌｏｙＡ?尾：ＯＲＦ１（１０？５１１２ｎｔ）、ＯＲＦ２（５０９３？６７１５ｎｔ）和?ＯＲＦ３（６７１５？??７４９４ｎｔ），其中?ＯＲＦ１?與?ＯＲＦ２?之間重疊?２０ｂｐ，０ＲＦ２?和?ＯＲＦ３?之間重疊?１?ｂｐ。ＧＸ２１３??基因結(jié)構(gòu)圖如圖２－２所示。此序列已被ＮＣＢ１的ＧｅｎＢａｎｋ數(shù)據(jù)庫所收錄（ＧｅｎＢａｎｋ??登錄號：ＭＦ９１８３５９）。??
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